PDB-4y1w: Vis toxin, an ADP-ribosyltransferase from Vibrio Splendidus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y1w

タイトル

Vis toxin, an ADP-ribosyltransferase from Vibrio Splendidus

要素

NAD(+)--arginine ADP-ribosyltransferase Vis

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / nucleotidyltransferase activity / toxin activity / nucleotide binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio splendidus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Ravulapalli, R. / Tempel, W. / Merrrill, A.R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Characterization of Vis Toxin, a Novel ADP-Ribosyltransferase from Vibrio splendidus.
著者: Ravulapalli, R. / Lugo, M.R. / Pfoh, R. / Visschedyk, D. / Poole, A. / Fieldhouse, R.J. / Pai, E.F. / Merrill, A.R.

履歴

登録	2015年2月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y1w.cif.gz	143 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y1w.ent.gz	113.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y1w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/4y1w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/4y1w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xzjC 4yc0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4yc0-d 6t8w-2 4u3b-d 3wdt-4 1hw4-d 4xzj-d 2oyt-d 1s5v-4 6whl-8 1ffl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NAD(+)--arginine ADP-ribosyltransferase Vis

27 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.500, 51.800, 102.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	NAD(+)--arginine ADP-ribosyltransferase Vis / Putative mono(ADP-ribosyl)transferase / mART / Toxin Vis 分子量: 27037.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio splendidus (バクテリア) / 遺伝子: V12B01_18061 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A3UNN4, NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

NAD(+)--arginine ADP-ribosyltransferase Vis / Putative mono(ADP-ribosyl)transferase / mART / Toxin Vis

分子量: 27037.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Vibrio splendidus (バクテリア) / 遺伝子: V12B01_18061 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A3UNN4, NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.49 %
結晶化	温度: 297.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 30% Jeffamine ED-2001, 0.1 M Hepes

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→35.404 Å / Num. obs: 50597 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.0639 / Net I/σ(I): 14.73
反射シェル	解像度: 1.4→1.45 Å / % possible all: 83.48

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→35.404 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 17.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1848	2005	3.96 %
R_work	0.1552	-	-
obs	0.1564	50597	97.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→35.404 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1723	0	0	273	1996

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1777
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.226	2407
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.549	653
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	266
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	310

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.4351	0.2941	120	0.272	2833	X-RAY DIFFRACTION	81
1.4351-1.4739	0.2899	138	0.2459	3187	X-RAY DIFFRACTION	91
1.4739-1.5173	0.2465	131	0.2066	3434	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5173-1.5662	0.1856	137	0.1715	3526	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5662-1.6222	0.1934	158	0.1521	3505	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6222-1.6872	0.2005	143	0.1469	3491	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6872-1.764	0.1595	156	0.1393	3497	X-RAY DIFFRACTION	100
1.764-1.8569	0.1905	138	0.1309	3560	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8569-1.9733	0.1405	146	0.1282	3533	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9733-2.1256	0.1683	145	0.1303	3545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1256-2.3395	0.1803	149	0.1362	3576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3395-2.6779	0.1872	145	0.1451	3575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6779-3.3735	0.1847	153	0.158	3628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3735-35.4152	0.1801	146	0.1647	3702	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.917	-0.1436	1.3166	1.9306	0.4242	2.7183	-0.1907	-0.0089	0.2184	-0.2496	0.0563	0.3366	-0.4163	-0.0988	0.0735	0.1753	0.0256	-0.0404	0.1327	0.0085	0.1668	-7.1241	51.8565	5.9912
2	2.7261	0.0806	-0.2724	3.1039	1.0815	2.4071	0.0891	0.1192	0.2758	-0.3005	0.0327	-0.3705	-0.3058	0.2491	-0.0733	0.1805	-0.0447	0.0525	0.263	-0.0404	0.1996	16.3793	46.3291	8.3897
3	1.0237	-0.1982	0.0561	0.6158	-0.0468	1.182	0	0	0	-0.0413	0.0135	0.0145	0.1114	0.0495	-0.0008	0.1123	-0.0043	0.0077	0.1007	-0.0192	0.1021	4.2428	37.847	11.0957
4	1.8858	0.2725	0.0449	2.0975	-0.2239	1.4996	-0.0053	0.1449	-0.0223	-0.1521	0.0772	0.1275	0.0468	-0.1099	-0.0204	0.1113	-0.0052	0.0021	0.1095	-0.0084	0.09	-0.7478	40.2382	14.774
5	1.5636	0.5753	-1.2401	2.9727	0.0827	6.0129	-0.1673	-0.085	-0.1787	0.0524	-0.0498	-0.2848	0.4853	0.4045	0.0591	0.1414	0.0307	-0.0035	0.1449	0.0259	0.164	6.7245	30.1685	23.828

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 48 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 49 through 87 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 88 through 173 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 174 through 219 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 220 through 239 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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