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万見
- PDB-4ydd: Crystal structure of the perchlorate reductase PcrAB from Azospir... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ydd
タイトルCrystal structure of the perchlorate reductase PcrAB from Azospira suillum PS
要素(DMSO reductase family type II enzyme, ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / electron-shuttling protein
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase complex / cellular respiration / molybdopterin cofactor binding / cell envelope / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / oxidoreductase activity ...oxidoreductase complex / cellular respiration / molybdopterin cofactor binding / cell envelope / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / oxidoreductase activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
DMSO reductase family, type II, iron-sulphur subunit / DMSO reductase family, type II, molybdopterin subunit / Nitrate reductase alpha subunit-like, MopB domain / 4Fe-4S dicluster domain / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / : / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. ...DMSO reductase family, type II, iron-sulphur subunit / DMSO reductase family, type II, molybdopterin subunit / Nitrate reductase alpha subunit-like, MopB domain / 4Fe-4S dicluster domain / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / : / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / Chem-MD1 / Chem-MGD / MOLYBDENUM ATOM / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / IRON/SULFUR CLUSTER / DMSO reductase family type II enzyme, iron-sulfur subunit / DMSO reductase family type II enzyme, molybdopterin subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Dechlorosoma suillum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Tsai, C.-L. / Youngblut, M.D. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Perchlorate Reductase Is Distinguished by Active Site Aromatic Gate Residues.
著者: Youngblut, M.D. / Tsai, C.L. / Clark, I.C. / Carlson, H.K. / Maglaqui, A.P. / Gau-Pan, P.S. / Redford, S.A. / Wong, A. / Tainer, J.A. / Coates, J.D.
履歴
登録2015年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月16日Group: Database references
改定 1.22016年5月11日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DMSO reductase family type II enzyme, molybdopterin subunit
B: DMSO reductase family type II enzyme, iron-sulfur subunit
C: DMSO reductase family type II enzyme, molybdopterin subunit
D: DMSO reductase family type II enzyme, iron-sulfur subunit
E: DMSO reductase family type II enzyme, molybdopterin subunit
F: DMSO reductase family type II enzyme, iron-sulfur subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)428,59051
ポリマ－417,4136
非ポリマー11,17745
水50,1182782
1
A: DMSO reductase family type II enzyme, molybdopterin subunit
B: DMSO reductase family type II enzyme, iron-sulfur subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,93719
ポリマ－139,1382
非ポリマー3,79917
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15450 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area37670 Å2
手法PISA
2
C: DMSO reductase family type II enzyme, molybdopterin subunit
D: DMSO reductase family type II enzyme, iron-sulfur subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,80115
ポリマ－139,1382
非ポリマー3,66413
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14280 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area37250 Å2
手法PISA
3
E: DMSO reductase family type II enzyme, molybdopterin subunit
F: DMSO reductase family type II enzyme, iron-sulfur subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,85217
ポリマ－139,1382
非ポリマー3,71415
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14500 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area37570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.827, 175.501, 193.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DMSO reductase family type II enzyme, ... , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 DMSO reductase family type II enzyme, molybdopterin subunit


分子量: 102069.859 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 29-927 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dechlorosoma suillum (バクテリア) / 株: ATCC BAA-33 / DSM 13638 / PS / 参照: UniProt: G8QM55
#2: タンパク質 DMSO reductase family type II enzyme, iron-sulfur subunit


分子量: 37067.809 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dechlorosoma suillum (バクテリア) / 株: ATCC BAA-33 / DSM 13638 / PS / 参照: UniProt: G8QM54

-
非ポリマー , 10種, 2827分子

#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-MO / MOLYBDENUM ATOM / モリブデン


分子量: 95.940 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo
#5: 化合物 ChemComp-MGD / 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE / MOLYBDOPTERIN GUANOSINE DINUCLEOTIDE


分子量: 740.557 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N10O13P2S2 / 参照: EC: 1.97.1.1
#6: 化合物 ChemComp-MD1 / PHOSPHORIC ACID 4-(2-AMINO-4-OXO-3,4,5,6,-TETRAHYDRO-PTERIDIN-6-YL)-2-HYDROXY-3,4-DIMERCAPTO-BUT-3-EN-YL ESTER GUANYLATE ESTER


分子量: 740.557 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N10O13P2S2
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / 参照: EC: 1.97.1.1
#8: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#9: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#10: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#11: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2782 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20%PEG6000 and 0.1M Tris, pH 8.25 / PH範囲: 8.25

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月29日
放射モノクロメーター: Si(111) crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→48.35 Å / Num. obs: 372024 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 19.6 % / Rmerge(I) obs: 0.178 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.86→1.89 Å / 冗長度: 20.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1623 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2299精密化
Aimless2.21データスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2IVF

2ivf


解像度: 1.86→48.35 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2366 18588 5 %random selection
Rwork0.2008 ---
obs0.2026 371511 98.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→48.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29138 0 488 2782 32408
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0130561
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.43641579
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.43118008
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0634277
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0085327
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.86-1.88110.3555840.314511540X-RAY DIFFRACTION98
1.8811-1.90330.33196200.300111580X-RAY DIFFRACTION98
1.9033-1.92650.32836110.299911598X-RAY DIFFRACTION98
1.9265-1.95090.32896280.290511549X-RAY DIFFRACTION98
1.9509-1.97650.33136420.281211520X-RAY DIFFRACTION98
1.9765-2.00360.32716170.281111636X-RAY DIFFRACTION98
2.0036-2.03220.32885670.277311614X-RAY DIFFRACTION98
2.0322-2.06260.30586500.272411600X-RAY DIFFRACTION98
2.0626-2.09480.3066750.274911592X-RAY DIFFRACTION98
2.0948-2.12920.29516260.260611604X-RAY DIFFRACTION99
2.1292-2.16590.31725760.25811768X-RAY DIFFRACTION99
2.1659-2.20530.30986310.255411631X-RAY DIFFRACTION99
2.2053-2.24770.2846140.248111683X-RAY DIFFRACTION99
2.2477-2.29350.28616380.243411687X-RAY DIFFRACTION99
2.2935-2.34340.28965780.241611776X-RAY DIFFRACTION99
2.3434-2.39790.28495730.231811744X-RAY DIFFRACTION99
2.3979-2.45790.26155770.225711755X-RAY DIFFRACTION99
2.4579-2.52430.27085890.223811794X-RAY DIFFRACTION99
2.5243-2.59860.25686190.221511754X-RAY DIFFRACTION99
2.5986-2.68250.25886130.215111854X-RAY DIFFRACTION99
2.6825-2.77840.2466300.213111774X-RAY DIFFRACTION99
2.7784-2.88960.25116350.209511818X-RAY DIFFRACTION99
2.8896-3.02110.26356210.205711859X-RAY DIFFRACTION99
3.0211-3.18030.23885970.200911907X-RAY DIFFRACTION100
3.1803-3.37950.24016570.191711851X-RAY DIFFRACTION100
3.3795-3.64040.21586310.179411924X-RAY DIFFRACTION100
3.6404-4.00660.18166400.15911956X-RAY DIFFRACTION100
4.0066-4.5860.15646600.128611988X-RAY DIFFRACTION100
4.586-5.77630.15616380.125212087X-RAY DIFFRACTION100
5.7763-48.36650.16286510.14812480X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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