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- PDB-4y3o: Crystal structure of Ribosomal oxygenase NO66 in complex with sub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y3o
タイトルCrystal structure of Ribosomal oxygenase NO66 in complex with substrate Rpl8 peptide and Ni(II) and cofactor N-oxalyglycine
要素
  • Bifunctional lysine-specific demethylase and histidyl-hydroxylase NO66
  • Rpl8 peptide
キーワードOXIDOREDUCTASE/PEPTIDE / Ribosomal oxygenase / Quaternary compound structure / JMJC-domain / OXIDOREDUCTASE-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-L-histidine (3S)-3-hydroxylase / protein demethylase activity / [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me/H3K36me2 demethylase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / histone H3K36 demethylase activity / histone H3K4 demethylase activity / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / Protein hydroxylation ...protein-L-histidine (3S)-3-hydroxylase / protein demethylase activity / [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me/H3K36me2 demethylase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / histone H3K36 demethylase activity / histone H3K4 demethylase activity / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / Protein hydroxylation / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of osteoblast differentiation / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / cytosolic ribosome / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / postsynapse / postsynaptic density / rRNA binding / structural constituent of ribosome / iron ion binding / translation / focal adhesion / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal oxygenase 1, C-terminal winged helix domain / JmjC domain-containing ribosomal oxygenase (ROX), dimer domain / Outer Surface Protein A; domain 3 - #40 / JmjC domain-containing / JmjC domain / Outer Surface Protein A; domain 3 / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Cupin / JmjC domain ...: / Ribosomal oxygenase 1, C-terminal winged helix domain / JmjC domain-containing ribosomal oxygenase (ROX), dimer domain / Outer Surface Protein A; domain 3 - #40 / JmjC domain-containing / JmjC domain / Outer Surface Protein A; domain 3 / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Cupin / JmjC domain / JmjC domain profile. / Ribosomal protein L2 signature. / Ribosomal protein L2, conserved site / Ribosomal protein L2, domain 3 / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain / Ribosomal protein L2, C-terminal / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal Proteins L2, RNA binding N-terminal domain / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal protein L2 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Translation protein SH3-like domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2 / Jelly Rolls / Nucleic acid-binding, OB-fold / Alpha-Beta Complex / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / NICKEL (II) ION / N-OXALYLGLYCINE / Large ribosomal subunit protein uL2 / Ribosomal oxygenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wang, C. / Zhang, Q. / Zang, J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structure of the JmjC domain-containing protein NO66 complexed with ribosomal protein Rpl8.
著者: Wang, C. / Zhang, Q. / Hang, T. / Tao, Y. / Ma, X. / Wu, M. / Zhang, X. / Zang, J.
履歴
登録2015年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional lysine-specific demethylase and histidyl-hydroxylase NO66
B: Bifunctional lysine-specific demethylase and histidyl-hydroxylase NO66
C: Rpl8 peptide
D: Rpl8 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,92512
ポリマ－108,1784
非ポリマー7478
水10,142563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11540 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area38200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.500, 202.930, 85.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.94, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-809-

HOH

21B-804-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Bifunctional lysine-specific demethylase and histidyl-hydroxylase NO66 / 60S ribosomal protein L8 histidine hydroxylase / Histone lysine demethylase NO66 / Myc-associated ...60S ribosomal protein L8 histidine hydroxylase / Histone lysine demethylase NO66 / Myc-associated protein with JmjC domain / Nucleolar protein 66 / hsNO66 / Ribosomal oxygenase NO66 / ROX


分子量: 52984.836 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 176-641 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NO66, C14orf169, MAPJD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9H6W3, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9H6W3, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む, [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase
#2: タンパク質・ペプチド Rpl8 peptide


分子量: 1104.200 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62917*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 571分子

#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / コメント: 阻害剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 563 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.64 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Imidazole pH 6.5, 0.5 M Sodium acetate trihydrate
PH範囲: 5.5 -7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 62029 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMdata processing
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化解像度: 2.2→40.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 5.743 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26154 3314 5.1 %RANDOM
Rwork0.20279 ---
obs0.20578 62029 97.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.325 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å2-0.25 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→40.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7480 0 44 563 8087
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0197744
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027241
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9221.96810531
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96316591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0455944
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.18422.883385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.194151219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.021577
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.21132
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0218871
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021880
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.032.3183780
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.032.3173778
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0583.4644722
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0573.4654723
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.412.5063964
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.412.5063965
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6373.6685810
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.19719.1079461
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.19619.1089462
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 250 -
Rwork0.285 4600 -
obs--97.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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