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- PDB-4y0g: beta2 carbohydrate binding module (CBM) of AMP-activated protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y0g
タイトルbeta2 carbohydrate binding module (CBM) of AMP-activated protein kinase (AMPK)
要素5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
キーワードPROTEIN BINDING / carbohydrate binding module / AMPK
機能・相同性
機能・相同性情報


AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / Carnitine shuttle / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Macroautophagy / TP53 Regulates Metabolic Genes / nucleotide-activated protein kinase complex / cAMP-dependent protein kinase complex / cellular response to nutrient levels / fatty acid biosynthetic process ...AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / Carnitine shuttle / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Macroautophagy / TP53 Regulates Metabolic Genes / nucleotide-activated protein kinase complex / cAMP-dependent protein kinase complex / cellular response to nutrient levels / fatty acid biosynthetic process / positive regulation of cold-induced thermogenesis / apical plasma membrane / protein kinase binding / enzyme binding / signal transduction / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / : / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain / AMP-activated protein kinase, glycogen-binding domain / Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins ...Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / : / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain / AMP-activated protein kinase, glycogen-binding domain / Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Mobbs, J. / Gorman, M.A. / Parker, M.W. / Gooley, P.R. / Griffin, M.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2015
タイトル: Determinants of oligosaccharide specificity of the carbohydrate-binding modules of AMP-activated protein kinase.
著者: Mobbs, J.I. / Koay, A. / Di Paolo, A. / Bieri, M. / Petrie, E.J. / Gorman, M.A. / Doughty, L. / Parker, M.W. / Stapleton, D.I. / Griffin, M.D. / Gooley, P.R.
履歴
登録2015年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月3日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
B: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,87311
ポリマ－20,0442
非ポリマー8299
水5,423301
1
A: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5757
ポリマ－10,0221
非ポリマー5536
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2984
ポリマ－10,0221
非ポリマー2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.973, 27.627, 78.882
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 133.88, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-349-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2 / AMPK subunit beta-2


分子量: 10022.198 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 74-155 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Prkab2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9QZH4
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.43 %
結晶化温度: 281.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.17 M ammonium sulphate, 15% v/v glycerol and 25.5 % w/v PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→40.72 Å / Num. obs: 23221 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 20.68 Å2 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.62 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.669 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 90.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
Cootモデル構築
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
Blu-Iceデータ収集
精密化解像度: 1.6→40.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 2.988 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18247 1184 5.1 %RANDOM
Rwork0.14985 ---
obs0.15154 22035 97.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.732 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å2-0.07 Å2
2--0.65 Å20 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→40.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1332 0 54 301 1687
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0191425
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021335
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8891.9431929
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84633081
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.075168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.04924.84866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.94415220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.633154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2213
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211574
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02334
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2771.001666
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2761.001665
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0961.496830
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0951.497831
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2741.393759
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2191.394759
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.471.9231098
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.76611.7081781
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.3289.5611599
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.637 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 79 -
Rwork0.238 1545 -
obs--92.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.058-0.0276-0.3020.1913-0.15290.8439-0.084-0.0633-0.0423-0.0264-0.00460.028-0.00660.07720.08860.01610.0024-0.00830.02480.02050.028365.883-18.546766.9303
21.5729-0.4554-0.24840.143-0.05411.5609-0.0103-0.1328-0.03830.0090.04730.0112-0.0842-0.0576-0.0370.00980.00450.00730.0294-0.00410.020639.7111-11.627676.5826
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A75 - 156
2X-RAY DIFFRACTION2B73 - 156

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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