PDB-4y11: Trypsin in complex with with BPTI mutant (2S)-2-amino-4,4,4-trifl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y11

タイトル

Trypsin in complex with with BPTI mutant (2S)-2-amino-4,4,4-trifluorobutanoic acid

要素

Cationic trypsin
Pancreatic trypsin inhibitor

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsinogen activation / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / sulfate binding / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of platelet aggregation / zymogen binding / molecular function inhibitor activity / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / trypsin / serpin family protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Loll, B. / Ye, S. / Berger, A.A. / Muelow, U. / Alings, C. / Wahl, M.C. / Koksch, B.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2015
タイトル: Fluorine teams up with water to restore inhibitor activity to mutant BPTI.
著者: Ye, S. / Loll, B. / Berger, A.A. / Mulow, U. / Alings, C. / Wahl, M.C. / Koksch, B.

履歴

登録	2015年2月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月26日	Group: Database references
改定 2.0	2018年4月18日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / pdbx_audit_support / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.occupancy / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y11.cif.gz	181.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y11.ent.gz	153.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y11.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4y11_validation.pdf.gz	453.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4y11_full_validation.pdf.gz	453.7 KB	表示
XML形式データ	4y11_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	4y11_validation.cif.gz	24.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/4y11 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/4y11	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y0yC 4y0zC 4y10C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3btg-d 1brc-d 3btk-d 4tpi-d 3btd-d 3bte-d 4wwy-1 1ejm-1 3otj-d 2tpi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (10) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (7) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (7) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (8)

登録構造単位

E: Cationic trypsin

I: Pancreatic trypsin inhibitor

ヘテロ分子

31 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.971, 82.102, 123.578
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

-
タンパク質 , 2種, 2分子 EI

#1: タンパク質	Cationic trypsin / Beta-trypsin / trypsin 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: タンパク質	Pancreatic trypsin inhibitor / Aprotinin / Basic protease inhibitor / BPTI 分子量: 6537.464 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 36-93 / Mutation: y / 由来タイプ: 合成 / 詳細: non-canonical amino acid 3EG incorporated / 由来: (合成) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00974

-
非ポリマー , 4種, 313分子

#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.37 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 1.8 to 2.2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月3日
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 93017 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 1.3→1.38 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.799 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→36.102 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.156	4649	5 %	Random selection
R_work	0.1339	-	-	-
obs	0.135	93005	99.36 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→36.102 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2072	0	58	301	2431

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	2387
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.583	3263
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.951	908
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.097	350
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	419

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.3148	0.3392	139	0.333	2639	X-RAY DIFFRACTION	91
1.3148-1.3303	0.2837	153	0.2531	2906	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3303-1.3465	0.2611	155	0.2216	2957	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3465-1.3635	0.221	154	0.2137	2937	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3635-1.3815	0.2216	154	0.2007	2918	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3815-1.4004	0.1879	155	0.1865	2944	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4004-1.4204	0.2001	154	0.1852	2929	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4204-1.4416	0.2053	155	0.1725	2959	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4416-1.4641	0.1779	155	0.1552	2930	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4641-1.4882	0.1897	154	0.1446	2935	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4882-1.5138	0.1679	156	0.1355	2964	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5138-1.5413	0.1719	154	0.1257	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5413-1.571	0.1358	155	0.1192	2951	X-RAY DIFFRACTION	100
1.571-1.6031	0.1448	155	0.1068	2933	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6031-1.6379	0.1217	156	0.1041	2959	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6379-1.676	0.1251	153	0.1038	2923	X-RAY DIFFRACTION	100
1.676-1.7179	0.1396	155	0.101	2936	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7179-1.7644	0.1282	157	0.1075	2985	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7644-1.8163	0.1282	155	0.1079	2944	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8163-1.8749	0.1554	156	0.1077	2957	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8749-1.9419	0.1332	154	0.1083	2936	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9419-2.0197	0.1475	157	0.114	2983	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0197-2.1116	0.1405	155	0.1136	2941	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1116-2.2229	0.1357	157	0.1155	2976	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2229-2.3621	0.1382	155	0.1183	2962	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3621-2.5445	0.1297	157	0.1235	2984	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5445-2.8004	0.164	158	0.1337	2986	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8004-3.2055	0.1558	158	0.1426	3008	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2055-4.0377	0.1452	159	0.1322	3025	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0377-36.116	0.182	159	0.1575	3024	X-RAY DIFFRACTION	95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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