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- PDB-4y5q: Activated Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Cryptosporidium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y5q
タイトルActivated Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Cryptosporidium parvum (CpCDPK1) in complex with AMP
要素Calmodulin-domain protein kinase 1, putative
キーワードTRANSFERASE / serine/threonine protein kinase / calcium-binding / ATP-binding / calmodulin / bumped kinase inhibitor / Structural Genomics / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / MSGPP
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / calmodulin binding / intracellular signal transduction / phosphorylation / calcium ion binding / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Calmodulin-domain protein kinase 1, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Merritt, E.A. / Larson, E.T. / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa (MSGPP)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI089441 米国
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Activated Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Cryptosporidium parvum (CpCDPK1) in complex with AMP
著者: Merritt, E.A. / Larson, E.T. / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa
#1: ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2012
タイトル: Multiple determinants for selective inhibition of apicomplexan calcium-dependent protein kinase CDPK1.
著者: Larson, E.T. / Ojo, K.K. / Murphy, R.C. / Johnson, S.M. / Zhang, Z. / Kim, J.E. / Leibly, D.J. / Fox, A.M. / Reid, M.C. / Dale, E.J. / Perera, B.G. / Kim, J. / Hewitt, S.N. / Hol, W.G. / ...著者: Larson, E.T. / Ojo, K.K. / Murphy, R.C. / Johnson, S.M. / Zhang, Z. / Kim, J.E. / Leibly, D.J. / Fox, A.M. / Reid, M.C. / Dale, E.J. / Perera, B.G. / Kim, J. / Hewitt, S.N. / Hol, W.G. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Van Voorhis, W.C. / Maly, D.J. / Merritt, E.A.
履歴
登録2015年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin-domain protein kinase 1, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6606
ポリマ－56,1531
非ポリマー5085
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.070, 55.890, 81.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.790, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Calmodulin-domain protein kinase 1, putative


分子量: 56152.793 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 70-538 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: residues 1-69 were replaced with a His-tag and linker during cloning
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム)
遺伝子: cgd3_920 / プラスミド: PET15MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A3FQ16
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 27% PEG 3350, 0.27 M ammonium tartrate (pH 7.0), 6% PEG 400, 5 mM TCEP, 4 mM MgCl2, 2 mM CaCl2, 2 mM AMP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月4日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.994→40.272 Å / Num. all: 34688 / Num. obs: 34688 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 31.5 Å2 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.085 / Rsym value: 0.064 / Net I/av σ(I): 8.124 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 132992
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.99-2.13.90.6511.21911449460.4190.6511.695.1
2.1-2.233.90.4061.91828747340.2630.4062.596.4
2.23-2.383.90.2722.51715944430.1770.2723.896.6
2.38-2.573.80.1863.91602841680.1240.1864.897.1
2.57-2.823.90.1275.21501938990.0830.1276.997.3
2.82-3.153.80.0778.21345535090.0510.07710.497.7
3.15-3.643.80.05111.11184330970.0340.05115.598.1
3.64-4.463.80.03616.11008026510.0240.03620.898.4
4.46-6.313.80.03516.8788520910.0230.03520.998.4
6.31-40.2723.60.03316.1412211500.0230.03322.997.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.15データスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOSFLMデータ削減
REFMAC5.8.0073位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2→39.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.2306 / WRfactor Rwork: 0.1815 / FOM work R set: 0.7992 / SU B: 10.703 / SU ML: 0.141 / SU R Cruickshank DPI: 0.1725 / SU Rfree: 0.1593 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2296 1734 5 %RANDOM
Rwork0.1832 ---
obs0.1855 32894 96.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 168.36 Å2 / Biso mean: 61.822 Å2 / Biso min: 31.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å2-0 Å2-0.52 Å2
2---2.56 Å2-0 Å2
3---2.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→39.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3602 0 27 115 3744
Biso mean--51.07 54.29 -
残基数----449
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0193732
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023531
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8061.9774995
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88238146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0995450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.22624.514175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.57715694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.481522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024118
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02831
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2073.9621804
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1943.9591803
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.5425.9122244
LS精密化 シェル解像度: 1.995→2.047 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 110 -
Rwork0.308 2356 -
all-2466 -
obs--93.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.16811.04880.08561.3669-0.66511.42040.02510.110.13860.0434-0.0223-0.0477-0.1570.1539-0.00280.0412-0.03030.03260.1056-0.00040.051832.24917.9237.73
23.28820.22970.33592.10330.21181.65570.01920.0202-0.0846-0.0177-0.09660.14430.0838-0.20010.07740.0395-0.02520.02910.0904-0.02340.03817.5495.2269.551
32.67760.0344-0.21782.8337-1.88423.2097-0.0192-0.1977-0.06350.2249-0.3519-0.50580.1860.59440.3710.2732-0.00240.04190.25180.05140.121827.862.88833.093
45.28392.59371.38137.08340.152610.38860.1664-1.20230.61270.9501-0.2101-0.2787-0.96460.48340.04370.3129-0.0722-0.02430.597-0.14220.383749.45717.50225.681
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A66 - 152
2X-RAY DIFFRACTION2A153 - 338
3X-RAY DIFFRACTION3A339 - 466
4X-RAY DIFFRACTION3A601 - 602
5X-RAY DIFFRACTION4A467 - 536
6X-RAY DIFFRACTION4A603 - 604

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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