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- PDB-4ydz: Stress-induced protein 1 from Caenorhabditis elegans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ydz
タイトルStress-induced protein 1 from Caenorhabditis elegans
要素Stress-induced protein 1
キーワードCHAPERONE / Molecular Chaperone / sHSP / Heat Shock / Protein Aggregation
機能・相同性
機能・相同性情報


VEGFA-VEGFR2 Pathway / protein metabolic process / embryo development ending in birth or egg hatching / determination of adult lifespan / unfolded protein binding / response to heat / protein refolding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Stress-induced protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Fleckenstein, T. / Kastenmueller, A. / Stein, M.L. / Peters, C. / Daake, M. / Krause, M. / Weinfurtner, D. / Haslbeck, M. / Weinkauf, S. / Groll, M. / Buchner, J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB1035 ドイツ
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: The Chaperone Activity of the Developmental Small Heat Shock Protein Sip1 Is Regulated by pH-Dependent Conformational Changes.
著者: Fleckenstein, T. / Kastenmuller, A. / Stein, M.L. / Peters, C. / Daake, M. / Krause, M. / Weinfurtner, D. / Haslbeck, M. / Weinkauf, S. / Groll, M. / Buchner, J.
履歴
登録2015年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月1日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stress-induced protein 1
B: Stress-induced protein 1
C: Stress-induced protein 1
D: Stress-induced protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4654
ポリマ－71,4654
非ポリマー00
水00
1
A: Stress-induced protein 1
B: Stress-induced protein 1
C: Stress-induced protein 1
D: Stress-induced protein 1
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)571,71932
ポリマ－571,71932
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_565x,-y+1,-z1
crystal symmetry operation2_465-x-1,-y+1,z1
crystal symmetry operation5_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation4_455y-1,-x,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
crystal symmetry operation3_565-y,x+1,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area94230 Å2
ΔGint-330.8 kcal/mol
Surface area183480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.550, 142.550, 100.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number89
Space group name H-MP422
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
32B
42D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A1 - 200
2112C1 - 200
3122B1 - 200
4122D1 - 200

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.722259, -0.691572, -0.008403), (0.691535, 0.722308, -0.00713), (0.011, -0.000662, 0.999939)30.61249, 69.66161, 1.11085
3given(1), (1), (1)
4given(0.711725, -0.702459, -0.000419), (0.702429, 0.7117, -0.008813), (0.006489, 0.005977, 0.999961)29.69389, 71.08547, 0.35822

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要素

#1: タンパク質
Stress-induced protein 1 / Sip1


分子量: 17866.232 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: sip-1, F43D9.4 / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q20363

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100 mM MES, 30% PEG 400, 100 mM NaAc

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年9月3日
放射モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT. SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→50 Å / Num. all: 12051 / Num. obs: 12051 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 3.6→3.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.6→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 26.886 / SU ML: 0.388 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.502 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23909 603 5 %RANDOM
Rwork0.22019 ---
obs0.22116 11448 96.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 108.501 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.95 Å20 Å20 Å2
2--4.95 Å2-0 Å2
3----9.9 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3668 0 0 0 3668
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0193748
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8441.9315074
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3235460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.84125176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.6115664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1831514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2582
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0212802
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.53610.5771852
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.27115.8462308
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.43911.0221896
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.04385.7074908
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Weight Biso : 1

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A531medium positional0.010.5
22B375medium positional0.010.5
11A540tight thermal11.170.5
22B388tight thermal6.260.5
11A531medium thermal11.052
22B375medium thermal6.492
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.688 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 42 -
Rwork0.31 807 -
obs--98.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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