PDB-4xw1: Crystal structure of (GCCU(G-LNA)CCUG)2 duplex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xw1

タイトル

Crystal structure of (GCCU(G-LNA)CCUG)2 duplex

要素

RNA (5'-R(*GP*CP*CP*UP*(LCG)P*CP*CP*UP*G)-3')

キーワード

RNA / CCUG repeats / RNA duplex / Myotonic Dystrophy type 2 / tautomery / LNA residue / 3' overhanging nucleotides

機能・相同性

RNA

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.302 Å

データ登録者

Kiliszek, A. / Banaszak, K. / Rypniewski, W.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Rna / 年: 2016
タイトル: Watson-Crick-like pairs in CCUG repeats: evidence for tautomeric shifts or protonation.
著者: Rypniewski, W. / Banaszak, K. / Kulinski, T. / Kiliszek, A.

履歴

登録	2015年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2024年1月10日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xw1.cif.gz	20.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xw1.ent.gz	12.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xw1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/4xw1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/4xw1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xw0C 3glpS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1jb8-d 3vfz-1 2kd8-d 2lk3-d 1k2g-d 1s2f-d 1h9f-d 2mc5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

C: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*UP*(LCG)P*CP*CP*UP*G)-3')

2.84 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*UP*(LCG)P*CP*CP*UP*G)-3')

ソフトウェアが定義した集合体
5.67 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	26.031, 26.031, 80.854
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-106- HOH

#1: RNA鎖	RNA (5'-R(GPCPCPUP(LCG)PCPCPUPG)-3') 分子量: 2835.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens* (ヒト)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.07 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10 mM magnesium acetate, sodium cacodylate and 1.3 M Li2SO4.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 1458 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 10.3 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 34.9
反射シェル	解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.657 / Mean I/σ(I) obs: 2.55 / % possible all: 85.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3GLP

3glp

解像度: 2.302→20 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.191	1414	100 %
R_work	0.191	-	-
obs	0.191	1414	96.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.302→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	187	0	8	195

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	208
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.783	322
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.473	99
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	43
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	9

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3023-2.3846	0.2601	110	0.2601	110	X-RAY DIFFRACTION	80
2.3846-2.48	0.2437	128	0.2437	128	X-RAY DIFFRACTION	96
2.48-2.5928	0.2532	142	0.2532	142	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5928-2.7293	0.3011	133	0.3011	133	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7293-2.9001	0.2879	147	0.2879	147	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9001-3.1237	0.2736	139	0.2736	139	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1237-3.4374	0.1901	140	0.1901	140	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4374-3.9333	0.1825	143	0.1825	143	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9333-4.95	0.1262	154	0.1262	154	X-RAY DIFFRACTION	99
4.95-26.0327	0.1565	178	0.1565	178	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 7.6478 Å / Origin y: 4.2841 Å / Origin z: 4.6019 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3682 Å²	0.0128 Å²	0.019 Å²	-	0.4807 Å²	0.0308 Å²	-	-	0.4485 Å²
L	0.1075 °²	-0.0414 °²	0.0534 °²	-	0.0467 °²	-0.0187 °²	-	-	0.0272 °²
S	-0.0057 Å °	0.2064 Å °	0.3664 Å °	0.0758 Å °	-0.1573 Å °	-0.1933 Å °	-0.111 Å °	0.4647 Å °	0.0002 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: all / Selection details: chain B

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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