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万見
- PDB-4yc3: CDK1/CyclinB1/CKS2 Apo -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yc3
タイトルCDK1/CyclinB1/CKS2 Apo
要素
  • Cyclin-dependent kinase 1
  • Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 2
  • G2/mitotic-specific cyclin-B1
キーワードCELL CYCLE / CDK1 / Cyclin B1 / CKS2
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of Schwann cell differentiation / cyclin A1-CDK1 complex / regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / pronuclear fusion / cyclin B1-CDK1 complex / positive regulation of mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / Mitotic Prophase / positive regulation of mitotic sister chromatid segregation / histone kinase activity / mitotic cell cycle phase transition ...regulation of Schwann cell differentiation / cyclin A1-CDK1 complex / regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / pronuclear fusion / cyclin B1-CDK1 complex / positive regulation of mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / Mitotic Prophase / positive regulation of mitotic sister chromatid segregation / histone kinase activity / mitotic cell cycle phase transition / Golgi disassembly / microtubule cytoskeleton organization involved in mitosis / ventricular cardiac muscle cell development / G2/M DNA replication checkpoint / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / Depolymerization of the Nuclear Lamina / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / MASTL Facilitates Mitotic Progression / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / mitotic nuclear membrane disassembly / : / cyclin A2-CDK1 complex / Phosphorylation of Emi1 / patched binding / Transcriptional regulation by RUNX2 / Phosphorylation of the APC/C / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / outer kinetochore / meiosis I / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / protein localization to kinetochore / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 kinase activity / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / Polo-like kinase mediated events / response to copper ion / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Condensation of Prometaphase Chromosomes / centrosome cycle / chromosome condensation / [RNA-polymerase]-subunit kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / SCF ubiquitin ligase complex / mitotic metaphase chromosome alignment / MAPK3 (ERK1) activation / cyclin-dependent protein kinase activity / response to amine / G1/S-Specific Transcription / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / : / microtubule organizing center / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / ubiquitin-like protein ligase binding / regulation of embryonic development / protein deubiquitination / response to axon injury / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / response to cadmium ion / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / epithelial cell differentiation / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / peptidyl-threonine phosphorylation / ERK1 and ERK2 cascade / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Hsp70 protein binding / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / positive regulation of mitotic cell cycle / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / cyclin binding / regulation of mitotic cell cycle / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / Condensation of Prophase Chromosomes / AURKA Activation by TPX2 / ubiquitin binding / mitotic spindle organization / response to activity / positive regulation of DNA replication / spindle microtubule / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / regulation of circadian rhythm / MAPK6/MAPK4 signaling / PKR-mediated signaling / positive regulation of protein localization to nucleus / microtubule cytoskeleton organization
類似検索 - 分子機能
: / Cyclin-Dependent Kinase Subunit Type 2 / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit superfamily / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 1. / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 2. / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / : ...: / Cyclin-Dependent Kinase Subunit Type 2 / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit superfamily / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 1. / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 2. / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / : / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinase 1 / G2/mitotic-specific cyclin-B1 / Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Brown, N.R. / Korolchuk, S. / Martin, M.P. / Stanley, W. / Moukhametzianov, R. / Noble, M.E.M. / Endicott, J.A.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G0901526 英国
Cancer Research UKC240/A15751 英国
Astex PharmaceuticalsNICR-Alliance 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: CDK1 structures reveal conserved and unique features of the essential cell cycle CDK.
著者: Brown, N.R. / Korolchuk, S. / Martin, M.P. / Stanley, W.A. / Moukhametzianov, R. / Noble, M.E. / Endicott, J.A.
履歴
登録2015年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 1
B: G2/mitotic-specific cyclin-B1
C: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,4515
ポリマ－76,2143
非ポリマー2362
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area29990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.200, 70.150, 156.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 1 / CDK1 / Cell division control protein 2 homolog / Cell division protein kinase 1 / p34 protein kinase


分子量: 34553.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GST-fusion protein cleaved by 3C protease / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK1, CDC2, CDC28A, CDKN1, P34CDC2 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P06493, cyclin-dependent kinase, [RNA-polymerase]-subunit kinase
#2: タンパク質 G2/mitotic-specific cyclin-B1


分子量: 31369.682 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 165-433 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His tag removed by thrombin cleavage / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNB1, CCNB / プラスミド: PET-28 A+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CODONPLUS RIL / 参照: UniProt: P14635
#3: タンパク質 Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 2 / CKS-2


分子量: 10290.819 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal GST tag removed by 3C protease cleavage / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CKS2 / プラスミド: GST-3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33552
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.7
詳細: 0.1M MES/imidazole buffer (pH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K Protein at 10-12 mg/ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→52.19 Å / Num. all: 21241 / Num. obs: 21241 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.152 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 89.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.7→52.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.373 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2595 1100 5.2 %RANDOM
Rwork0.2113 20095 --
obs0.2138 21195 98.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 141.86 Å2 / Biso mean: 40.9313 Å2 / Biso min: 3.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.31 Å20 Å20 Å2
2--0.59 Å20 Å2
3----1.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→52.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5159 0 16 212 5387
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0195329
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.025219
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2211.9757207
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.672312018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2475634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.62423.734241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.29815989
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5291533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1520.2795
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215861
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.021214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8721.0092539
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8721.0092538
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5961.5073172
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 65 -
Rwork0.352 1275 -
all-1340 -
obs--85.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.76912.2021-2.44554.3349-2.08175.72450.3816-1.00640.31561.1259-0.56270.2471-0.7422-0.13790.18110.3712-0.0176-0.02330.5108-0.06280.518517.42410.883186.46
25.4526-0.53111.57182.71-0.16942.41710.2994-0.219-0.33320.1556-0.12040.02820.2990.1803-0.17890.2059-0.0035-0.08630.0470.01420.314633.224-10.999179.579
312.240811.85382.559111.83142.40160.99940.0873-0.01231.1210.5438-0.00981.33070.1656-0.3256-0.07750.7831-0.05840.08740.444-0.00190.584913.9-31.771175.322
41.7643-0.3082-0.84491.76330.11183.07880.02120.25920.0054-0.04340.0079-0.07350.1762-0.0759-0.02920.0198-0.0037-0.03320.05580.03780.323522.82318.612154.877
55.6336-0.93640.0475.3091-1.73546.11710.1826-0.44180.14250.6251-0.3705-0.387-0.07750.75670.18780.1337-0.0848-0.07610.49810.18840.39659.887-5.624189.88
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 84
2X-RAY DIFFRACTION2A85 - 286
3X-RAY DIFFRACTION3A287 - 297
4X-RAY DIFFRACTION4B166 - 430
5X-RAY DIFFRACTION5C4 - 75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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