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- PDB-4y3k: Structure of Vaspin mutant E379S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y3k
タイトルStructure of Vaspin mutant E379S
要素Serpin A12
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / Serpin / adipokine / exosite
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of triglyceride metabolic process / negative regulation of lipid biosynthetic process / lipid biosynthetic process / regulation of cholesterol metabolic process / molecular function inhibitor activity / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / gluconeogenesis / serine-type endopeptidase inhibitor activity ...regulation of triglyceride metabolic process / negative regulation of lipid biosynthetic process / lipid biosynthetic process / regulation of cholesterol metabolic process / molecular function inhibitor activity / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / gluconeogenesis / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Pippel, J. / Strater, N. / Ulbricht, D. / Schultz, S. / Meier, R. / Heiker, J.T.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB1052 C4, C7 ドイツ
European Union100121469 ドイツ
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2015
タイトル: A unique serpin P1' glutamate and a conserved beta-sheet C arginine are key residues for activity, protease recognition and stability of serpinA12 (vaspin).
著者: Ulbricht, D. / Pippel, J. / Schultz, S. / Meier, R. / Strater, N. / Heiker, J.T.
履歴
登録2015年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月16日Group: Database references
改定 2.02017年9月6日Group: Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serpin A12
B: Serpin A12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,01814
ポリマ－95,1042
非ポリマー91512
水3,387188
1
A: Serpin A12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1509
ポリマ－47,5521
非ポリマー5998
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Serpin A12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8685
ポリマ－47,5521
非ポリマー3164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.959, 151.353, 61.602
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Serpin A12 / OL-64 / Visceral adipose tissue-derived serine protease inhibitor / Vaspin / Visceral adipose-specific serpin


分子量: 47551.828 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-414 / 変異: E379S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINA12 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IW75
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.84 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2.5 M ammonium sulfate, 0.52 mM heparin oligosacchraide dp4, 0.1 M sodium citrate
PH範囲: 4.0 - 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.37 Å / Num. obs: 60841 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 45.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.413 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
XSCALENovember 11, 2013データスケーリング
XDSNovember 11, 2013データ削減
Aimless0.1.27データスケーリング
REFMAC5.7.0029位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IF8

4if8


解像度: 2.2→48.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9534 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9302 / SU R Cruickshank DPI: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.164 / SU Rfree Blow DPI: 0.15 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.154
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2193 3083 5.07 %RANDOM
Rwork0.1862 ---
obs0.1878 60832 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 71.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0724 Å20 Å22.0286 Å2
2---3.6106 Å20 Å2
3---1.5382 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5983 0 53 188 6224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016158HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.128286HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2251SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes161HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes866HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6158HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.93
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.62
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion791SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6871SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2574 218 4.88 %
Rwork0.2485 4252 -
all0.2489 4470 -
obs--99.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.8717-3.852.6965.2141-2.37492.6929-0.27440.08150.095-0.23970.0386-0.37430.4311-0.01190.23580.08860.08210.2991-0.1375-0.0103-0.102147.474191.319627.0823
22.1279-0.0629-0.34241.32460.04192.6294-0.1807-0.14020.0250.10270.0938-0.03970.02480.34870.08690.02180.050.1748-0.1556-0.0094-0.1111148.3243102.94636.4543
33.1478-0.6545-2.14882.14461.84174.2724-0.19920.332-0.23450.1073-0.0798-0.22630.46730.28450.27910.2095-0.01010.2090.08150.045-0.1279151.756597.533311.1873
42.22610.0377-1.07311.8241-0.50463.9274-0.10020.03670.06220.07940.06260.0245-0.08430.12190.03760.00370.00590.1587-0.132-0.0219-0.063144.7578101.81729.7829
51.75951.6733-0.26544.8011-2.97753.8972-0.1063-0.43330.40210.94240.038-0.3598-0.37880.01760.06820.3539-0.2150.2401-0.3655-0.057-0.0156155.2061148.01841.4719
63.51651.36560.11934.4814-0.53051.4290.06570.20520.3350.1165-0.0462-0.1584-0.34520.227-0.0196-0.0463-0.1230.2443-0.35180.0125-0.0799149.4522137.84730.3714
71.82831.35560.19662.18950.3013.29490.0275-0.49860.14230.856-0.1838-0.3205-0.45640.65730.15630.2816-0.1469-0.0254-0.1144-0.05460.0283159.3361136.85152.3901
84.58280.64111.93963.7275-0.30444.03810.1712-0.49670.08590.7939-0.1134-0.2859-0.05430.2089-0.05780.1416-0.13030.2768-0.3957-0.0224-0.1009151.3125138.0545.2406
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|36 - 70}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|71 - 242}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|243 - 308}
4X-RAY DIFFRACTION4{A|309 - 414}
5X-RAY DIFFRACTION5{B|36 - 70}
6X-RAY DIFFRACTION6{B|71 - 176}
7X-RAY DIFFRACTION7{B|177 - 303}
8X-RAY DIFFRACTION8{B|304 - 413}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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