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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xwy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human sepiapterin reductase in complex with an N-acetylserotinin analogue | ||||||
要素 | Sepiapterin reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / inhibitor / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sepiapterin reductase (L-erythro-7,8-dihydrobiopterin forming) / sepiapterin reductase (NADP+) activity / aldo-keto reductase (NADPH) activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / eNOS activation / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / nitric oxide biosynthetic process / NADP binding / extracellular exosome / nucleoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Johnsson, K. / Hovius, R. / Gorszka, K.I. / Pojer, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Neuron / 年: 2015 タイトル: Reduction of Neuropathic and Inflammatory Pain through Inhibition of the Tetrahydrobiopterin Pathway. 著者: Latremoliere, A. / Latini, A. / Andrews, N. / Cronin, S.J. / Fujita, M. / Gorska, K. / Hovius, R. / Romero, C. / Chuaiphichai, S. / Painter, M. / Miracca, G. / Babaniyi, O. / Remor, A.P. / ...著者: Latremoliere, A. / Latini, A. / Andrews, N. / Cronin, S.J. / Fujita, M. / Gorska, K. / Hovius, R. / Romero, C. / Chuaiphichai, S. / Painter, M. / Miracca, G. / Babaniyi, O. / Remor, A.P. / Duong, K. / Riva, P. / Barrett, L.B. / Ferreiros, N. / Naylor, A. / Penninger, J.M. / Tegeder, I. / Zhong, J. / Blagg, J. / Channon, K.M. / Johnsson, K. / Costigan, M. / Woolf, C.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4xwy.cif.gz | 216.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4xwy.ent.gz | 173.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4xwy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4xwy_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4xwy_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4xwy_validation.xml.gz | 41.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4xwy_validation.cif.gz | 56 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/4xwy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/4xwy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4hwkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29891.414 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 15-275 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The N-termius" MHHHHHHENLYFQG" was added for purification M15 is original start codon of the protein residues 1-17 "MHHHHHHENLYFQGMEG" and 275 "K" are not resolved in the structure 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPR / プラスミド: pET9a / 発現宿主: Escherichia coli bl21(de3) (大腸菌) 参照: UniProt: P35270, sepiapterin reductase (L-erythro-7,8-dihydrobiopterin forming) #2: 化合物 | ChemComp-NDP / #3: 化合物 | ChemComp-43O / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.12 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2% W/V PEG1000, 2.5% V/V glycerol, 1.7 M Ammonium sulfate, 0.1 M Hepes PH範囲: 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99999 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月11日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.99999 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.35→125.435 Å / Num. all: 89220 / Num. obs: 89220 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 55.8 Å2 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.1 / Rsym value: 0.096 / Net I/av σ(I): 6.536 / Net I/σ(I): 15.8 / Num. measured all: 998773 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | ||||||
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Phasing MR | R rigid body: 0.555
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4HWK 解像度: 2.35→125.435 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.1983 / WRfactor Rwork: 0.1699 / FOM work R set: 0.8433 / SU B: 5.423 / SU ML: 0.126 / SU R Cruickshank DPI: 0.1789 / SU Rfree: 0.1629 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 200.07 Å2 / Biso mean: 48.374 Å2 / Biso min: 21.32 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.296 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.35→125.435 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
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