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- PDB-4y8e: PA3825-EAL Ca-Apo Structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y8e
タイトルPA3825-EAL Ca-Apo Structure
要素PA3825 EAL
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / EAL
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase / regulation of single-species biofilm formation / cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase activity / nucleotide binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Putative cyclic diguanylate phosphodiesterase, CSS motif-containing domain / CSS motif domain associated with EAL / EAL domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / TIM Barrel ...Putative cyclic diguanylate phosphodiesterase, CSS motif-containing domain / CSS motif domain associated with EAL / EAL domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Horrell, S. / Bellini, D. / Strange, R. / Wagner, A. / Walsh, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of PA3825 from P. aeruginosa bound to cyclic di-GMP and pGpG: new insights for a potential three-metal catalytic mechanism of EAL domains
著者: Bellini, D. / Horrell, S. / Strange, R. / Wagner, A. / Hitchin, A. / Webb, J.S. / Tews, I. / Walch, M.A.
履歴
登録2015年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年8月30日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PA3825 EAL
B: PA3825 EAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4938
ポリマ－58,2522
非ポリマー2406
水5,747319
1
A: PA3825 EAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2464
ポリマ－29,1261
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PA3825 EAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2464
ポリマ－29,1261
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.440, 59.820, 96.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.94, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-425-

HOH

21B-446-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PA3825 EAL


分子量: 29126.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) (緑膿菌)
遺伝子: PA3825 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HXH7
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 6-11% iso-propanol, 0.1 M Mes pH 6.5, 0.1 M sodium acetate pH 4.5 and 0.2 M calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→43.1 Å / Num. all: 71975 / Num. obs: 68333 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.024 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.61→1.65 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
xia2データ削減
MOLREP位相決定
xia2データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Y9M

4y9m


解像度: 1.61→40.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.109 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22314 3641 5.1 %RANDOM
Rwork0.18538 ---
obs0.18724 68333 96.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.394 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0 Å20.02 Å2
2---0.02 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.61→40.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3970 0 6 319 4295
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0194114
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.023979
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1181.9855583
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9839154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7615517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.60923.228189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.51815699
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3551538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2630
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0214649
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02921
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9862.9012065
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9722.8992064
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1724.3352583
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1744.3392584
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3863.4412049
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.3853.4442050
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.454.9593001
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.61124.7614940
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.30924.3044753
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.61→1.652 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 254 -
Rwork0.296 4968 -
obs--96.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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