[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-4y6x: Structure of Tobacco streak virus coat protein at 2.1 Angstroms r... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4y6x | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of Tobacco streak virus coat protein at 2.1 Angstroms resolution (C2 crystal form) | ||||||
![]() | Coat protein | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / domain-swapped dimer / jelly roll beta-barrel | ||||||
Function / homology | Coat protein, Ilarvirus, predicted / Coat protein, Ilarvirus / Ilarvirus coat protein / T=3 icosahedral viral capsid / translational initiation / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / RNA binding / Capsid protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gulati, A. / Murthy, M.R.N. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Structural studies on tobacco streak virus coat protein: Insights into the pleomorphic nature of ilarviruses Authors: Gulati, A. / Alapati, K. / Murthy, A. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 100.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 75.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 432.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 433.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 18.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 26.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4y6tSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: _
NCS ensembles :
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 18533.301 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP residues 73-238 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.74 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: 24% PEG 1500, 0.2 M L-Proline, 0.1 M HEPES |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Sep 28, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.2819 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→71.107 Å / Num. all: 27988 / Num. obs: 27988 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 4.1 % / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.077 / Rsym value: 0.067 / Net I/av σ(I): 8.822 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 114040 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4Y6T Resolution: 2.1→28.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / WRfactor Rfree: 0.225 / WRfactor Rwork: 0.1755 / FOM work R set: 0.851 / SU B: 4.845 / SU ML: 0.128 / SU R Cruickshank DPI: 0.1981 / SU Rfree: 0.177 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.177 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 100.64 Å2 / Biso mean: 39.856 Å2 / Biso min: 17.52 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→28.93 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
|