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Yorodumi- PDB-2o57: Crystal Structure of a putative sarcosine dimethylglycine methylt... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2o57 | ||||||
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Title | Crystal Structure of a putative sarcosine dimethylglycine methyltransferase from Galdieria sulphuraria | ||||||
Components | putative sarcosine dimethylglycine methyltransferase | ||||||
Keywords | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Protein Structure Initiative / PSI-2 / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG | ||||||
Function / homology | Mycolic acid cyclopropane synthase domain like / Vaccinia Virus protein VP39 / Helix Hairpins / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | Galdieria sulphuraria (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.946 Å | ||||||
Authors | Mccoy, J.G. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal Structure of a putative sarcosine dimethylglycine methyltransferase from Galdieria sulphuraria Authors: Mccoy, J.G. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Bitto, E. / Bingman, C.A. | ||||||
History |
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Remark 999 | SEQUENCE The sequence of the protein is not available at the UNP database at the time of processing. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2o57.cif.gz | 249.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2o57.ent.gz | 200.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2o57.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2o57_validation.pdf.gz | 455.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2o57_full_validation.pdf.gz | 468.4 KB | Display | |
Data in XML | 2o57_validation.xml.gz | 51 KB | Display | |
Data in CIF | 2o57_validation.cif.gz | 76.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/2o57 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/2o57 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Details | The biological unit is a dimer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A & B and chains C & D). |
-Components
#1: Protein | Mass: 33734.117 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Galdieria sulphuraria (eukaryote) / Gene: C1006_101305G20.T1 (MSU_GALDI) / Plasmid: PVP 16 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): B834 P(RARE2) #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: Protein Solution (10 MG/ML protein, 0.050 M sodium chloride, 0.0031 M sodium azide, 0.0003 M TCEP, 0.005 M Bis Tris pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (23% MEPEG 5K, 0.03 M ...Details: Protein Solution (10 MG/ML protein, 0.050 M sodium chloride, 0.0031 M sodium azide, 0.0003 M TCEP, 0.005 M Bis Tris pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (23% MEPEG 5K, 0.03 M sarcosine, 0.1 M MOPS pH 7.0), Cryoprotected with: well solution supplemented with up to 15% glycerol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 0.97923, 0.96400 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 8, 2006 / Details: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) Double Crystal Monochromator / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.95→50 Å / Num. obs: 89709 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Χ2: 1.001 / Net I/σ(I): 7.618 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: MAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD set | Highest resolution: 1.95 Å / Lowest resolution: 46.25 Å
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Phasing MAD set shell |
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