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- PDB-4y5s: Structure of FtmOx1 with a-Ketoglutarate as co-substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y5s
タイトルStructure of FtmOx1 with a-Ketoglutarate as co-substrate
要素Verruculogen synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Complex / a-Ketoglutarate / FtmOx1
機能・相同性
機能・相同性情報


verruculogen synthase / verruculogen biosynthetic process / dioxygenase activity
類似検索 - 分子機能
Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / q2cbj1_9rhob like domain / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / : / Verruculogen synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Neosartorya fumigata (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.543 Å
データ登録者Yan, W. / Zhang, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM093903 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Endoperoxide formation by an alpha-ketoglutarate-dependent mononuclear non-haem iron enzyme.
著者: Yan, W. / Song, H. / Song, F. / Guo, Y. / Wu, C.H. / Sae Her, A. / Pu, Y. / Wang, S. / Naowarojna, N. / Weitz, A. / Hendrich, M.P. / Costello, C.E. / Zhang, L. / Liu, P. / Jessie Zhang, Y.
履歴
登録2015年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Database references
改定 1.22015年12月9日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Verruculogen synthase
B: Verruculogen synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2257
ポリマ－70,7632
非ポリマー4635
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6140 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area23560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.532, 45.659, 105.201
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Verruculogen synthase / Fumitremorgin biosynthesis protein F


分子量: 35381.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (カビ) / 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: ftmOx1, ftmF, AFUA_8G00230
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q4WAW9, verruculogen synthase
#2: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.2 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM MES pH6.5, 50 mM CoCl2, and 2 M of ammonium sulfate
PH範囲: 6.0-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月28日
放射モノクロメーター: Si single crystal (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.543→36.13 Å / Num. obs: 18963 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.125 / Net I/σ(I): 10.529
反射 シェル解像度: 2.543→2.634 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.691 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99.35

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.543→36.126 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 1867 5.13 %
Rwork0.1756 --
obs0.1785 36389 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.543→36.126 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4535 0 23 146 4704
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0174684
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9256353
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5491767
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037709
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006843
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5428-2.61150.30421380.23332594X-RAY DIFFRACTION99
2.6115-2.68830.3311360.22022683X-RAY DIFFRACTION100
2.6883-2.77510.30781750.21722593X-RAY DIFFRACTION100
2.7751-2.87420.28111490.20992700X-RAY DIFFRACTION100
2.8742-2.98930.28241530.20632619X-RAY DIFFRACTION100
2.9893-3.12520.29291270.20312665X-RAY DIFFRACTION100
3.1252-3.28990.26211580.20952678X-RAY DIFFRACTION100
3.2899-3.49590.27461340.18512670X-RAY DIFFRACTION100
3.4959-3.76550.2271210.18752695X-RAY DIFFRACTION100
3.7655-4.1440.20361360.15112662X-RAY DIFFRACTION100
4.144-4.74250.15371290.12592659X-RAY DIFFRACTION100
4.7425-5.97060.19151460.15072669X-RAY DIFFRACTION100
5.9706-36.12960.2021650.15922635X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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