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- PDB-4ybq: Rat GLUT5 with Fv in the outward-open form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ybq
タイトルRat GLUT5 with Fv in the outward-open form
要素
  • Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 5
  • antibody Fv fragment heavy chain
  • antibody Fv fragment light chain
キーワードTRANSPORT PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SUGAR TRANSPORTER / MAJOR FACILITATOR SUPERFAMILY / TRANSPORT PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Intestinal hexose absorption / regulation of systemic arterial blood pressure mediated by a chemical signal / fructose transmembrane transporter activity / fructose import across plasma membrane / fructose binding / fructose transmembrane transport / glucose transmembrane transporter activity / glucose transmembrane transport / cellular response to fructose stimulus / response to fructose ...Intestinal hexose absorption / regulation of systemic arterial blood pressure mediated by a chemical signal / fructose transmembrane transporter activity / fructose import across plasma membrane / fructose binding / fructose transmembrane transport / glucose transmembrane transporter activity / glucose transmembrane transport / cellular response to fructose stimulus / response to fructose / Neutrophil degranulation / plasma membrane => GO:0005886 / sarcolemma / apical plasma membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fructose transporter, type 5 (GLUT5) / Sugar/inositol transporter / Sugar transport proteins signature 2. / Sugar transport proteins signature 1. / MFS general substrate transporter like domains / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. ...Fructose transporter, type 5 (GLUT5) / Sugar/inositol transporter / Sugar transport proteins signature 2. / Sugar transport proteins signature 1. / MFS general substrate transporter like domains / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / Growth Hormone; Chain: A; / MFS transporter superfamily / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 5
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Nomura, N. / Shimamura, T. / Iwata, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
日本
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structure and mechanism of the mammalian fructose transporter GLUT5
著者: Nomura, N. / Verdon, G. / Kang, H.J. / Shimamura, T. / Nomura, Y. / Sonoda, Y. / Hussien, S.A. / Qureshi, A.A. / Coincon, M. / Sato, Y. / Abe, H. / Nakada-Nakura, Y. / Hino, T. / Arakawa, T. ...著者: Nomura, N. / Verdon, G. / Kang, H.J. / Shimamura, T. / Nomura, Y. / Sonoda, Y. / Hussien, S.A. / Qureshi, A.A. / Coincon, M. / Sato, Y. / Abe, H. / Nakada-Nakura, Y. / Hino, T. / Arakawa, T. / Kusano-Arai, O. / Iwanari, H. / Murata, T. / Kobayashi, T. / Hamakubo, T. / Kasahara, M. / Iwata, S. / Drew, D.
履歴
登録2015年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Database references
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 5
B: Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 5
C: antibody Fv fragment light chain
D: antibody Fv fragment heavy chain
E: antibody Fv fragment light chain
F: antibody Fv fragment heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,4726
ポリマ－169,4726
非ポリマー00
水00
1
A: Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 5
E: antibody Fv fragment light chain
F: antibody Fv fragment heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,7363
ポリマ－84,7363
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 5
C: antibody Fv fragment light chain
D: antibody Fv fragment heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,7363
ポリマ－84,7363
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.773, 151.541, 106.396
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 5 / Fructose transporter / Glucose transporter type 5 / small intestine / GLUT-5


分子量: 56425.801 Da / 分子数: 2 / 変異: N50Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Slc2a5, Glut5 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P43427
#2: 抗体 antibody Fv fragment light chain


分子量: 13446.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Brevibacillus choshinensis (バクテリア)
#3: 抗体 antibody Fv fragment heavy chain


分子量: 14863.454 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Brevibacillus choshinensis (バクテリア)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 33-35% PEG400, 0.12 M CaCl2, 0.1 M Tris-HCl pH8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.27→50 Å / Num. obs: 38017 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / Net I/σ(I): 1.22

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3O7Q

3o7q


解像度: 3.27→36.491 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2881 1842 4.94 %Random selection
Rwork0.2419 ---
obs0.2442 37289 99.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.27→36.491 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10657 0 0 0 10657
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00410901
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97214793
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8993862
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0361716
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051840
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.27-3.35840.38881440.34412723X-RAY DIFFRACTION100
3.3584-3.45710.38261450.31472692X-RAY DIFFRACTION100
3.4571-3.56860.34391380.29832711X-RAY DIFFRACTION100
3.5686-3.69610.32671490.27582720X-RAY DIFFRACTION100
3.6961-3.84390.3071570.24962721X-RAY DIFFRACTION100
3.8439-4.01860.2811480.22822709X-RAY DIFFRACTION100
4.0186-4.23020.24941310.21472734X-RAY DIFFRACTION100
4.2302-4.49480.2441470.19022719X-RAY DIFFRACTION100
4.4948-4.84110.23231400.19552725X-RAY DIFFRACTION100
4.8411-5.3270.27931420.22732723X-RAY DIFFRACTION100
5.327-6.09470.32341320.26732741X-RAY DIFFRACTION100
6.0947-7.66690.32671320.27592781X-RAY DIFFRACTION100
7.6669-36.49330.27441370.23552748X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9343-0.3183-0.28162.08460.84453.24440.11610.2265-0.49450.1976-0.16620.23050.5457-0.6965-0.02520.4314-0.1071-0.02550.8537-0.02950.70528.0605-19.908126.3221
24.2263-0.2261.37212.1193-0.4725.3260.3277-0.4261-0.04510.1361-0.0349-0.39050.45730.1225-0.13080.3735-0.05870.01810.7396-0.02480.7415117.7244-2.7865167.1603
32.6862-0.1299-0.11264.6813-1.70344.8220.24050.34350.2002-0.2103-0.21391.7358-0.19030.1273-0.06460.55920.0098-0.05420.9948-0.25121.393576.283917.6763148.7588
44.3167-0.83134.09227.5089-14.2423-0.92870.11191.4743-0.76760.07620.248-0.4639-1.11220.73930.7237-0.0986-0.04920.91740.1061.052990.011231.6695141.278
59.27510.79220.58955.77120.00610.16390.2454-1.2734-0.42120.2449-0.6911-0.1944-0.05981.76890.17020.6896-0.2224-0.00822.02860.29891.160669.25737.0419124.0377
65.17544.0131-1.61947.33960.05314.38581.06331.3863.7984-0.73560.38371.5656-1.239-0.8932-0.56610.82940.07660.39050.88030.16771.878955.439922.043119.1056
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 7 through 480)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 7 through 480)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 1 through 115)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 1 through 120)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 1 through 115)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 2 through 120)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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