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万見
- PDB-4y6x: Structure of Tobacco streak virus coat protein at 2.1 Angstroms r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y6x
タイトルStructure of Tobacco streak virus coat protein at 2.1 Angstroms resolution (C2 crystal form)
要素Coat protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / domain-swapped dimer / jelly roll beta-barrel
機能・相同性Coat protein, Ilarvirus, predicted / Coat protein, Ilarvirus / Ilarvirus coat protein / T=3 icosahedral viral capsid / translational initiation / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / RNA binding / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Tobacco streak virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gulati, A. / Murthy, M.R.N.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
DST, DBT, J.C Bose インド
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural studies on tobacco streak virus coat protein: Insights into the pleomorphic nature of ilarviruses
著者: Gulati, A. / Alapati, K. / Murthy, A. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N.
履歴
登録2015年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月3日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6003
ポリマ－55,6003
非ポリマー00
水3,423190
1
A: Coat protein

A: Coat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0672
ポリマ－37,0672
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_557-x,y,-z+21
Buried area2720 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area14470 Å2
手法PISA
2
B: Coat protein

B: Coat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0672
ポリマ－37,0672
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_457-x-1,y,-z+21
Buried area2640 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area14840 Å2
手法PISA
3
C: Coat protein

C: Coat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0672
ポリマ－37,0672
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_456-x-1,y,-z+11
Buried area2160 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area15270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.580, 74.670, 85.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 123.730, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNAA90 - 23718 - 165
21GLNGLNBB90 - 23718 - 165
12ASNASNAA90 - 23618 - 164
22ASNASNCC90 - 23618 - 164
13VALVALBB90 - 23518 - 163
23VALVALCC90 - 23518 - 163

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Coat protein


分子量: 18533.301 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 73-238 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tobacco streak virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7UMQ4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.74 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 24% PEG 1500, 0.2 M L-Proline, 0.1 M HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.2819 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月28日
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→71.107 Å / Num. all: 27988 / Num. obs: 27988 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.1 % / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.077 / Rsym value: 0.067 / Net I/av σ(I): 8.822 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 114040
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.1-2.2140.47831608340300.2730.478399.5
2.21-2.354.10.3262.31557938450.1860.3264.299.6
2.35-2.514.10.2373.11483936300.1340.2375.699.8
2.51-2.714.10.164.61371733570.090.167.799.8
2.71-2.974.10.1017.31283431390.0570.10111.4100
2.97-3.324.10.06310.71157028110.0350.06318100
3.32-3.834.10.04514.91023424880.0250.04525.1100
3.83-4.74.10.03816.4875121190.0210.03830.4100
4.7-6.644.10.03716.5681016600.0210.03730.9100
6.64-28.93340.03415.136239090.0190.03431.699

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Y6T

4y6t


解像度: 2.1→28.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / WRfactor Rfree: 0.225 / WRfactor Rwork: 0.1755 / FOM work R set: 0.851 / SU B: 4.845 / SU ML: 0.128 / SU R Cruickshank DPI: 0.1981 / SU Rfree: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2296 1407 5 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.1806 26581 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.64 Å2 / Biso mean: 39.856 Å2 / Biso min: 17.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å2-0 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→28.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3265 0 0 190 3455
Biso mean---45.11 -
残基数----433
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.023342
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.023216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6911.9614549
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3637326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1165426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.44422.167120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.82815515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3391526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2521
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213751
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02775
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8433.8491725
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8223.8491724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.5345.7462144
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A73000.12
12B73000.12
21A71930.13
22C71930.13
31B70480.13
32C70480.13
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 116 -
Rwork0.247 1924 -
all-2040 -
obs--99.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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