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- PDB-4ycd: Structure of a single tryptophan mutant of Acetobacter aceti PurE... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ycd

タイトル

Structure of a single tryptophan mutant of Acetobacter aceti PurE with Y154F

要素

N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

キーワード

ISOMERASE / acidophile / PurE / purine biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Acetobacter aceti 1023 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.643 Å

データ登録者

Kappock, T.J. / Sullivan, K.L.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a single tryptophan mutant of Acetobacter aceti PurE
著者: Sullivan, K.L. / Tranchimand, S. / Kappock, T.J.

履歴

登録	2015年2月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ycd.cif.gz	145.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ycd.ent.gz	114.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ycd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/4ycd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/4ycd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ycbSC 4yccC 4ycjC 5clfC 5clgC 5clhC 5cliC 5cljC 5ctjC 5cvtC 1u11 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2fw1-1 5bor-1 2fw9-1 4ycj-1 2fwj-1 1u11-1 2fwi-1 2fw8-1 3ors-d 5bos-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

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集合体

登録構造単位

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

ヘテロ分子

38.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

ヘテロ分子

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

ヘテロ分子

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

ヘテロ分子

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
153 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.336, 100.336, 165.712
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-374- HOH

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要素

#1: タンパク質	N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase / N5-CAIR mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase 分子量: 18788.639 Da / 分子数: 2 / 変異: W34F, Y154F, W165F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acetobacter aceti 1023 (バクテリア) 遺伝子: purE, AZ09_02690 / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: A0A063X4U8, 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.44 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 25% (v/v) PEG 4000, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M lithium sulfate

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.628→48.389 Å / Num. obs: 51530 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.1 % / B_iso Wilson estimate: 12.68 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / R_sym value: 0.087 / Net I/σ(I): 26.8
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.538 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YCB

解像度: 1.643→48.389 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1567	2032	3.94 %	same as 4YCB
R_work	0.137	-	-	-
obs	0.1379	51521	99.64 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.643→48.389 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2300	0	42	449	2791

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2546
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.23	3516
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.994	963
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	422
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	462

