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- PDB-4xwh: Crystal structure of the human N-acetyl-alpha-glucosaminidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xwh
タイトルCrystal structure of the human N-acetyl-alpha-glucosaminidase
要素Alpha-N-acetylglucosaminidase
キーワードHYDROLASE / Glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-N-acetylglucosaminidase / alpha-N-acetylglucosaminidase activity / heparan sulfate proteoglycan metabolic process / response to disaccharide / : / MPS IIIB - Sanfilippo syndrome B / cone retinal bipolar cell differentiation / retinal rod cell development / ganglioside metabolic process / vesicle tethering ...alpha-N-acetylglucosaminidase / alpha-N-acetylglucosaminidase activity / heparan sulfate proteoglycan metabolic process / response to disaccharide / : / MPS IIIB - Sanfilippo syndrome B / cone retinal bipolar cell differentiation / retinal rod cell development / ganglioside metabolic process / vesicle tethering / cytoplasm organization / heparin proteoglycan metabolic process / aorta morphogenesis / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / rod bipolar cell differentiation / HS-GAG degradation / mitral valve morphogenesis / cerebellar Purkinje cell layer development / left ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / endothelium development / nerve development / inner ear receptor cell development / collagen metabolic process / microglia differentiation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / hormone metabolic process / amyloid precursor protein metabolic process / limb development / cardiac muscle cell development / exploration behavior / middle ear morphogenesis / motor behavior / lysosome organization / toll-like receptor 4 signaling pathway / hair follicle morphogenesis / superoxide metabolic process / maintenance of blood-brain barrier / Golgi organization / locomotor rhythm / adult behavior / : / lysosomal lumen / liver development / determination of adult lifespan / astrocyte activation / microglial cell activation / protein processing / autophagy / response to wounding / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / nervous system development / cellular response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / lysosome / extracellular exosome / membrane
類似検索 - 分子機能
Alpha-N-acetylglucosaminidase / Alpha-N-acetylglucosaminidase, N-terminal / Alpha-N-acetylglucosaminidase, C-terminal / Alpha-N-acetylglucosaminidase, tim-barrel domain / Alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGLU) tim-barrel domain / Alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGLU) N-terminal domain / Alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGLU) C-terminal domain / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Xylitol / Alpha-N-acetylglucosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Birrane, G. / Meiyappan, M. / Dassier, A.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural characterization of the alpha-N-acetylglucosaminidase, a key enzyme in the pathogenesis of Sanfilippo syndrome B.
著者: Birrane, G. / Dassier, A.L. / Romashko, A. / Lundberg, D. / Holmes, K. / Cottle, T. / Norton, A.W. / Zhang, B. / Concino, M.F. / Meiyappan, M.
履歴
登録2015年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-N-acetylglucosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,17812
ポリマ－80,4981
非ポリマー2,68011
水5,026279
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)205.088, 205.088, 78.398
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Alpha-N-acetylglucosaminidase / N-acetyl-alpha-glucosaminidase / NAG


分子量: 80497.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAGLU, UFHSD1 / プラスミド: pXD671 / 細胞株 (発現宿主): HT-1080 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P54802, alpha-N-acetylglucosaminidase

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糖 , 4種, 8分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-XYL / Xylitol / D-Xylitol / キシリト-ル


タイプ: D-saccharide / 分子量: 152.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O5

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非ポリマー , 2種, 282分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.3 % / 解説: Hexagonal rod
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.0 M lithium sulfate, 0.01 M nickel chloride, 0.1 M Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→100 Å / Num. obs: 81740 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 45.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 2.32→2.4 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.763 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
CBASSデータ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VCC

2vcc


解像度: 2.32→100 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 8.088 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18579 3993 4.9 %RANDOM
Rwork0.16591 ---
obs0.1669 77480 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.533 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20.04 Å2-0 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5693 0 175 279 6147
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0196113
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025635
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7761.9738355
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.11312916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1625734
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.3122.553282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.27515885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7031553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2906
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216902
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021518
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.463.562897
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4613.5592896
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2395.3343623
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2395.3363624
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3754.0353216
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3744.0353216
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.7795.9344726
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.71730.1367205
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.69529.9177110
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.318→2.378 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 262 -
Rwork0.261 5665 -
obs--98.65 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.097 Å / Origin y: 92.57 Å / Origin z: 39.626 Å
111213212223313233
T0.0907 Å20.0941 Å2-0.0212 Å2-0.1045 Å2-0.0188 Å2--0.0836 Å2
L1.0414 °2-0.1975 °20.1507 °2-0.5831 °2-0.0828 °2--0.853 °2
S0.0613 Å °0.0922 Å °-0.1373 Å °-0.0615 Å °-0.0542 Å °-0.0476 Å °0.2209 Å °0.2093 Å °-0.0071 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A24 - 743
2X-RAY DIFFRACTION1A2004 - 2010
3X-RAY DIFFRACTION1A2001 - 2003

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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