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- PDB-4xz2: Human platelet phosphofructokinase in an R-state in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xz2
タイトルHuman platelet phosphofructokinase in an R-state in complex with ADP and F6P, crystal form I
要素ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
キーワードTRANSFERASE / human platelet phosphofructokinase / fructose 6-phosphate / main regulator of glycolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / Glycolysis / cellular response to leukemia inhibitory factor / cadherin binding ...6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / Glycolysis / cellular response to leukemia inhibitory factor / cadherin binding / protein-containing complex binding / extracellular exosome / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent 6-phosphofructokinase, vertebrate-type / ATP-dependent 6-phosphofructokinase, eukaryotic-type / Phosphofructokinase, conserved site / Phosphofructokinase signature. / Phosphofructokinase domain / ATP-dependent 6-phosphofructokinase / Phosphofructokinase superfamily / Phosphofructokinase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / PHOSPHATE ION / ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å
Model detailsN- and C-terminal truncation (N=25, C=22 aa), N-terminal Strep-tag and EK-site
データ登録者Kloos, M. / Strater, N.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB 610 ドイツ
引用
ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of human platelet phosphofructokinase-1 locked in an activated conformation.
著者: Kloos, M. / Bruser, A. / Kirchberger, J. / Schoneberg, T. / Strater, N.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2014
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic analysis of human muscle phosphofructokinase, the main regulator of glycolysis.
著者: Brueser, A. / Kirchberger, J. / Schoeneberg, T. / Straeter, N.
履歴
登録2015年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月1日Group: Database references
改定 1.22015年8月5日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / diffrn_radiation_wavelength ...chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_audit_support / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
B: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
C: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
D: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)335,94918
ポリマ－332,6444
非ポリマー3,30514
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18410 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area104000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.652, 164.524, 133.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERAA25 - 76224 - 761
21SERSERBB25 - 76224 - 761
12ALAALAAA26 - 76225 - 761
22ALAALACC26 - 76225 - 761
13ALAALAAA26 - 76225 - 761
23ALAALADD26 - 76225 - 761
14ALAALABB26 - 76225 - 761
24ALAALACC26 - 76225 - 761
15ALAALABB26 - 76225 - 761
25ALAALADD26 - 76225 - 761
16ALAALACC26 - 76225 - 761
26ALAALADD26 - 76225 - 761

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type / PFK-P / 6-phosphofructokinase type C / Phosphofructo-1-kinase isozyme C / PFK-C / Phosphohexokinase


分子量: 83161.023 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 26-762 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N- and C- terminal truncated mutant 25 residues were removed from the N-terminus 22 residues were removed from the C-terminus 1-25 Expression Tag
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PFKP, PFKF / プラスミド: pET51b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: Q01813, 6-phosphofructokinase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 糖
ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O12P2
識別子タイププログラム
b-D-Fruf1PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 糖 ChemComp-F6P / 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / FRUCTOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-fructose / 6-O-phosphono-D-fructose / 6-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
b-D-Fruf6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.19 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.1 M KCl, 0.025 M MgCl2, 0.05 M Na Cacodylate, 15% iso-Propanol
PH範囲: 5.4-6.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月6日
放射モノクロメーター: Si-111 crysta / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→50 Å / Num. obs: 89992 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 55.81 Å2 / Rmerge F obs: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rrim(I) all: 0.112 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 13.55 / Num. measured all: 450502
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.67-2.830.70.7452.086964214615141980.83497.1
2.83-3.030.8490.4883.256762213711136490.54699.5
3.03-3.270.9330.2945.26079112771126550.33199.1
3.27-3.580.9780.1749.396202911817118010.19399.9
3.58-40.9910.115.745482710677106340.11199.6
4-4.620.9960.0623.7946451944593850.06899.4
4.62-5.640.9970.04828.3941227799979340.05499.2
5.64-7.920.9980.04430.830661623061880.04999.3
7.920.9990.02845.817252358535480.03299

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
PHASERPhaser 2.5.1位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WLO

4wlo


解像度: 2.67→46.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 35.015 / SU ML: 0.312 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.354 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25515 4500 5 %RANDOM
Rwork0.21634 ---
obs0.21826 85491 99.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.405 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20 Å21.16 Å2
2--3.68 Å2-0 Å2
3----4.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.67→46.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21936 0 196 0 22132
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01922480
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0221741
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.481.96730399
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.347349863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.72852851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.09123.922974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.361153912
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.06215174
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.23434
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0225477
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.025087
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1644.40211446
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1644.40211445
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1536.59914283
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.1536.59914284
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4494.87511034
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4464.87511026
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6477.13816105
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.45141.94195807
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.45141.9495803
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A417610.11
12B417610.11
21A415770.11
22C415770.11
31A411070.12
32D411070.12
41B412670.12
42C412670.12
51B434590.11
52D434590.11
61C412470.12
62D412470.12
LS精密化 シェル解像度: 2.673→2.742 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 315 -
Rwork0.332 5975 -
obs--94.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.13110.05140.04180.16150.07350.38590.03020.0153-0.0485-0.0431-0.0063-0.0051-0.08740.0811-0.02390.1163-0.0434-0.02560.04360.01780.2741-10.3172163.2453117.5678
20.6395-0.0832-0.05450.16510.09620.06290.02530.0487-0.0591-0.0404-0.07210.1063-0.0431-0.04230.04680.09340.0162-0.07440.0313-0.02130.3502-46.1575165.302118.6105
30.20090.2079-0.32150.3746-0.18930.74310.0139-0.1206-0.12230.0562-0.1216-0.12060.00270.18860.10770.0355-0.0331-0.05180.24160.12070.2354-20.7392171.3764188.8326
40.36490.09650.06760.3484-0.12810.72650.0826-0.08130.04150.0358-0.03660.1271-0.2260.098-0.0460.156-0.09930.03870.0719-0.01490.2578-30.8844203.6598177.1049
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A25 - 802
2X-RAY DIFFRACTION2B25 - 804
3X-RAY DIFFRACTION3C26 - 802
4X-RAY DIFFRACTION4D26 - 804

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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