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- PDB-4yc2: Crystal structure of the stabilized inner domain of clade A/E HIV... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yc2
タイトルCrystal structure of the stabilized inner domain of clade A/E HIV-1 gp120 from E. coli in complex with the antibody A32.
要素
  • The antibody A32 Fab heavy chain.
  • The antibody A32 Fab light chain.
  • The stabilized inner domain of clade A/E HIV-1 gp120 from E. coli
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / ADCC / NON-NEUTRALIZING / ANTI-HIV-1 ENV ANTIBODY A32 / CD4I ANTIBODY / CLADE A/E 93TH057 / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / viral envelope / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Tolbert, W.D. / Gohain, N. / Pazgier, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1033109 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Paring Down HIV Env: Design and Crystal Structure of a Stabilized Inner Domain of HIV-1 gp120 Displaying a Major ADCC Target of the A32 Region.
著者: Tolbert, W.D. / Gohain, N. / Veillette, M. / Chapleau, J.P. / Orlandi, C. / Visciano, M.L. / Ebadi, M. / DeVico, A.L. / Fouts, T.R. / Finzi, A. / Lewis, G.K. / Pazgier, M.
履歴
登録2015年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月22日Group: Database references
改定 1.22016年7月20日Group: Data collection
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: The stabilized inner domain of clade A/E HIV-1 gp120 from E. coli
H: The antibody A32 Fab heavy chain.
L: The antibody A32 Fab light chain.
A: The stabilized inner domain of clade A/E HIV-1 gp120 from E. coli
B: The antibody A32 Fab heavy chain.
C: The antibody A32 Fab light chain.


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,1326
ポリマ－127,1326
非ポリマー00
水724
1
G: The stabilized inner domain of clade A/E HIV-1 gp120 from E. coli
H: The antibody A32 Fab heavy chain.
L: The antibody A32 Fab light chain.


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5663
ポリマ－63,5663
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5400 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area25590 Å2
手法PISA
2
A: The stabilized inner domain of clade A/E HIV-1 gp120 from E. coli
B: The antibody A32 Fab heavy chain.
C: The antibody A32 Fab light chain.


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5663
ポリマ－63,5663
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5410 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area25360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.801, 211.800, 72.898
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細Complexes were purified by gel filtration prior to crystallization

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要素

#1: タンパク質 The stabilized inner domain of clade A/E HIV-1 gp120 from E. coli


分子量: 17380.535 Da / 分子数: 2 / 変異: V65C, S115C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Variant: clade A/E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami(DE) / 参照: UniProt: A0A0M3KKW9*PLUS
#2: 抗体 The antibody A32 Fab heavy chain.


分子量: 23991.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 The antibody A32 Fab light chain.


分子量: 22193.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細The sequence of the clade A/E gp120 is based on the HIV-1 clade A/E gp120 sequence in PDB ID 3TGT. ...The sequence of the clade A/E gp120 is based on the HIV-1 clade A/E gp120 sequence in PDB ID 3TGT. The sequence was engineered to remove the outer domain of gp120 and consists of the N-terminal sequence plus some of the C-terminal sequence. The numbering in the PDB file is consistent with 3TGT and 4H8W and is based on the Hxbc2 gp120 sequence which serves as the reference sequence for most gp120 structures.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.7 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 18-22% PEG 6000 or PEG8000 0.1 M Tris-HCl pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月23日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 23714 / Num. obs: 20655 / % possible obs: 87.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.163 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 86.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
PHENIX精密化
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TNM and 4RQH

3tnm

4rqh
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.02→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 72.5 / SU ML: 0.556 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.616 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28774 1087 5.3 %RANDOM
Rwork0.22724 ---
obs0.23034 19540 86.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 88.657 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.53 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.19 Å2-0 Å2
3---1.34 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.02→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8600 0 0 4 8604
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0198839
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.028041
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4481.93712062
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.015318633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2951114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.78724.842349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.925151368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9941522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21352
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0219980
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021966
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9176.2774495
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9186.2784494
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.729.4035596
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.729.4025597
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4976.4034344
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.4976.4034345
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.0179.5556467
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.98459.96535260
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.98459.96635259
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.02→3.093 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.412 78 -
Rwork0.331 1228 -
obs--76.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7938-2.7963-1.13324.82420.87851.4595-0.0725-0.1241-0.49590.52470.23090.18440.1566-0.009-0.15840.32080.0339-0.06040.17180.05640.3333-25.058828.07175.3714
20.69251.0996-0.35063.1895-0.7390.4733-0.00630.1004-0.0531-0.05080.0057-0.0444-0.031-0.09240.00060.29290.0076-0.01310.3322-0.03170.0116-23.640170.0257-12.9978
30.06680.24180.01322.7845-0.10290.3193-0.00660.1186-0.02740.24830.13810.0356-0.0674-0.0216-0.13150.37860.10840.01330.3275-0.05360.0629-25.332173.89823.052
45.99073.65450.73684.36821.55711.05460.06080.32310.8922-0.12710.22910.057-0.2633-0.2472-0.28990.27220.12410.05990.28410.25110.5332-27.573947.4988-38.6143
51.3557-1.57870.13942.9585-0.78880.4317-0.07990.15720.04260.3224-0.0349-0.1849-0.0645-0.0920.11480.2881-0.0112-0.03870.27680.02580.0562-17.37635.4099-22.3773
60.67-0.3928-0.18862.4122-0.82460.532-0.05130.37590.02450.02760.0529-0.10520.0175-0.1296-0.00150.3388-0.0417-0.01220.3913-0.01890.0217-19.87722.8109-38.5408
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1G45 - 491
2X-RAY DIFFRACTION2H1 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3L4 - 208
4X-RAY DIFFRACTION4A45 - 491
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 214
6X-RAY DIFFRACTION6C4 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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