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6428-1.681	0.214	127	0.1708	3085	X-RAY DIFFRACTION	95
1.681-1.7231	0.1965	134	0.1702	3264	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7231-1.7697	0.177	133	0.1581	3267	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7697-1.8218	0.1735	123	0.1519	3292	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8218-1.8806	0.1573	4	0.1437	3404	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8806-1.9478	0.1144	2	0.1511	3411	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9478-2.0258	0.1576	121	0.1512	3278	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0258-2.118	0.1631	185	0.1355	3225	X-RAY DIFFRACTION	100
2.118-2.2296	0.1585	170	0.1379	3274	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2296-2.3693	0.159	178	0.1353	3261	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3693-2.5522	0.1712	174	0.138	3251	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5522-2.8091	0.1743	170	0.1424	3297	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8091-3.2155	0.1635	178	0.1409	3310	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2155-4.0508	0.1313	170	0.118	3351	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0508-48.4101	0.1376	163	0.1218	3519	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1414	0.0595	0.3286	2.5669	-1.0371	1.7825	0.1398	0.2305	-0.2883	-0.1266	-0.0968	0.1917	0.1136	0.0158	0.0835	0.1136	0.0084	-0.0052	0.1055	-0.0321	0.1321	-5.4559	-30.2963	-35.9946
2	3.3256	-1.7634	-0.0061	2.8399	0.0049	0.9071	0.0286	0.3687	0.0178	-0.1543	-0.0918	-0.0834	-0.0611	-0.0166	0.0113	0.1438	0.0051	0.0057	0.1641	-0.0163	0.1025	-0.0935	-23.2934	-41.3946
3	2.7551	-0.8572	-0.3208	0.9668	0.2191	0.5169	0.0832	0.2027	-0.1888	-0.1944	-0.0815	0.013	-0.06	-0.036	0.0189	0.1158	0.007	0.004	0.1123	-0.0307	0.1152	-7.6834	-27.7751	-36.4537
4	2.1778	-1.3623	0.9256	2.5107	-0.6944	0.7493	0.0068	-0.0579	-0.3268	0.0702	-0.0367	0.128	0.0333	-0.0525	-0.0008	0.1145	-0.0226	0.0124	0.1279	-0.0157	0.1649	-16.0549	-30.841	-28.615
5	1.4384	-0.2722	-0.0749	1.4822	0.1858	0.9112	-0.0081	-0.0189	-0.1639	0.0796	-0.0483	0.0947	0.0781	-0.0731	0.0222	0.0999	-0.0027	0.01	0.0869	-0.0031	0.1209	-7.1325	-27.2592	-27.3788
6	5.1094	0.5095	0.5488	6.8159	0.9921	1.1204	0.1083	0.5403	0.4449	-0.5916	-0.1631	-0.0608	-0.2726	-0.1266	0.1339	0.2038	0.05	0.0227	0.1962	0.0694	0.1594	-4.487	-5.8571	-35.0104
7	1.1354	-0.4611	0.0027	1.0662	0.0572	0.7378	-0.0197	0.0053	-0.0473	0.0127	-0.0176	0.0306	0.0236	-0.0252	0.0134	0.0802	-0.006	0.0074	0.0731	-0.0025	0.0814	1.0876	-21.5448	-26.4824
8	2.1381	1.5843	-0.7417	2.8548	-0.7609	0.7173	0.0628	-0.0438	-0.1655	0.1002	-0.0357	-0.1029	0.0359	0.0488	0.0236	0.1252	0.0132	0.0273	0.1098	-0.027	0.1374	15.4006	-32.3625	-35.2382
9	4.0185	2.0338	-0.7109	6.803	-0.7538	2.1329	0.0001	0.3917	0.3411	-0.5466	0.025	-0.1742	-0.306	0.0041	-0.0161	0.2545	-0.0148	0.0541	0.1878	0.0062	0.1756	24.5424	-14.0619	-43.6567
10	2.2111	-0.2339	-0.06	1.2616	0.8044	1.4672	0.0606	-0.1616	-0.223	0.3132	-0.0549	-0.1063	0.1394	0.0764	0.0424	0.1715	0.0133	-0.0125	0.1088	0.0421	0.1264	13.9537	-27.6981	-11.8211
11	2.1493	1.4124	0.1611	3.8325	0.3468	0.9014	0.0224	-0.3512	-0.0236	0.4125	-0.112	0.0697	0.0181	-0.1406	0.0158	0.2374	0.0098	-0.0076	0.1739	0.0244	0.0978	7.2341	-22.0776	-6.4112
12	1.3205	0.1458	0.1353	0.9641	-0.0855	0.5965	0.0132	-0.0648	-0.1092	0.0828	-0.0471	-0.1064	0.0451	0.097	0.0097	0.1131	0.0128	-0.0027	0.0854	0.0181	0.0985	16.9098	-24.3321	-17.836
13	6.9085	-0.7825	-0.5135	6.548	-0.1713	1.4533	0.0304	-0.557	0.392	0.8139	-0.2255	0.1492	-0.2831	0.0204	0.0787	0.2588	-0.03	0.0254	0.1788	-0.0447	0.1666	6.1089	-4.3724	-12.4977
14	0.886	0.1747	0.0275	1.2183	0.187	0.7808	-0.0108	-0.054	-0.0448	0.0817	-0.0146	-0.0123	0.0209	0.0545	0.0114	0.0877	0.0077	0.0039	0.0841	0.0051	0.0828	4.9968	-20.9998	-20.9178
15	3.1377	-1.9296	-0.7023	2.1177	0.4182	0.5523	-0.0578	-0.1652	-0.3491	-0.0254	0.1093	0.2284	0.1008	-0.0787	0.0416	0.2101	-0.009	0.0431	0.1606	0.0622	0.2008	-6.1529	-35.2242	-12.7912
16	4.4585	-1.2057	-0.1116	2.9858	0.5497	3.0905	-0.1583	-0.2976	-0.0912	0.4231	0.0599	0.4974	-0.0449	-0.1802	0.072	0.2554	0.0243	0.0337	0.2593	0.053	0.1606	-19.9511	-20.6624	-4.3116

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 30 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 46 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 47 through 61 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 62 through 72 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 73 through 107 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 108 through 114 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 115 through 154 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 155 through 171 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 172 through 179 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 20 through 30 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 31 through 46 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 47 through 107 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 108 through 114 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 115 through 154 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 155 through 171 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 172 through 179 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

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