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- PDB-4y0o: Crystal structure of OXA-58, a carbapenem hydrolyzing Class D bet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y0o
タイトルCrystal structure of OXA-58, a carbapenem hydrolyzing Class D beta-lactamase from Acinetobacter baumanii.
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / OXA-58 / A. baumannii / carbapenemase / beta lactamase
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-lactamase OXA-58
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Pratap, S. / Katiki, M. / Gill, P. / Golemi-Kotra, D. / Kumar, P.
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / : 2015
タイトル: Active-Site Plasticity Is Essential to Carbapenem Hydrolysis by OXA-58 Class D beta-Lactamase of Acinetobacter baumannii.
著者: Pratap, S. / Katiki, M. / Gill, P. / Kumar, P. / Golemi-Kotra, D.
履歴
登録2015年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4981
ポリマ-31,4981
非ポリマー00
2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.074, 67.038, 93.515
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 31498.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: blaOXA-58, bla-oxa58 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 / 参照: UniProt: Q2TR58, beta-lactamase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris base/Hydrochloric acid (pH 8.0), 30% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→54.48 Å / Num. obs: 9500 / % possible obs: 95.72 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.26
反射 シェル解像度: 2.37→2.46 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.75 / % possible all: 73.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.37→54.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 20.991 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.271 / ESU R Free: 0.294 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23967 964 10.1 %RANDOM
Rwork0.19292 ---
obs0.19776 8536 95.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.43 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3---0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→54.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1943 0 0 117 2060
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0191987
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021906
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7321.9472685
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3434377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.3545242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.89224.84295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.93415343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.788159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02471
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5032.146971
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5032.145970
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8843.2181212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.8833.2181213
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4022.1781016
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.4022.1791017
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.7233.2481474
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.45717.4012224
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.38917.1472198
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.375→2.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 54 -
Rwork0.301 441 -
obs--68.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.0306-0.6783-2.56170.63311.12062.9336-0.3414-0.5138-0.37870.19110.0014-0.00510.20370.61050.340.2631-0.0818-0.07870.53080.12910.227923.176-3.7877.476
25.1305-0.18362.45491.07890.26114.31540.14550.4564-0.1928-0.0112-0.11090.01320.21350.1127-0.03460.1190.03930.04550.24950.02460.034813.067-2.638-14.035
311.6371-1.75941.18839.00344.47157.32970.3118-0.1328-0.86980.6436-0.12960.28380.8692-0.3133-0.18220.2244-0.0258-0.02870.24410.01040.07424.416-10.714-17.375
44.3946-1.6337-1.33737.7745-0.90352.8953-0.2550.59940.1195-0.33940.1011-0.2631-0.09470.09970.1540.1558-0.0214-0.02220.35170.04320.025311.4552.671-24.219
56.30931.42923.58925.74950.79265.5805-0.16170.87860.1663-0.6393-0.0790.0663-0.09760.55650.24080.12140.00650.03130.3960.04510.042920.6592.149-20.933
68.4852-0.61414.30451.3401-0.6035.7856-0.1955-0.01080.29970.0777-0.03910.0541-0.56310.04890.23450.30850.0249-0.01870.2234-0.01160.093311.0268.612-7.737
73.42391.47-1.499511.3584-8.17438.40210.17550.1823-0.25550.10170.14010.2332-0.1351-0.5959-0.31560.155-0.00350.00750.277-0.04820.07451.403-0.317-6.918
810.4995-2.5385-1.93424.56210.17862.3865-0.05210.2460.2021-0.1773-0.02210.06470.0951-0.08970.07430.1118-0.0071-0.02230.23860.01970.019414.444-4.635-6.073
912.2271-6.871-6.0437.45363.71235.5584-0.1502-0.18550.1430.30810.0840.11190.0035-0.05980.06620.1627-0.0331-0.04220.25540.02060.086213.948-0.1130.678
104.8483-0.5063-4.04441.96460.34866.1213-0.1049-0.1248-0.20620.08530.0035-0.14290.63180.0570.10130.1464-0.0162-0.03060.27270.02240.03115.738-9.5792.657
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A38 - 60
2X-RAY DIFFRACTION2A61 - 117
3X-RAY DIFFRACTION3A118 - 131
4X-RAY DIFFRACTION4A132 - 154
5X-RAY DIFFRACTION5A155 - 177
6X-RAY DIFFRACTION6A178 - 196
7X-RAY DIFFRACTION7A197 - 212
8X-RAY DIFFRACTION8A213 - 239
9X-RAY DIFFRACTION9A240 - 254
10X-RAY DIFFRACTION10A255 - 280

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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