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- PDB-4y21: Crystal Structure of Munc13-1 MUN domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y21
タイトルCrystal Structure of Munc13-1 MUN domain
要素Protein unc-13 homolog A
キーワードEXOCYTOSIS / helical bundles / CATCHR
機能・相同性
機能・相同性情報


dense core granule priming / neuronal dense core vesicle exocytosis / diacylglycerol binding / regulation of synaptic vesicle priming / presynaptic dense core vesicle exocytosis / synaptic vesicle docking / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / synaptic vesicle maturation / presynaptic active zone cytoplasmic component / positive regulation of synaptic plasticity ...dense core granule priming / neuronal dense core vesicle exocytosis / diacylglycerol binding / regulation of synaptic vesicle priming / presynaptic dense core vesicle exocytosis / synaptic vesicle docking / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / synaptic vesicle maturation / presynaptic active zone cytoplasmic component / positive regulation of synaptic plasticity / innervation / positive regulation of dendrite extension / neurotransmitter secretion / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / regulation of amyloid precursor protein catabolic process / syntaxin-1 binding / positive regulation of neurotransmitter secretion / syntaxin binding / synaptic vesicle priming / Golgi-associated vesicle / neuromuscular junction development / spectrin binding / presynaptic active zone / synaptic vesicle exocytosis / calyx of Held / excitatory synapse / amyloid-beta metabolic process / SNARE binding / synaptic membrane / synaptic transmission, glutamatergic / long-term synaptic potentiation / neuromuscular junction / terminal bouton / phospholipid binding / synaptic vesicle membrane / presynapse / presynaptic membrane / cell differentiation / calmodulin binding / protein domain specific binding / axon / glutamatergic synapse / synapse / calcium ion binding / protein-containing complex binding / protein-containing complex / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mammalian uncoordinated homology 13, domain 2 / Protein Unc-13 / Protein Unc-13, C2B domain / Munc13-homology domain 2 (MHD2) profile. / MUN domain / Munc13 homology 1 / MUN domain / Munc13-homology domain 1 (MHD1) profile. / Domain of Unknown Function (DUF1041) / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) ...Mammalian uncoordinated homology 13, domain 2 / Protein Unc-13 / Protein Unc-13, C2B domain / Munc13-homology domain 2 (MHD2) profile. / MUN domain / Munc13 homology 1 / MUN domain / Munc13-homology domain 1 (MHD1) profile. / Domain of Unknown Function (DUF1041) / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C2 domain / C2 domain profile. / C1-like domain superfamily / C2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein unc-13 homolog A
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Yang, X.Y. / Wang, S. / Sheng, Y. / Zhang, M. / Zou, W.J. / Wu, L.J. / Kang, L.J. / Rizo, J. / Zhang, R.G. / Xu, T. / Ma, C.
資金援助 中国, 米国, 5件
組織認可番号国
National Science Foundation of China31370819 中国
National Key Basic Research Program of China2014CB910203 中国
National Science Foundation of China31130065 中国
National Science Foundation of China91313301 中国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS37200 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Syntaxin opening by the MUN domain underlies the function of Munc13 in synaptic-vesicle priming.
著者: Yang, X. / Wang, S. / Sheng, Y. / Zhang, M. / Zou, W. / Wu, L. / Kang, L. / Rizo, J. / Zhang, R. / Xu, T. / Ma, C.
履歴
登録2015年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Database references
改定 1.22017年10月18日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein unc-13 homolog A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9871
ポリマ－61,9871
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area28390 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)114.062, 270.921, 47.735
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Protein unc-13 homolog A / Munc13-1


分子量: 61987.020 Da / 分子数: 1 / 断片: MUN domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Unc13a, Unc13h1 / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q62768

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.9492 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.3248 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: PEG 3350, Mg(NO3)2, MES / PH範囲: 5.8-6.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月9日
放射モノクロメーター: SI(111) SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 34107 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.4 % / Net I/σ(I): 27.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SWH

3swh


解像度: 2.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 30.556 / SU ML: 0.244 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.348 / ESU R Free: 0.274 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2519 1712 5.1 %RANDOM
Rwork0.2167 32104 --
obs0.2184 32104 99.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 247.41 Å2 / Biso mean: 88.522 Å2 / Biso min: 51.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.75 Å2-0 Å20 Å2
2---0.44 Å20 Å2
3----3.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4347 0 0 0 4347
残基数----539
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0194436
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024277
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3351.975992
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7139892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0535537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.72725.24208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.41115833
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7021519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2669
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214946
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02977
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it13.1367.9012154
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other13.1377.9012153
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it17.03611.9022689
LS精密化 シェル解像度: 2.896→2.971 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 123 -
Rwork0.341 2325 -
all-2448 -
obs--97.37 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 90.3264 Å / Origin y: 57.0271 Å / Origin z: -9.8236 Å
111213212223313233
T0.4765 Å20.0524 Å2-0.0393 Å2-0.0275 Å20.0152 Å2--0.023 Å2
L0.5257 °2-0.6832 °20.4815 °2-0.8966 °2-0.6311 °2--0.4486 °2
S-0.0239 Å °-0.0086 Å °0.0293 Å °-0.006 Å °0.0082 Å °-0.0338 Å °-0.0124 Å °-0.0174 Å °0.0157 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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