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- PDB-4xyj: Crystal structure of human phosphofructokinase-1 in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xyj
タイトルCrystal structure of human phosphofructokinase-1 in complex with ATP and Mg, Northeast Structural Genomics Consortium Target HR9275
要素ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / fructose 6-phosphate metabolic process / monosaccharide binding / canonical glycolysis / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / Glycolysis / AMP binding ...6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / fructose 6-phosphate metabolic process / monosaccharide binding / canonical glycolysis / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / Glycolysis / AMP binding / cellular response to leukemia inhibitory factor / cadherin binding / protein-containing complex binding / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent 6-phosphofructokinase, vertebrate-type / ATP-dependent 6-phosphofructokinase, eukaryotic-type / Phosphofructokinase, conserved site / Phosphofructokinase signature. / Phosphofructokinase domain / ATP-dependent 6-phosphofructokinase / Phosphofructokinase superfamily / Phosphofructokinase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / PHOSPHATE ION / ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Forouhar, F. / Webb, B.A. / Szu, F.-E. / Seetharaman, J. / Barber, D.L. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structures of human phosphofructokinase-1 and atomic basis of cancer-associated mutations.
著者: Webb, B.A. / Forouhar, F. / Szu, F.E. / Seetharaman, J. / Tong, L. / Barber, D.L.
履歴
登録2015年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月3日Group: Database references
改定 1.22015年7月15日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年11月20日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
B: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
C: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
D: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
E: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
F: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
G: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
H: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)718,83745
ポリマ－713,1588
非ポリマー5,68037
水2,612145
1
A: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
B: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
C: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
D: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)359,40722
ポリマ－356,5794
非ポリマー2,82818
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
F: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
G: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
H: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)359,43123
ポリマ－356,5794
非ポリマー2,85219
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)137.199, 159.329, 170.533
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細TETRAMER BY GEL FILTRATION AND EM DATA

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type / PFK-P / 6-phosphofructokinase type C / Phosphofructo-1-kinase isozyme C / PFK-C / Phosphohexokinase


分子量: 89144.727 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: platelet / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PFKP, PFKF / 詳細 (発現宿主): Bac-to-Bac Expression system / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q01813, 6-phosphofructokinase

-
非ポリマー , 5種, 182分子

#2: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7
詳細: 200 mM potassium thiocyanate, pH 7, and 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97907 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月17日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→49.69 Å / Num. obs: 121790 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 53.7 Å2 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.684 / Mean I/σ(I) obs: 1.84 / % possible all: 84.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3O8L

3o8l


解像度: 3.1→49.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 451885.17 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 10980 10 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.221 109577 85 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 16.4025 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 62.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.81 Å20 Å20.45 Å2
2--21.67 Å20 Å2
3----8.86 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.68 Å0.64 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→49.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 0 0 0 0
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 1435 9.8 %
Rwork0.345 13168 -
obs--68.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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