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- PDB-4ycm: Crystal structure of the calcium pump with bound marine macrolide BLS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ycm
タイトルCrystal structure of the calcium pump with bound marine macrolide BLS
要素Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
キーワードHYDROLASE / MEMBRANE PROTEIN / P-TYPE ATPASE / HAD FOLD / Ca2+ / ion pump
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / H zone / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of striated muscle contraction / P-type Ca2+ transporter / regulation of striated muscle contraction / P-type calcium transporter activity ...positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / H zone / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of striated muscle contraction / P-type Ca2+ transporter / regulation of striated muscle contraction / P-type calcium transporter activity / I band / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / sarcoplasmic reticulum membrane / sarcoplasmic reticulum / intracellular calcium ion homeostasis / calcium ion transport / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
P-type ATPase, subfamily IIA, SERCA-type / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus ...P-type ATPase, subfamily IIA, SERCA-type / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7BS / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Morita, M. / Ogawa, H. / Ohno, O. / Yamori, T. / Suenaga, K. / Toyoshima, C.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2015
タイトル: Biselyngbyasides, cytotoxic marine macrolides, are novel and potent inhibitors of the Ca(2+) pumps with a unique mode of binding
著者: Morita, M. / Ogawa, H. / Ohno, O. / Yamori, T. / Suenaga, K. / Toyoshima, C.
履歴
登録2015年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,9337
ポリマ－109,6451
非ポリマー2,2886
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area45130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.666, 71.666, 585.235
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1 / SR Ca(2+)-ATPase 1 / Calcium pump 1 / Calcium-transporting ATPase sarcoplasmic reticulum type / ...SR Ca(2+)-ATPase 1 / Calcium pump 1 / Calcium-transporting ATPase sarcoplasmic reticulum type / fast twitch skeletal muscle isoform / Endoplasmic reticulum class 1/2 Ca(2+) ATPase


分子量: 109644.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P04191, EC: 3.6.3.8
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-7BS / (4S,5E,8S,9E,11S,13E,15E,18R)-8-methoxy-9,11-dimethyl-18-[(1Z,4E)-2-methylhexa-1,4-dien-1-yl]-2-oxooxacyclooctadeca-5,9,13,15-tetraen-4-yl 3-O-methyl-beta-D-glucopyranoside / Biselyngbyaside / ビセリングビアシド


分子量: 604.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H52O9
#5: 化合物 ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
配列の詳細This sequence is Isoform SERCA1A (identifier: P04191-2).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.11 %
結晶化温度: 283 K / 手法: microdialysis
詳細: 0.17% C12E8, 0.7 mg ml-1 phosphatidylcholine (PC), 1 mM MgCl2, 16% glycerol, 0.2 mM BLS, and 3 mM O,O'-bis(2-aminoethyl)ethyleneglycol-N,N,N',N'-tetraacetic acid (EGTA) was dialyzed against a ...詳細: 0.17% C12E8, 0.7 mg ml-1 phosphatidylcholine (PC), 1 mM MgCl2, 16% glycerol, 0.2 mM BLS, and 3 mM O,O'-bis(2-aminoethyl)ethyleneglycol-N,N,N',N'-tetraacetic acid (EGTA) was dialyzed against a buffer con-sisting of 25% glycerol, 9% PEG2000, 1 mM MgCl2, 25 mM MgSO4, 2.5 mM NaN3, 2 mg ml-1 butylhy-droxytoluene (BHT), 0.2 mM dithiothreitol (DTT), 1 mM EGTA, and 20 mM MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 26767 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.1 % / Net I/σ(I): 13.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
DENZOデータスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
DENZOデータ削減
精密化解像度: 3.2→15.971 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 3 / 位相誤差: 22.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2598 795 3.18 %
Rwork0.2147 --
obs0.2162 24969 94.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→15.971 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7674 0 92 0 7766
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0017904
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.43310713
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9172925
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0171248
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021361
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.39870.2695940.27153367X-RAY DIFFRACTION80
3.3987-3.65820.33621390.26543769X-RAY DIFFRACTION92
3.6582-4.02110.26161290.24144067X-RAY DIFFRACTION96
4.0211-4.59080.25271460.21074183X-RAY DIFFRACTION99
4.5908-5.73890.24811350.20684272X-RAY DIFFRACTION99
5.7389-15.97140.24011520.18054516X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.34620.1296-0.0370.5652-0.27480.2991-0.0179-0.11070.0665-0.1444-0.08320.20580.3377-0.115-0.18980.23480.1175-0.02930.55410.04490.34516.1956-14.765339.2321
20.13610.0818-0.05790.15760.09060.05720.126-0.24350.2210.1498-0.04560.0382-0.1822-0.34680.05020.25620.1615-0.05630.70210.04830.260117.4115-8.14557.7025
30.37530.09980.15450.31240.31120.4518-0.0002-0.14070.1097-0.0885-0.04140.14030.0948-0.0356-0.05210.1780.0384-0.02450.21350.10370.339415.9914-13.769138.3598
40.49320.02850.30260.2115-0.30760.4025-0.03260.07740.17810.15120.02590.0229-0.35260.00960.00160.3232-0.0615-0.07940.43690.09570.387740.04953.164819.524
50.1602-0.07770.0080.0402-0.0320.12340.0419-0.10930.41820.1399-0.06850.2457-0.2175-0.2047-0.00010.3847-0.0304-0.0820.34190.17380.646431.602614.04211.5937
60.51770.1695-0.44340.1239-0.29051.01360.0262-0.03-0.02270.01960.020.03280.05560.24140.00690.24290.015-0.13760.34380.10030.332336.9712-11.182626.4546
70.0049-0.126-0.01340.16720.02650.50130.0809-0.5604-0.12690.2688-0.1081-0.0963-0.08190.79760.10360.708-0.0917-0.18041.3150.17010.190246.7395-17.416679.1502
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 77 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 78 through 130 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 131 through 306 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 307 through 439 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 440 through 509 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 510 through 831 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 832 through 994 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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