PDB-4y1b: Structure of crotonyl-CoA carboxylase/reductase AntE V350A in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y1b

タイトル

Structure of crotonyl-CoA carboxylase/reductase AntE V350A in complex with NADP

要素

AntE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / TRANSFERASE / CARBOXYLASE / ANTIMYCIN BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

crotonyl-CoA reductase activity / nucleotide binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces sp. NRRL 2288 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Abe, I. / Zhang, L. / Mori, T.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: Rational Control of Polyketide Extender Units by Structure-Based Engineering of a Crotonyl-CoA Carboxylase/Reductase in Antimycin Biosynthesis
著者: Zhang, L. / Mori, T. / Zheng, Q. / Awakawa, T. / Yan, Y. / Liu, W. / Abe, I.

履歴

登録	2015年2月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月11日	Group: Database references / Experimental preparation
改定 1.2	2020年2月5日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y1b.cif.gz	106.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y1b.ent.gz	77.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y1b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/4y1b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/4y1b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y0kC 4a10S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4y0k-1 1pl8-1 1pl7-1 4jbi-2 1pl6-1 6iqd-1 6c43-1 3lwu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (7) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: AntE

ヘテロ分子

47.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: AntE

ヘテロ分子

A: AntE

ヘテロ分子

A: AntE

ヘテロ分子

A: AntE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
189 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.580, 95.640, 129.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-671- HOH
2	1	A-702- HOH

#1: タンパク質	AntE 分子量: 46610.559 Da / 分子数: 1 / 変異: V350A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. NRRL 2288 (バクテリア) 株: NRRL 2288 / 遺伝子: antE / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: M1SQA1
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10 / 詳細: 100 mM CAPS pH10.0, 38% PEG400, 1 mM NADPH

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月15日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 77021 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.61 % / R_merge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 27.62
反射シェル	解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 6.46 % / Mean I/σ(I) obs: 4.29 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
MOLREP	(CCP4, Program Suite 6.4.0)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4A10

4a10

解像度: 1.5→47.82 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1955	3851	5 %
R_work	0.1788	-	-
obs	0.1797	77005	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→47.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3117	0	48	414	3579

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3253
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.119	4433
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.236	1178
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	470
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	580

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4999-1.5182	0.2898	131	0.2569	2499	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5182-1.5374	0.257	135	0.2424	2555	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5374-1.5576	0.2863	136	0.2322	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5576-1.579	0.2447	137	0.2261	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
1.579-1.6015	0.2478	136	0.2196	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6015-1.6254	0.2613	138	0.2145	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6254-1.6508	0.2209	135	0.219	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6508-1.6779	0.2289	137	0.2119	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6779-1.7068	0.2379	136	0.2048	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7068-1.7379	0.2293	136	0.1992	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7379-1.7713	0.2028	137	0.196	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7713-1.8074	0.2167	137	0.1845	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8074-1.8468	0.1872	137	0.1942	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8468-1.8897	0.2006	137	0.1837	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8897-1.937	0.211	138	0.1854	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.937-1.9893	0.2226	137	0.1891	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9893-2.0479	0.1993	137	0.1809	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0479-2.114	0.2173	136	0.1845	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.114-2.1895	0.2074	138	0.1829	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1895-2.2772	0.2022	138	0.1734	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2772-2.3808	0.1726	138	0.1713	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3808-2.5064	0.2014	138	0.1737	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5064-2.6634	0.1892	138	0.1822	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6634-2.869	0.1901	140	0.1839	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.869-3.1577	0.2138	139	0.1826	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1577-3.6144	0.1871	140	0.1724	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6144-4.5533	0.157	142	0.145	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5533-47.8443	0.1676	147	0.1676	2790	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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