PDB-4y0e: X-ray Crystal Structure of a putative dioxygenase from Mycobacter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y0e

タイトル

X-ray Crystal Structure of a putative dioxygenase from Mycobacterium abscessus

要素

Putative dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dioxygenase / Mycobacterium abscessus / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: X-ray Crystal Structure of a putative dioxygenase from Mycobacterium abscessus
著者: Fairman, J.W. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E. / SSGCID

履歴

登録	2015年2月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y0e.cif.gz	995.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y0e.ent.gz	825.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y0e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4y0e_validation.pdf.gz	552.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4y0e_full_validation.pdf.gz	580.6 KB	表示
XML形式データ	4y0e_validation.xml.gz	107.5 KB	表示
CIF形式データ	4y0e_validation.cif.gz	153.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/4y0e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/4y0e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1gy9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3bnx-d 3qvi-d 7kaz-1 3syq-1 5hsh-d 3bny-d 2qks-1 7kav-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MyabA.01188.b

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative dioxygenase

B: Putative dioxygenase

C: Putative dioxygenase

D: Putative dioxygenase

E: Putative dioxygenase

F: Putative dioxygenase

G: Putative dioxygenase

H: Putative dioxygenase

ヘテロ分子

305 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative dioxygenase

B: Putative dioxygenase

C: Putative dioxygenase

D: Putative dioxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
152 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Putative dioxygenase

F: Putative dioxygenase

ヘテロ分子

G: Putative dioxygenase

H: Putative dioxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
152 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	103.900, 92.980, 136.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.110, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D
5	1	chain E
6	1	chain F
7	1	chain G
8	1	chain H

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A	A	3 - 315
2	1	1	chain B	B	3 - 315
3	1	1	chain C	C	3 - 500
4	1	1	chain D	D	1 - 315
5	1	1	chain E	E	1 - 316
6	1	1	chain F	F	3 - 312
7	1	1	chain G	G	3 - 500
8	1	1	chain H	H	3 - 315

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Putative dioxygenase 分子量: 37660.043 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 株: ATCC 19977 / DSM 44196 / 遺伝子: MAB_4209c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B1MIR1

-
非ポリマー , 5種, 2004分子

#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1980 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.67 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Mopheus A12: 0.06 M divalents (MgCl2, CaCl2), 0.1 M TRIS/Bicine pH 8.50, 37.5% v/v MPD + PEG 1000 + PEG 3350 PH範囲: 8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月24日

放射

モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 201264 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.25 % / B_iso Wilson estimate: 18.73 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.067 / R_rim(I) all: 0.076 / Χ²: 0.967 / Net I/σ(I): 17.18 / Num. measured all: 855962

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.9-1.95		0.854	0.496	3.15	62870	14988	14644	0.565	97.7
1.95-2		0.906	0.392	3.97	61358	14635	14314	0.447	97.8
2-2.06		0.939	0.304	5.04	59997	14271	13989	0.346	98
2.06-2.12		0.95	0.266	5.75	58387	13884	13628	0.303	98.2
2.12-2.19		0.97	0.211	7.05	56309	13365	13135	0.24	98.3
2.19-2.27		0.979	0.176	8.4	54922	13027	12822	0.201	98.4
2.27-2.36		0.983	0.151	9.69	52910	12530	12362	0.172	98.7
2.36-2.45		0.988	0.129	11.19	50901	12064	11898	0.147	98.6
2.45-2.56		0.991	0.108	13.17	48724	11550	11415	0.123	98.8
2.56-2.69		0.994	0.089	15.69	46784	11090	10972	0.102	98.9
2.69-2.83		0.996	0.074	18.33	44514	10545	10451	0.085	99.1
2.83-3		0.997	0.059	22.81	41986	9974	9891	0.067	99.2
3-3.21		0.998	0.047	27.3	39326	9370	9299	0.054	99.2
3.21-3.47		0.999	0.037	33.17	36616	8766	8711	0.042	99.4
3.47-3.8		0.999	0.032	38.09	33323	8027	7986	0.036	99.5
3.8-4.25		0.999	0.027	43.08	30047	7321	7286	0.031	99.5
4.25-4.91		0.999	0.022	48.63	26084	6435	6401	0.025	99.5
4.91-6.01		1	0.024	43.74	23205	5467	5448	0.027	99.7
6.01-8.5		1	0.022	43.28	18094	4272	4261	0.025	99.7
	8.5	1	0.015	50.21	9605	2397	2351	0.018	98.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1GY9

1gy9

解像度: 1.9→45.401 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1952	9508	4.96 %	RANDOM
R_work	0.1598	182187	-	-
obs	0.1616	191695	93.99 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 100.95 Å² / B_iso mean: 28.3718 Å² / B_iso min: 6.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→45.401 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18680	0	192	1980	20852
B_iso mean	-	-	67.63	32.57	-
残基数	-	-	-	-	2414

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	19673
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.071	26935
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	3042
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3487
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.96	7067

