PDB-4yc5: Beta1 synthetic solenoid protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yc5

タイトル

Beta1 synthetic solenoid protein

要素

beta1

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / solenoid / scaffold

機能・相同性

E3 ubiquitin-protein ligase SopA / Pectate Lyase C-like / 3 Solenoid / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 1.755 Å

データ登録者

Murray, J.W.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Synthetic beta-solenoid proteins with the fragment-free computational design of a beta-hairpin extension.
著者: MacDonald, J.T. / Kabasakal, B.V. / Godding, D. / Kraatz, S. / Henderson, L. / Barber, J. / Freemont, P.S. / Murray, J.W.

履歴

登録	2015年2月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月12日	Group: Database references
改定 2.0	2017年8月30日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yc5.cif.gz	98.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yc5.ent.gz	75.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yc5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/4yc5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/4yc5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ycqC 4ydtC 4yeiC 4yfoC 5di5C 5dn0C 5dnsC 5dqaC 5draC 5dzbC 3du1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dqa-2 4ydt-1 5dqa-1 3qc6-d 5n40-d 3shs-d 2wng-d 4ydt-2 5dqa-3 1qbp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: beta1

ヘテロ分子

24.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: beta1

ヘテロ分子

A: beta1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
49.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.570, 64.570, 160.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-424- HOH
2	1	A-625- HOH
3	1	A-627- HOH

#1: タンパク質	beta1 分子量: 24676.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: synthetic protein sequence / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KRX
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.69 % / 解説: long rod
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M Bis Tris, 3.0 M sodium chloride. / PH範囲: 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1.0403 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0403 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→64.57 Å / Num. all: 34852 / Num. obs: 34852 / % possible obs: 99.71 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.9 % / R_merge(I) obs: 0.099 / R_sym value: 0.099 / Net I/av σ(I): 22.3587 / Net I/σ(I): 7.2971
反射シェル	解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 14.24 % / R_merge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / % possible all: 99.85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換
開始モデル: 3DU1

3du1

解像度: 1.755→64.57 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 16.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1845	1750	5.03 %
R_work	0.1576	-	-
obs	0.159	34786	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.755→64.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1585	0	2	273	1860

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1616
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.981	2199
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.175	571
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	257
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	305

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7549-1.8065	0.238	148	0.1936	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8065-1.8648	0.2288	134	0.1847	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8648-1.9315	0.2388	140	0.1737	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9315-2.0088	0.1574	145	0.1508	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0088-2.1003	0.1799	158	0.1415	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1003-2.211	0.1732	146	0.1418	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.211-2.3495	0.162	140	0.1405	2728	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3495-2.5309	0.1638	130	0.1528	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5309-2.7856	0.195	142	0.1705	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7856-3.1887	0.2043	152	0.1671	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1887-4.0174	0.1764	177	0.1423	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0174-64.6137	0.1758	138	0.1661	2981	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4438	-1.1631	-0.487	4.1474	0.0462	2.1852	0.045	0.5217	-0.214	-0.3463	-0.1071	0.1294	0.2208	-0.4621	0.0713	0.1337	-0.0101	0.0058	0.2791	-0.0085	0.1384	18.7644	-17.2504	-14.7474
2	3.3265	3.4391	-0.0325	7.8838	-0.2183	0.6096	-0.1072	0.3544	0.1224	-0.5417	0.0783	0.2977	0.1184	-0.2921	0.0057	0.1315	-0.0215	-0.0228	0.2746	0.0193	0.1224	9.5249	-18.6277	-11.4096
3	7.5269	-4.0842	3.2593	2.9797	-2.3901	4.6278	-0.085	0.0511	-0.4759	-0.2618	-0.0895	0.1799	0.4141	-0.1424	0.1488	0.2609	0.0438	0.048	0.3164	-0.0385	0.1857	16.9152	-29.9676	-10.5289
4	1.264	1.3182	0.1559	1.6665	-0.3753	0.9549	0.0072	0.2001	0.0185	-0.2181	-0.0618	-0.1035	0.2321	0.0906	0.0338	0.1207	0.0358	0.0145	0.2158	0.0114	0.1238	15.5713	-22.627	-5.7314
5	4.0766	2.5068	0.4691	2.9486	2.8085	4.8737	0.0096	-0.075	-0.1878	0.1827	-0.0352	-0.5755	0.1965	0.325	0.0246	0.1604	0.0779	-0.0004	0.2812	0.0504	0.147	22.9714	-26.4101	-1.6631
6	0.5452	0.1979	-0.005	0.8575	-0.3742	1.8741	0.0062	0.0407	-0.0128	-0.0227	0.0199	0.018	0.145	-0.0742	-0.0258	0.0915	0.0058	-0.0093	0.1249	0.0069	0.1217	12.3356	-26.3654	8.6614
7	2.0206	-0.7839	-0.6499	2.6288	3.483	4.7015	0.0463	-0.0209	0.0682	0.1512	0.0696	-0.3721	0.0351	0.2305	-0.1018	0.1396	0.0015	-0.0041	0.1202	0.0141	0.1402	17.6197	-29.5885	21.7322
8	2.1771	0.0118	0.514	4.3697	0.2631	2.2974	0.0528	0.0423	-0.005	-0.1099	-0.0364	0.1517	0.0372	-0.1953	-0.0221	0.1039	-0.0101	0.0001	0.1399	0.0401	0.1004	7.2215	-29.8918	22.1306
9	0.5316	0.0111	0.0288	0.9462	-0.1153	0.7625	0.0266	-0.0668	0.0262	0.1049	0.0347	0.0253	0.0406	-0.087	-0.052	0.1288	-0.0029	-0.004	0.1081	0.0135	0.1197	9.9437	-30.2565	29.1073
10	1.7879	0.0602	0.1396	3.1234	-1.5037	2.6748	-0.0336	0.0547	-0.0087	-0.2381	0.2788	0.2478	0.2173	-0.4924	-0.2198	0.1247	-0.0329	-0.0059	0.165	0.04	0.1263	3.452	-34.4465	37.6651

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resseq 21:33)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resseq 34:40)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resseq 41:45)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resseq 46:63)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resseq 64:70)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resseq 71:165)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resseq 166:172)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resseq 173:186)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resseq 187:215)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resseq 216:233)

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