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万見
- PDB-1gy9: Taurine/alpha-ketoglutarate Dioxygenase from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gy9
タイトルTaurine/alpha-ketoglutarate Dioxygenase from Escherichia coli
要素ALPHA-KETOGLUTARATE-DEPENDENT TAURINE DIOXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / TAURINE / SULPHUR METABOLISM / OXYGENASE / ALPHA-KETOGLUTARATE / TAUD / TFDA
機能・相同性
機能・相同性情報


taurine catabolic process / taurine dioxygenase complex / taurine dioxygenase / taurine dioxygenase activity / sulfur compound metabolic process / L-ascorbic acid binding / ferrous iron binding / protein homotetramerization / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Clavaminate synthase-like / Double-stranded beta-helix / TauD/TfdA-like domain / Taurine catabolism dioxygenase TauD, TfdA family / Taurine dioxygenase TauD-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / 2-AMINOETHANESULFONIC ACID / Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Elkins, J.M. / Burzlaff, N.I. / Ryle, M.J. / Lloyd, J.S. / Clifton, I.J. / Baldwin, J.E. / Hausinger, R.P. / Roach, P.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: X-Ray Crystal Structure of Escherichia Coli Taurine/Alpha-Ketoglutarate Dioxygenase Complexed to Ferrous Iron and Substrates.
著者: Elkins, J.M. / Ryle, M.J. / Clifton, I.J. / Dunning Hotopp, J.C. / Lloyd, J.S. / Burzlaff, N.I. / Baldwin, J.E. / Hausinger, R.P. / Roach, P.L.
履歴
登録2002年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-KETOGLUTARATE-DEPENDENT TAURINE DIOXYGENASE
B: ALPHA-KETOGLUTARATE-DEPENDENT TAURINE DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6179
ポリマ－64,9072
非ポリマー7107
水39622
1
B: ALPHA-KETOGLUTARATE-DEPENDENT TAURINE DIOXYGENASE
ヘテロ分子

B: ALPHA-KETOGLUTARATE-DEPENDENT TAURINE DIOXYGENASE
ヘテロ分子

B: ALPHA-KETOGLUTARATE-DEPENDENT TAURINE DIOXYGENASE
ヘテロ分子

B: ALPHA-KETOGLUTARATE-DEPENDENT TAURINE DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,12216
ポリマ－129,8144
非ポリマー1,30812
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation8_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation11_656-x+y+1,y,-z+11
Buried area9380 Å2
ΔGint-83.43 kcal/mol
Surface area43450 Å2
手法PISA
2
A: ALPHA-KETOGLUTARATE-DEPENDENT TAURINE DIOXYGENASE
ヘテロ分子

A: ALPHA-KETOGLUTARATE-DEPENDENT TAURINE DIOXYGENASE
ヘテロ分子

A: ALPHA-KETOGLUTARATE-DEPENDENT TAURINE DIOXYGENASE
ヘテロ分子

A: ALPHA-KETOGLUTARATE-DEPENDENT TAURINE DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,34620
ポリマ－129,8144
非ポリマー1,53216
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+2/31
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+2/31
Buried area9300 Å2
ΔGint-75.59 kcal/mol
Surface area43880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.786, 116.786, 201.937
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A3 - 351
2111B3 - 351

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.85598, 0.51686, -0.01248), (-0.51699, -0.85591, 0.0118), (-0.00458, 0.01655, 0.99985)
ベクター: 57.74625, 57.79279, 33.19389)

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要素

#1: タンパク質 ALPHA-KETOGLUTARATE-DEPENDENT TAURINE DIOXYGENASE


分子量: 32453.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P37610, taurine dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-TAU / 2-AMINOETHANESULFONIC ACID / タウリン


分子量: 125.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7NO3S
#4: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CONVERTS ALPHA KETOGLUTARATE AND TAURINE INTO SULPHITE, SUCCINATE AND AMINOACETALDEHYDE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 20-28% PEG1000, 20% ETHYLENE GLYCOL, 75MM IMIDAZOLE PH7.5, PROTEIN SOLUTION LOADED WITH FE(II), ALPHA-KETOGLUTARATE, TAURINE, DITHIOTHREITOL, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.935
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→90 Å / Num. obs: 28679 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GQW

1gqw


解像度: 2.5→45.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 12.51 / SU ML: 0.286 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.501 / ESU R Free: 0.315 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS RESIDUES WITH DISORDERED SIDE-CHAINS WERE MODELED AS ALANINE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 2840 9.9 %RANDOM
Rwork0.261 ---
obs0.264 25742 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4357 0 37 22 4416
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0214529
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.0451.9286186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg1.02139291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2676
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025093
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02942
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2460.31099
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2350.34282
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1070.52
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.5272
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.107
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3720.318
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2970.361
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.260.59
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6871.52783
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.21824485
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.13231746
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4494.51701
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4025 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.060.05
2Btight positional0.060.05
1Atight thermal0.170.5
2Btight thermal0.170.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.358 219
Rwork0.289 1837
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3505-1.61530.82953.0273-0.38695.24090.3820.1056-0.4895-0.6365-0.480.5431.1537-0.12690.0980.59060.3323-0.01840.1986-0.06190.22929.10534.33546.365
22.2538-0.0214-0.25862.8065-0.12057.00460.65170.32570.5302-0.4687-0.18110.1818-0.939-0.391-0.47071.39860.49860.16330.2730.12960.446149.68813.43779.664
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 282
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 282

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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