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- PDB-4y2l: Structure of CFA/I pili major subunit CfaB trimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y2l
タイトルStructure of CFA/I pili major subunit CfaB trimer
要素CFA/I fimbrial subunit B
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Enterotoxigenic Escherichia coli / periplasmic chaperone / major pilin / self-assembly / fimbriae
機能・相同性CFA/I fimbrial subunit E, pilin domain / Fimbrial major subunit, CS1-type / CS1 type fimbrial major subunit / pilus / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ISOPROPYL ALCOHOL / CFA/I fimbrial subunit B
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli O78:H11
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.746 Å
データ登録者Bao, R. / Xia, D.
引用ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2016
タイトル: Off-pathway assembly of fimbria subunits is prevented by chaperone CfaA of CFA/I fimbriae from enterotoxigenic E. coli.
著者: Bao, R. / Liu, Y. / Savarino, S.J. / Xia, D.
履歴
登録2015年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年1月24日Group: Advisory / Atomic model / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_distant_solvent_atoms ...atom_site / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 2.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CFA/I fimbrial subunit B
B: CFA/I fimbrial subunit B
C: CFA/I fimbrial subunit B
D: CFA/I fimbrial subunit B
E: CFA/I fimbrial subunit B
F: CFA/I fimbrial subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,99012
ポリマ－95,6696
非ポリマー3216
水11,440635
1
A: CFA/I fimbrial subunit B
D: CFA/I fimbrial subunit B
E: CFA/I fimbrial subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0156
ポリマ－47,8353
非ポリマー1803
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9440 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area20020 Å2
手法PISA
2
B: CFA/I fimbrial subunit B
C: CFA/I fimbrial subunit B
F: CFA/I fimbrial subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9756
ポリマ－47,8353
非ポリマー1403
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8930 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area19890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.266, 105.811, 70.109
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.05, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
CFA/I fimbrial subunit B / CFA/I antigen / CFA/I pilin / Colonization factor antigen I subunit B


分子量: 15944.916 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 25-170 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O78:H11 (strain H10407 / ETEC) (大腸菌)
株: H10407 / ETEC / 遺伝子: cfaB, ETEC_p948_0400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E3PPC4
#2: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL


分子量: 60.095 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 635 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M NaOH-citrate, pH 5.0, 20% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1.03319 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03319 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.746→40.783 Å / Num. obs: 85281 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.75→1.82 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.527 / Mean I/σ(I) obs: 1.54 / % possible all: 91.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1323)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F84

3f84


解像度: 1.746→40.783 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2396 3526 2.36 %Random selection
Rwork0.2036 ---
obs0.2044 149677 84.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.746→40.783 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6450 0 18 635 7103
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0156624
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5569062
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1882314
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0991139
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081151
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7464-1.77030.378770.36633731X-RAY DIFFRACTION54
1.7703-1.79560.36791370.34444901X-RAY DIFFRACTION71
1.7956-1.82240.35911020.3254969X-RAY DIFFRACTION73
1.8224-1.85090.31351280.32495117X-RAY DIFFRACTION74
1.8509-1.88120.38141290.29765151X-RAY DIFFRACTION75
1.8812-1.91360.33591530.28825356X-RAY DIFFRACTION78
1.9136-1.94840.26161280.25975511X-RAY DIFFRACTION79
1.9484-1.98590.27091290.24475492X-RAY DIFFRACTION80
1.9859-2.02640.25721450.23865584X-RAY DIFFRACTION82
2.0264-2.07050.2671240.235859X-RAY DIFFRACTION83
2.0705-2.11870.25121480.23245774X-RAY DIFFRACTION84
2.1187-2.17160.28231420.21865878X-RAY DIFFRACTION87
2.1716-2.23040.25131340.20956000X-RAY DIFFRACTION86
2.2304-2.2960.24511600.21015958X-RAY DIFFRACTION87
2.296-2.37010.2571290.19956079X-RAY DIFFRACTION88
2.3701-2.45480.27221500.19676125X-RAY DIFFRACTION89
2.4548-2.5530.23051590.19316187X-RAY DIFFRACTION90
2.553-2.66920.19611560.18876289X-RAY DIFFRACTION91
2.6692-2.80990.23531420.18896374X-RAY DIFFRACTION92
2.8099-2.98590.21671640.19276441X-RAY DIFFRACTION93
2.9859-3.21640.22691520.17626568X-RAY DIFFRACTION95
3.2164-3.53990.21451630.17376647X-RAY DIFFRACTION96
3.5399-4.05170.17751660.16276686X-RAY DIFFRACTION97
4.0517-5.10320.18551520.14096751X-RAY DIFFRACTION98
5.1032-40.79430.22491570.19716723X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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