PDB-4y6t: Structure of Tobacco streak virus coat protein dimer at 2.4 Angst...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y6t

タイトル

Structure of Tobacco streak virus coat protein dimer at 2.4 Angstroms resolution

要素

Coat protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / domain-swapped dimer / jelly roll beta-barrel

機能・相同性

Coat protein, Ilarvirus, predicted / Coat protein, Ilarvirus / Ilarvirus coat protein / viral capsid / RNA binding / Coat protein

機能・相同性情報

生物種

Tobacco streak virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Gulati, A. / Murthy, M.R.N.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural studies on tobacco streak virus coat protein: Insights into the pleomorphic nature of ilarviruses
著者: Gulati, A. / Alapati, K. / Murthy, A. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N.

履歴

登録	2015年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月3日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y6t.cif.gz	189.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y6t.ent.gz	149.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y6t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/4y6t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/4y6t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y6xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4bd6-1 4zie-1 1enx-d 1xyo-d 5ve4-3 5c9s-d 2j6w-d 4s1j-d 1red-d 1fbl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Coat protein

B: Coat protein

C: Coat protein

D: Coat protein

E: Coat protein

F: Coat protein

ヘテロ分子

112 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Coat protein

F: Coat protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Coat protein

C: Coat protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: Coat protein

E: Coat protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.040, 69.980, 103.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.510, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	A	A	90 - 238	18 - 166
2	1	SER	SER	B	B	90 - 238	18 - 166
1	2	LEU	LEU	A	A	91 - 238	19 - 166
2	2	LEU	LEU	C	C	91 - 238	19 - 166
1	3	LEU	LEU	A	A	91 - 238	19 - 166
2	3	LEU	LEU	D	D	91 - 238	19 - 166
1	4	SER	SER	A	A	90 - 238	18 - 166
2	4	SER	SER	E	E	90 - 238	18 - 166
1	5	SER	SER	A	A	90 - 238	18 - 166
2	5	SER	SER	F	F	90 - 238	18 - 166
1	6	LEU	LEU	B	B	91 - 238	19 - 166
2	6	LEU	LEU	C	C	91 - 238	19 - 166
1	7	LEU	LEU	B	B	91 - 238	19 - 166
2	7	LEU	LEU	D	D	91 - 238	19 - 166
1	8	SER	SER	B	B	90 - 238	18 - 166
2	8	SER	SER	E	E	90 - 238	18 - 166
1	9	SER	SER	B	B	90 - 238	18 - 166
2	9	SER	SER	F	F	90 - 238	18 - 166
1	10	LEU	LEU	C	C	91 - 238	19 - 166
2	10	LEU	LEU	D	D	91 - 238	19 - 166
1	11	LEU	LEU	C	C	91 - 238	19 - 166
2	11	LEU	LEU	E	E	91 - 238	19 - 166
1	12	LEU	LEU	C	C	91 - 238	19 - 166
2	12	LEU	LEU	F	F	91 - 238	19 - 166
1	13	LEU	LEU	D	D	91 - 238	19 - 166
2	13	LEU	LEU	E	E	91 - 238	19 - 166
1	14	LEU	LEU	D	D	91 - 238	19 - 166
2	14	LEU	LEU	F	F	91 - 238	19 - 166
1	15	SER	SER	E	E	90 - 238	18 - 166
2	15	SER	SER	F	F	90 - 238	18 - 166

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Coat protein 分子量: 18609.418 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 73-238 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tobacco streak virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7UMQ4
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 427 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.49 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 12% PEG 8000, 10% glycerol, 0.5M potassium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM14 / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月30日

放射

モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→99.673 Å / Num. all: 54445 / Num. obs: 54445 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 7.8 % / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.101 / R_sym value: 0.095 / Net I/av σ(I): 7.422 / Net I/σ(I): 16.3 / Num. measured all: 422296

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.4-2.53	7.8	0.692	3.2	61035	7822	0.264	0.692	3.2	97.2
2.53-2.68	7.8	0.479	1.6	58114	7448	0.183	0.479	4.5	97.4
2.68-2.87	7.8	0.307	2.5	54714	7018	0.117	0.307	6.7	97.5
2.87-3.1	7.8	0.189	4	51085	6552	0.072	0.189	10.2	97.8
3.1-3.39	7.8	0.11	6.8	47002	6034	0.042	0.11	16.6	97.9
3.39-3.79	7.8	0.075	9.5	42861	5516	0.029	0.075	23.9	98.1
3.79-4.38	7.7	0.055	12.4	37587	4864	0.021	0.055	30.4	98.3
4.38-5.37	7.7	0.043	15.3	31892	4140	0.017	0.043	36.4	98.5
5.37-7.59	7.6	0.045	14.2	24694	3234	0.017	0.045	33.2	98.7
7.59-40.34	7.3	0.034	17.3	13312	1817	0.013	0.034	40.7	97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
REFMAC	5.8.0049	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.4→99.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 7.084 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.285 / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2443	2765	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2075	-	-	-
obs	0.2093	51665	97.51 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 150.62 Å² / B_iso mean: 47.479 Å² / B_iso min: 14.87 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	-0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	0.01 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→99.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6695	0	4	427	7126
B_iso mean	-	-	27.59	42.23	-
残基数	-	-	-	-	868

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.02	6881
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	6436
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.724	1.963	9370
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.492	3	14729
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.614	5	859
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.88	23.576	302
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.394	15	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.072	15	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	7803
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	1572
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.418	4.743	3472
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.411	4.743	3471
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.624	7.086	4319

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	7227	0.11
1	2	B	7227	0.11
2	1	A	7482	0.11
2	2	C	7482	0.11
3	1	A	7561	0.11
3	2	D	7561	0.11
4	1	A	7819	0.11
4	2	E	7819	0.11
5	1	A	7134	0.1
5	2	F	7134	0.1
6	1	B	7365	0.09
6	2	C	7365	0.09
7	1	B	7348	0.09
7	2	D	7348	0.09
8	1	B	7328	0.1
8	2	E	7328	0.1
9	1	B	6902	0.1
9	2	F	6902	0.1
10	1	C	7564	0.09
10	2	D	7564	0.09
11	1	C	7701	0.09
11	2	E	7701	0.09
12	1	C	6957	0.1
12	2	F	6957	0.1
13	1	D	7820	0.09
13	2	E	7820	0.09
14	1	D	7158	0.1
14	2	F	7158	0.1
15	1	E	7178	0.1
15	2	F	7178	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.311	199	-
R_work	0.287	3753	-
all	-	3952	-
obs	-	-	96.98 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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