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	10750	X-RAY DIFFRACTION	5.437	TORSIONAL
1	2	B	10750	X-RAY DIFFRACTION	5.437	TORSIONAL
1	3	C	10750	X-RAY DIFFRACTION	5.437	TORSIONAL
1	4	D	10750	X-RAY DIFFRACTION	5.437	TORSIONAL
1	5	E	10750	X-RAY DIFFRACTION	5.437	TORSIONAL
1	6	F	10750	X-RAY DIFFRACTION	5.437	TORSIONAL
1	7	G	10750	X-RAY DIFFRACTION	5.437	TORSIONAL
1	8	H	10750	X-RAY DIFFRACTION	5.437	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9-1.9215	0.2789	250	0.2283	5439	5689	84
1.9215-1.9442	0.2369	276	0.2152	5495	5771	85
1.9442-1.9679	0.249	292	0.2015	5626	5918	87
1.9679-1.9928	0.2394	292	0.1997	5642	5934	87
1.9928-2.019	0.2402	303	0.1861	5750	6053	89
2.019-2.0467	0.2149	315	0.182	5772	6087	90
2.0467-2.0759	0.2356	275	0.1761	5803	6078	90
2.0759-2.1069	0.2204	350	0.1766	5787	6137	91
2.1069-2.1398	0.2192	306	0.1689	5926	6232	92
2.1398-2.1749	0.1876	310	0.1563	5966	6276	92
2.1749-2.2124	0.199	299	0.1547	6026	6325	93
2.2124-2.2526	0.2012	307	0.163	5946	6253	93
2.2526-2.2959	0.2202	303	0.1607	6054	6357	94
2.2959-2.3428	0.2154	311	0.1619	6034	6345	94
2.3428-2.3937	0.1987	347	0.1517	6097	6444	95
2.3937-2.4494	0.1974	313	0.1584	6127	6440	95
2.4494-2.5107	0.2024	322	0.1539	6128	6450	95
2.5107-2.5785	0.1825	275	0.1592	6220	6495	96
2.5785-2.6544	0.2214	285	0.1638	6231	6516	96
2.6544-2.7401	0.2072	353	0.1659	6219	6572	97
2.7401-2.838	0.2136	299	0.1607	6277	6576	97
2.838-2.9516	0.1901	351	0.1629	6298	6649	98
2.9516-3.0859	0.1931	335	0.1632	6326	6661	98
3.0859-3.2486	0.2068	355	0.1679	6352	6707	98
3.2486-3.452	0.1936	347	0.1519	6385	6732	99
3.452-3.7184	0.1682	348	0.1444	6400	6748	99
3.7184-4.0924	0.1608	362	0.1376	6405	6767	99
4.0924-4.6841	0.1504	364	0.1214	6418	6782	99
4.6841-5.8994	0.18	325	0.1522	6529	6854	99
5.8994-45.4136	0.2029	338	0.1827	6509	6847	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0669	0.3387	0.1116	0.6383	-0.716	1.3468	0.1194	-0.5235	-0.3818	0.2904	0.0641	0.3812	0.343	-0.4807	0.0144	0.2553	-0.1065	0.0168	0.4006	0.1568	0.3784	-57.446	-2.7776	133.8089
2	1.841	0.0436	0.4568	0.6366	-0.1026	0.9616	0.0678	-0.4639	-0.0686	0.2189	-0.015	0.126	0.0597	-0.2637	0.0031	0.1424	-0.0319	0.0127	0.2498	0.0288	0.1472	-46.8474	8.3475	131.9695
3	2.5323	-0.1254	0.6483	0.1022	-0.3806	1.2362	0.1043	-0.4397	0.0897	0.108	-0.0374	0.511	-0.0409	-0.3108	-0.0485	0.0856	-0.021	0.0046	0.235	-0.0577	0.4465	-77.3937	19.4465	113.2079
4	1.3945	0.3815	0.2904	1.4539	0.4519	1.169	0.0265	0.2072	0.0821	-0.5495	0.0414	0.3811	-0.0079	-0.0395	-0.0664	0.1687	-0.0045	-0.1189	0.1948	-0.0232	0.3238	-72.1333	14.5427	98.4768
5	1.4319	0.8317	0.4493	2.2012	-0.2691	0.4265	-0.0012	0.072	-0.0921	-0.2819	0.0443	-0.0751	0.115	0.0375	-0.0267	0.1195	0.0131	-0.0243	0.1227	-0.0235	0.1902	-56.439	17.8782	104.6429
6	0.9498	-0.2353	0.2729	3.0058	1.9182	3.0286	-0.1914	0.4081	-0.4957	-0.2295	0.133	-0.2686	0.4216	0.2672	-0.0562	0.2471	0.0086	0.0797	0.204	-0.0764	0.337	-46.8899	22.7612	96.8467
7	2.3776	0.77	0.3261	2.2821	0.1275	0.8778	-0.0648	0.072	-0.1028	-0.1256	-0.0168	0.0735	0.0052	0.0039	0.0093	0.106	0.0005	-0.0052	0.0992	0.0033	0.1293	-51.7235	28.9887	105.5105
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9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 3 through 30 )	C
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 31 through 53 )	C
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 54 through 85 )	C
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 86 through 153 )	C
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 154 through 174 )	C
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 175 through 199 )	C
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 200 through 280 )	C
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 281 through 312 )	C
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 1 through 30 )	D
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 31 through 85 )	D
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 86 through 153 )	D
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 154 through 185 )	D
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 186 through 280 )	D
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 281 through 315 )	D
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 1 through 53 )	E
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 54 through 85 )	E
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 86 through 115 )	E
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 116 through 199 )	E
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 200 through 302 )	E
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 303 through 316 )	E
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 3 through 30 )	F
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 31 through 85 )	F
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 86 through 153 )	F
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 154 through 174 )	F
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 175 through 199 )	F
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 200 through 221 )	F
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 222 through 237 )	F
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resid 238 through 280 )	F
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 281 through 297 )	F
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 298 through 312 )	F
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'G' and (resid 3 through 85 )	G
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'G' and (resid 86 through 153 )	G
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44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'H' and (resid 86 through 115 )	H
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47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'H' and (resid 200 through 280 )	H
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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