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- PDB-4y5v: Diabody 305 complex with EpoR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y5v
タイトルDiabody 305 complex with EpoR
要素
  • Diabody 305 VL domain
  • Erythropoietin receptor
  • diabody 305 VH domain
キーワードprotein binding/immune system / diabody complex / receptor / protein binding-immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


erythropoietin receptor activity / erythropoietin-mediated signaling pathway / Signaling by Erythropoietin / Erythropoietin activates STAT5 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hemopoiesis / decidualization / Erythropoietin activates RAS / brain development ...erythropoietin receptor activity / erythropoietin-mediated signaling pathway / Signaling by Erythropoietin / Erythropoietin activates STAT5 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hemopoiesis / decidualization / Erythropoietin activates RAS / brain development / cytokine-mediated signaling pathway / heart development / nuclear speck / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Erythropoietin receptor / Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily ...Erythropoietin receptor / Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Erythropoietin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.604 Å
データ登録者Moraga, I. / Guo, F. / Ozkan, E. / Jude, K.M. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Tuning Cytokine Receptor Signaling by Re-orienting Dimer Geometry with Surrogate Ligands.
著者: Moraga, I. / Wernig, G. / Wilmes, S. / Gryshkova, V. / Richter, C.P. / Hong, W.J. / Sinha, R. / Guo, F. / Fabionar, H. / Wehrman, T.S. / Krutzik, P. / Demharter, S. / Plo, I. / Weissman, I.L. ...著者: Moraga, I. / Wernig, G. / Wilmes, S. / Gryshkova, V. / Richter, C.P. / Hong, W.J. / Sinha, R. / Guo, F. / Fabionar, H. / Wehrman, T.S. / Krutzik, P. / Demharter, S. / Plo, I. / Weissman, I.L. / Minary, P. / Majeti, R. / Constantinescu, S.N. / Piehler, J. / Garcia, K.C.
履歴
登録2015年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: diabody 305 VH domain
B: Diabody 305 VL domain
C: Erythropoietin receptor
D: diabody 305 VH domain
E: Diabody 305 VL domain
F: Erythropoietin receptor
G: diabody 305 VH domain
H: Diabody 305 VL domain
I: Erythropoietin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,72126
ポリマ－153,0849
非ポリマー1,63817
水5,423301
1
A: diabody 305 VH domain
B: Diabody 305 VL domain
C: Erythropoietin receptor
D: diabody 305 VH domain
E: Diabody 305 VL domain
F: Erythropoietin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,23318
ポリマ－102,0566
非ポリマー1,17712
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: diabody 305 VH domain
H: Diabody 305 VL domain
I: Erythropoietin receptor
ヘテロ分子

G: diabody 305 VH domain
H: Diabody 305 VL domain
I: Erythropoietin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,97716
ポリマ－102,0566
非ポリマー92110
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)125.730, 215.021, 171.905
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 CFI

#3: タンパク質 Erythropoietin receptor / EPO-R


分子量: 25129.424 Da / 分子数: 3 / Mutation: N52Q, N164Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPOR / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P19235

-
抗体 , 2種, 6分子 ADGBEH

#1: 抗体 diabody 305 VH domain


分子量: 13819.239 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#2: 抗体 Diabody 305 VL domain


分子量: 12079.210 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

-
非ポリマー , 4種, 318分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: HEPES, PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→45.576 Å / Num. obs: 68355 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.604→2.697 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.665 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 77.43

