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万見
- PDB-4yd0: Influenza polymerase basic protein 2 (PB2) bound to an azaindole-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yd0
タイトルInfluenza polymerase basic protein 2 (PB2) bound to an azaindole-tetrazole inhibitor
要素Polymerase basic protein 2
キーワードTRANSCRIPTION/INHIBITOR / small-molecule drug / inhibitor / flu / m7-GTP pocket / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription ...cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain ...Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4EW / Polymerase basic protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Jacobs, M.D.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Isosteric replacements of the carboxylic acid of drug candidate VX-787: Effect of charge on antiviral potency and kinase activity of azaindole-based influenza PB2 inhibitors.
著者: Boyd, M.J. / Bandarage, U.K. / Bennett, H. / Byrn, R.R. / Davies, I. / Gu, W. / Jacobs, M. / Ledeboer, M.W. / Ledford, B. / Leeman, J.R. / Perola, E. / Wang, T. / Bennani, Y. / Clark, M.P. / Charifson, P.S.
履歴
登録2015年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月6日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase basic protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6142
ポリマ－19,1741
非ポリマー4401
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.789, 80.789, 54.256
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3


分子量: 19174.324 Da / 分子数: 1 / 断片: cap-binding domain (UNP residues 318-483) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Beijing/39/1975 H3N2 / 遺伝子: PB2 / プラスミド: pET28b.1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q30NP1
#2: 化合物 ChemComp-4EW / 2-(5-chloro-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)-5-fluoro-N-[(1R,2S,3S,4R)-3-(1H-tetrazol-5-yl)bicyclo[2.2.2]oct-2-yl]pyrimidin-4-amine


分子量: 439.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19ClFN9
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 1 uL protein solution (2.8 mg/mL protein, 50 mM Tris, pH 8, 200 mM sodium chloride, 2 mM dithiothreitol, 1 mM anthraquinone-2,6-disulfonic acid disodium salt, 7.5 mM GTP) + 0.4 uL well ...詳細: 1 uL protein solution (2.8 mg/mL protein, 50 mM Tris, pH 8, 200 mM sodium chloride, 2 mM dithiothreitol, 1 mM anthraquinone-2,6-disulfonic acid disodium salt, 7.5 mM GTP) + 0.4 uL well solution (1.5 M sodium formate, 100 mM sodium citrate, pH 4.7, 10 mM dithiothreitol) suspended over 1 mL of well solution, crystals transferred to a soaking solution (3.25 M sodium formate, 100 mM sodium citrate, pH 4.7) containing 1 mM inhibitor, incubated approximately 15 hours at room temperature, and then transferred to a cryo-preservative solution (soaking solution with 25% v/v glycerol) prior to freezing in liquid nitrogen

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月28日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.616→25.293 Å / Num. obs: 6117 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 74.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 26.7 / Num. measured all: 28650
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.7 % / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
2.616-2.6250.3742286289.9
11.729-25.2930.0172406597

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROCESSデータスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PROCESSデータ削減
BUSTER-TNT位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.62→25.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9526 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9323 / SU R Cruickshank DPI: 0.628 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.731 / SU Rfree Blow DPI: 0.268 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.268
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2164 304 5 %RANDOM
Rwork0.1617 ---
obs0.1644 6084 98.77 %-
原子変位パラメータBiso max: 153.37 Å2 / Biso mean: 71.85 Å2 / Biso min: 38.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4624 Å20 Å20 Å2
2--1.4624 Å20 Å2
3----2.9248 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.337 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.62→25.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1260 0 31 72 1363
Biso mean--92.93 72.33 -
残基数----161
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d479SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes29HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes192HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1317HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion172SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1604SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1317HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1770HARMONIC21.2
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.07
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.96
LS精密化 シェル解像度: 2.62→2.93 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2609 96 5.7 %
Rwork0.1895 1589 -
all0.1937 1685 -
obs--98.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.07790.6312-0.4564.80613.09743.9115-0.1230.0950.1558-0.3623-0.11430.7006-0.1841-0.33030.23730.10450.1181-0.0919-0.0671-0.04830.0051-45.1453-2.98921.2198
22.8711.99860.50627.28443.65294.006-0.10970.214-0.259-0.21520.111-0.3451-0.06710.3341-0.00130.10860.09840.0373-0.1193-0.0204-0.1448-35.528-1.62183.8277
35.61411.33791.917110.76082.50035.6279-0.07790.194-0.1676-0.30880.3159-0.6739-0.18970.5189-0.2380.11510.13250.0625-0.0311-0.1167-0.0918-32.12792.52233.8106
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|21 - 75}A21 - 75
2X-RAY DIFFRACTION2{A|76 - 122}A76 - 122
3X-RAY DIFFRACTION3{A|123 - 183}A123 - 183

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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