PDB-4ycq: Beta1 synthetic solenoid protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ycq

タイトル

Beta1 synthetic solenoid protein

要素

beta1 protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / solenoid / scaffold

機能・相同性

E3 ubiquitin-protein ligase SopA / Pectate Lyase C-like / 3 Solenoid / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.405 Å

データ登録者

Murray, J.W.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Synthetic beta-solenoid proteins with the fragment-free computational design of a beta-hairpin extension.
著者: MacDonald, J.T. / Kabasakal, B.V. / Godding, D. / Kraatz, S. / Henderson, L. / Barber, J. / Freemont, P.S. / Murray, J.W.

履歴

登録	2015年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月12日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ycq.cif.gz	80.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ycq.ent.gz	60.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ycq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ycq_validation.pdf.gz	414.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ycq_full_validation.pdf.gz	415.5 KB	表示
XML形式データ	4ycq_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	4ycq_validation.cif.gz	10.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/4ycq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/4ycq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yc5SC 4ydtC 4yeiC 4yfoC 5di5C 5dn0C 5dnsC 5dqaC 5draC 5dzbC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7c7y-d 2mqt-d 3emo-d 6mil-d 5wjm-d 2hb0-1 5di5-1 6n22-d 5vt8-3 6y1y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: beta1 protein

24.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: beta1 protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.420, 125.420, 47.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	beta1 protein 分子量: 24676.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): KRX
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.1 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.5 / 詳細: 0.1 M CAPS pH 10.5, 40% (v/v) MPD / PH範囲: 10.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1.0403 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0403 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→47.92 Å / Num. all: 16977 / Num. obs: 16977 / % possible obs: 99.19 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.66 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/av σ(I): 15.3487 / Net I/σ(I): 5.7859
反射シェル	解像度: 2.4→2.47 Å / 冗長度: 11.39 % / R_merge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 3.01 / % possible all: 99.02

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YC5

4yc5

解像度: 2.405→41.053 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 22.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2081	858	5.06 %
R_work	0.1708	-	-
obs	0.1726	16941	99.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.405→41.053 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1325	0	0	30	1355

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1344
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.963	1831
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.173	470
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	218
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	255

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4051-2.5557	0.2455	141	0.2007	2648	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5557-2.753	0.2868	136	0.2109	2645	X-RAY DIFFRACTION	99
2.753-3.03	0.2438	158	0.1855	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.4683	0.2294	142	0.189	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4683-4.3689	0.1767	132	0.1416	2697	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3689-41.0593	0.1885	149	0.1695	2742	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0719	0.1047	-0.0236	0.1336	-0.0537	0.075	-0.0395	0.5272	-0.1984	-0.1778	0.0018	0.1754	-0.1989	0.1552	-0.0002	0.5954	-0.0702	0.0221	0.5967	0.0544	0.53	63.0411	-20.111	-17.9175
2	0.1827	0.1726	-0.0191	0.1455	-0.0368	0.0589	-0.0838	0.0899	0.2702	0.1436	0.0521	-0.1553	-0.3754	0.1466	-0.0002	0.455	0.001	0.0073	0.4437	0.0349	0.4555	59.583	-23.5653	-17.5937
3	0.3171	0.249	0.0849	0.2555	-0.085	0.4415	0.0149	0.0192	0.0135	0.0061	0.0693	0.0717	-0.1717	-0.0039	-0	0.4387	0.06	-0.0293	0.4421	0.0204	0.4343	51.1929	-30.0293	-14.9743
4	0.0471	0.0544	-0.0163	0.0551	-0.02	0.0179	0.2339	-0.1949	0.2449	0.297	-0.2022	0.1556	0.0306	-0.1457	-0.0001	0.4786	0.0637	-0.0071	0.6016	0.0198	0.5684	41.7461	-31.2884	-7.8535
5	0.0428	-0.0112	-0.0297	0.0554	0.0337	0.0285	0.1092	0.26	-0.0176	0.0344	-0.1246	-0.035	0.1364	-0.4213	-0.0006	0.4073	-0.0028	-0.0201	0.6603	0.0006	0.5234	43.6108	-40.8249	-15.3448
6	0.0444	0.0144	0.0009	0.0264	0.0234	0.034	0.1265	0.2349	0.0921	0.1734	-0.1504	0.2816	-0.0287	-0.2805	-0.0005	0.4293	0.034	0.0599	0.6937	0.0367	0.4897	37.8651	-33.8449	-6.7941
7	0.0258	0.0276	-0.0053	0.0439	0.0241	0.0386	-0.281	0.1309	-0.0499	-0.2725	-0.123	-0.0573	0.1115	-0.3181	-0.001	0.5055	-0.0833	-0.001	0.5604	0.0397	0.6204	39.5209	-43.4308	-14.545
8	0.0812	-0.209	-0.0323	0.6798	0.049	0.0569	0.3767	-0.276	-0.4025	-0.1764	-0.2721	-0.134	0.1332	-0.432	0.0073	0.3328	-0.1466	0.0482	0.6891	0.0468	0.513	34.5398	-42.187	-9.1305
9	0.0204	-0.0102	-0.0174	0.033	0.0443	0.0504	0.3103	-0.4092	0.1294	0.2515	-0.0819	-0.0139	-0.2852	-0.208	-0.0003	0.5088	-0.154	-0.0096	0.6586	0.0679	0.4994	30.4189	-49.8612	-3.8541

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 52 through 71 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 72 through 91 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 92 through 161 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 162 through 171 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 172 through 181 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 182 through 191 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 192 through 201 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 202 through 218 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 219 through 234 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)