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1839)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.604→45.576 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2288 3457 5.06 %
Rwork0.1867 --
obs0.1888 68333 95.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.604→45.576 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9851 0 107 301 10259
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00210235
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6513895
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.7053609
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0261515
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031763
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6042-2.63990.30431110.2591987X-RAY DIFFRACTION74
2.6399-2.67760.30211250.25862080X-RAY DIFFRACTION78
2.6776-2.71750.31251070.24992238X-RAY DIFFRACTION83
2.7175-2.760.32911180.2422313X-RAY DIFFRACTION86
2.76-2.80520.30111280.2342386X-RAY DIFFRACTION89
2.8052-2.85360.27721310.24682515X-RAY DIFFRACTION93
2.8536-2.90550.30061440.24572566X-RAY DIFFRACTION96
2.9055-2.96140.28531430.23712623X-RAY DIFFRACTION98
2.9614-3.02180.27371380.23832642X-RAY DIFFRACTION99
3.0218-3.08750.29461410.22732675X-RAY DIFFRACTION99
3.0875-3.15930.25551300.20922698X-RAY DIFFRACTION100
3.1593-3.23830.26651470.19912686X-RAY DIFFRACTION100
3.2383-3.32580.22551410.19322697X-RAY DIFFRACTION100
3.3258-3.42360.25361430.19492709X-RAY DIFFRACTION100
3.4236-3.53410.22521410.19222699X-RAY DIFFRACTION100
3.5341-3.66040.22841430.17772713X-RAY DIFFRACTION100
3.6604-3.80680.24261430.17542695X-RAY DIFFRACTION100
3.8068-3.980.19981410.17212701X-RAY DIFFRACTION100
3.98-4.18970.20881380.15722733X-RAY DIFFRACTION100
4.1897-4.4520.17151480.14442715X-RAY DIFFRACTION100
4.452-4.79540.17921410.13892715X-RAY DIFFRACTION100
4.7954-5.27730.20411610.14912704X-RAY DIFFRACTION100
5.2773-6.03950.19611620.17492747X-RAY DIFFRACTION100
6.0395-7.60340.2451380.20212770X-RAY DIFFRACTION100
7.6034-45.5830.20261540.1922869X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.91192.72112.12933.3710.97154.5739-0.04750.54310.1144-0.60280.20750.3209-0.12140.2059-0.16150.49580.0327-0.05280.18130.02680.3443-62.0509-49.2532-63.9273
23.8468-1.45110.35923.6074-0.733.86320.0435-0.1862-0.0307-0.05390.06890.1526-0.2688-0.2867-0.07570.29080.0093-0.04120.1919-0.03480.2232-63.0547-53.883-56.5494
33.12172.46630.89497.43322.42034.9239-0.15180.0836-0.0588-0.6130.1568-0.3163-0.2320.2081-0.05210.27880.0238-0.03120.21090.01230.2582-55.5783-52.7774-58.6562
46.9166-0.0799-0.06966.698-1.41476.102-0.3335-0.18211.33040.0105-0.377-0.0024-0.1571-0.09850.46460.5530.1874-0.06140.4219-0.11680.5219-48.7026-68.0231-52.1558
53.41391.1346-0.7546.72324.23723.8129-0.54910.0738-0.721-0.66440.4389-1.64021.22791.91520.10641.01540.41360.15320.80410.0330.657-35.9599-74.4218-68.8873
61.4065-0.520.8251.3624-0.71071.94560.0582-0.0796-0.40080.3048-0.0083-0.02510.34480.2084-0.02650.6560.10430.03660.2808-0.01140.4062-53.8442-72.5926-59.2578
76.258-0.4851.37692.76611.67163.5349-0.420.62440.1625-0.92470.705-0.5463-0.06360.7785-0.3480.60170.02140.05640.3484-0.0440.2831-49.265-61.6446-69.2871
86.7711.0363-0.03672.9056-0.62462.6260.52151.0428-0.6091-0.8516-0.35870.08240.7412-0.2396-0.00670.95820.0942-0.04090.3972-0.130.3958-55.3515-73.0662-72.8434
91.3642-0.1692-1.25670.98540.16696.0936-0.04110.1447-0.3745-0.3378-0.0413-0.3030.68890.08410.11360.82120.1552-0.05090.3538-0.06690.4194-50.5019-77.5002-63.4516
107.3511-0.6987-3.87672.28542.03483.54510.31590.78890.2801-1.19480.2745-1.36590.72651.0499-0.49750.81910.19710.20050.5433-0.05060.633-40.034-68.9065-73.5925
112.25920.7153-1.44561.96290.41822.7579-0.1663-0.00130.1497-0.15330.22610.04190.53990.1497-0.0740.48870.0906-0.08330.28420.00290.3228-54.9088-66.7438-56.7774
122.94284.2218-1.86856.7897-3.49292.1041-0.2634-0.47240.0262-0.0340.5290.0675-0.53960.7072-0.05170.61950.16110.07390.6792-0.20220.5907-35.5396-67.7926-67.1577
132.82350.4120.74222.10050.34994.9787-0.24580.3782-0.2586-0.33930.09960.14540.0218-0.52090.18870.8172-0.2062-0.14060.4985-0.06770.493-80.7645-79.3217-70.1653
140.7904-0.81720.35810.77650.31482.63920.00690.2576-0.2301-0.2923-0.14510.49570.4255-0.47970.12980.8161-0.166-0.20620.462-0.05160.5852-80.3802-77.9678-69.4389
155.10051.3188-0.78924.88290.05644.763-0.0476-0.0318-0.0518-0.0005-0.18090.07540.11-0.21280.15130.7165-0.2202-0.080.3742-0.05640.4884-81.1478-80.9955-39.4115
161.87951.296-3.8774.3333-2.38627.23050.06680.12980.21230.42010.1320.57040.015-0.3292-0.17920.9017-0.3548-0.04680.548-0.06150.5185-85.6696-82.3271-42.3206
174.04865.17512.58237.65612.90261.81580.1492-0.53360.17891.59310.2057-0.1288-0.3508-0.3988-0.42440.5231-0.0247-0.01630.4714-0.10590.4654-47.54-30.8058-14.5946
186.1396-2.035-3.74626.7179-2.52394.6350.30110.11580.38110.099-0.66270.47231.1839-1.5763-0.15560.3588-0.109-0.04160.3049-0.02070.3695-54.6395-41.772-34.5527
192.51320.20470.42846.69732.71094.8715-0.0487-0.47130.03560.78180.07010.14180.1002-0.00170.00590.2971-0.06540.02260.319-0.04190.2237-45.9829-28.0304-23.0791
