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- PDB-4y10: Trypsin in complex with with BPTI mutant (2S)-2-amino-4,4-difluor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y10
タイトルTrypsin in complex with with BPTI mutant (2S)-2-amino-4,4-difluorobutanoic acid
要素
  • Cationic trypsin
  • Pancreatic trypsin inhibitor
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE INHIBITORS / DIGESTION / METAL-BINDING / PROTEASE / SECRETED / SERINE PROTEASE / ZYMOGEN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsinogen activation / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / sulfate binding / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of platelet aggregation / zymogen binding / molecular function inhibitor activity / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / trypsin / serpin family protein binding ...trypsinogen activation / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / sulfate binding / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of platelet aggregation / zymogen binding / molecular function inhibitor activity / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / protease binding / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily ...: / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / : / Few Secondary Structures / Irregular / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine protease 1 / Pancreatic trypsin inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Loll, B. / Ye, S. / Berger, A.A. / Muelow, U. / Alings, C. / Wahl, M.C. / Koksch, B.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationGraduate School GRK 1582/1 ドイツ
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2015
タイトル: Fluorine teams up with water to restore inhibitor activity to mutant BPTI.
著者: Ye, S. / Loll, B. / Berger, A.A. / Mulow, U. / Alings, C. / Wahl, M.C. / Koksch, B.
履歴
登録2015年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Database references
改定 2.02018年4月18日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / pdbx_audit_support / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.occupancy / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Cationic trypsin
I: Pancreatic trypsin inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,84113
ポリマ－29,8442
非ポリマー99711
水6,233346
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area11790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.694, 81.854, 123.612
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 EI

#1: タンパク質 Cationic trypsin / Beta-trypsin / trypsin


分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: タンパク質 Pancreatic trypsin inhibitor / Aprotinin / Basic protease inhibitor / BPTI


分子量: 6519.474 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 36-93 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: non-canonical amino acid incorporated (OBF) / 由来: (合成) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00974

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非ポリマー , 4種, 357分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 1.8 to 2.2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→50 Å / Num. obs: 79871 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 1.37→1.48 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.37→34.124 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1652 3992 5 %Random selection
Rwork0.138 ---
obs0.1393 79833 99.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.37→34.124 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2071 0 52 346 2469
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0192330
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6913177
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.95864
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1343
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011408
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3669-1.3830.26581300.25142471X-RAY DIFFRACTION94
1.383-1.39990.25561340.22452554X-RAY DIFFRACTION100
1.3999-1.41760.26561370.21442594X-RAY DIFFRACTION100
1.4176-1.43620.26311370.2012620X-RAY DIFFRACTION100
1.4362-1.45590.25211380.17822612X-RAY DIFFRACTION100
1.4559-1.47670.22441360.17162578X-RAY DIFFRACTION100
1.4767-1.49880.18841360.16182590X-RAY DIFFRACTION100
1.4988-1.52220.18391370.15222594X-RAY DIFFRACTION100
1.5222-1.54710.17231370.15162615X-RAY DIFFRACTION100
1.5471-1.57380.20381360.14962579X-RAY DIFFRACTION100
1.5738-1.60240.15281370.13672615X-RAY DIFFRACTION100
1.6024-1.63320.1751390.13422623X-RAY DIFFRACTION100
1.6332-1.66660.16881360.12792592X-RAY DIFFRACTION100
1.6666-1.70280.15171370.12382603X-RAY DIFFRACTION100
1.7028-1.74240.15371380.12512613X-RAY DIFFRACTION100
1.7424-1.7860.14321360.12622603X-RAY DIFFRACTION100
1.786-1.83430.17681370.12352600X-RAY DIFFRACTION100
1.8343-1.88830.16171380.12512613X-RAY DIFFRACTION99
1.8883-1.94920.14451380.12622629X-RAY DIFFRACTION100
1.9492-2.01890.161380.12442611X-RAY DIFFRACTION100
2.0189-2.09970.16261370.12422611X-RAY DIFFRACTION100
2.0997-2.19520.16331380.12222625X-RAY DIFFRACTION100
2.1952-2.31090.14181380.12362626X-RAY DIFFRACTION100
2.3109-2.45570.14791390.12922626X-RAY DIFFRACTION100
2.4557-2.64520.13791390.13222642X-RAY DIFFRACTION100
2.6452-2.91130.17261390.14362652X-RAY DIFFRACTION100
2.9113-3.33230.18031410.13852672X-RAY DIFFRACTION100
3.3323-4.19710.12541410.12292690X-RAY DIFFRACTION100
4.1971-34.13440.18491480.15412788X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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