205.4095-7.17560.18139.4681-0.22670.01010.353-0.81620.9877-0.14310.1394-1.32760.14860.2784-0.29530.2331-0.02870.05090.4187-0.11760.3692-41.2034-27.4975-30.2376
218.4925-4.7814-4.95525.17475.19265.30890.14140.16450.6557-0.33020.2539-0.4132-0.2162-0.1326-0.72670.4710.06170.03760.2925-0.03250.3188-46.0672-20.493-32.6778
222.3116-1.2761-0.31335.60753.37427.24950.30470.570.2902-0.4021-0.5232-0.07870.1826-0.59070.24990.2960.0026-0.0220.42630.06010.2806-51.0327-25.8905-32.4413
231.6895-2.9587-3.20165.17745.58326.0542-0.20790.0073-0.0791-0.0296-0.09290.6599-0.4131-0.43770.220.2861-0.02980.00260.4398-0.07870.2569-54.3823-26.2115-24.0134
242.8615-3.51083.26315.2843-5.13745.0435-0.2304-0.0557-0.3489-0.521-0.2494-0.05360.609-0.19780.64080.29490.0269-0.01830.3098-0.03260.344-48.2561-37.7791-38.8039
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492.12670.5901-0.38661.93860.17212.5311-0.15120.29030.3114-0.41960.1194-0.2479-0.50950.27070.01260.649-0.28560.13930.4779-0.030.4159-39.2211-7.7568-63.9704
502.3945-0.9593-2.20741.71051.62052.7404-0.8701-0.2734-0.15450.5962-0.0458-0.17312.13530.9750.36861.27340.24790.58951.01320.06680.6324-18.5757-29.6306-72.0148
513.5393-1.76922.79553.752-1.56112.3005-0.06960.22810.1431-1.4094-0.8921-1.06770.65411.43180.620.35790.16170.31191.33680.17880.8506-15.1421-28.0106-41.6733
520.2427-0.45630.38730.7503-0.5580.23440.13950.6453-0.1443-0.873-0.3964-0.97061.04181.0479-0.09170.70330.26320.42261.4390.28761.0915-13.1471-31.9525-45.5236
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 33 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 34 through 83 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 84 through 118 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 0 through 8 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 9 through 17 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 18 through 40 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 41 through 50 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 51 through 63 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 64 through 77 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 78 through 86 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 87 through 105 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 106 through 110 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 9 through 68 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 69 through 127 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 128 through 183 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 184 through 221 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 1 through 7 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 8 through 17 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 18 through 44 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 45 through 51 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 52 through 64 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 65 through 73 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 74 through 83 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 84 through 91 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 92 through 108 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 109 through 119 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 0 through 8 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 9 through 17 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 18 through 40 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 41 through 50 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 51 through 69 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 70 through 86 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 87 through 105 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 106 through 110 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 9 through 64 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 65 through 84 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 85 through 141 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 142 through 174 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 175 through 190 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 191 through 221 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'G' and (resid 1 through 7 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'G' and (resid 8 through 17 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'G' and (resid 18 through 51 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'G' and (resid 52 through 64 )
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'G' and (resid 65 through 83 )
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'G' and (resid 84 through 118 )
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'H' and (resid 0 through 8 )
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'H' and (resid 9 through 17 )
49X-RAY DIFFRACTION49chain 'H' and (resid 18 through 110 )
50X-RAY DIFFRACTION50chain 'I' and (resid 10 through 122 )
51X-RAY DIFFRACTION51chain 'I' and (resid 123 through 183 )
52X-RAY DIFFRACTION52chain 'I' and (resid 184 through 219 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る