PDB-4xvy: MycF mycinamicin III 3'-O-methyltransferase in complex with SAH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xvy

タイトル

MycF mycinamicin III 3'-O-methyltransferase in complex with SAH

要素

Mycinamicin III 3''-O-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / macrolide / methyltransferase / antibiotic / natural product

機能・相同性

機能・相同性情報

mycinamicin III 3''-O-methyltransferase / O-methyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process / small molecule binding / methylation / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Micromonospora griseorubida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.42 Å

データ登録者

Akey, D.L. / Smith, J.L.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis of Substrate Specificity and Regiochemistry in the MycF/TylF Family of Sugar O-Methyltransferases.
著者: Bernard, S.M. / Akey, D.L. / Tripathi, A. / Park, S.R. / Konwerski, J.R. / Anzai, Y. / Li, S. / Kato, F. / Sherman, D.H. / Smith, J.L.

履歴

登録	2015年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月27日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xvy.cif.gz	215.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xvy.ent.gz	172.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xvy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xvy_validation.pdf.gz	939.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xvy_full_validation.pdf.gz	944.8 KB	表示
XML形式データ	4xvy_validation.xml.gz	20.5 KB	表示
CIF形式データ	4xvy_validation.cif.gz	27.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/4xvy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/4xvy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4x7uC 4x7vC 4x7wC 4x7xC 4x7yC 4x7zC 4x81C 4xvzSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4x7y-d 4x7w-d 3oqh-d 4isr-2 4x7u-d 4o6h-3 4isq-2 2pht-d 2anb-2 6qi1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mycinamicin III 3''-O-methyltransferase

B: Mycinamicin III 3''-O-methyltransferase

ヘテロ分子

62.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.057, 89.892, 127.655
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 254 / Label seq-ID: 24 - 274

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Mycinamicin III 3''-O-methyltransferase / Mycinamicin biosynthesis protein F 分子量: 30816.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Micromonospora griseorubida (バクテリア) 遺伝子: mycF / プラスミド: pET28b-mycF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q49492, mycinamicin III 3''-O-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.21 %
結晶化	温度: 293.1 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 20-30% PEG 3350, 100 mM BisTrisPropane pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月11日
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→43.73 Å / Num. obs: 22837 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.4 % / R_sym value: 0.114 / Net I/σ(I): 15.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
HKL-2000		データ削減
DENZO		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XVZ

4xvz

解像度: 2.42→43.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 31.154 / SU ML: 0.306 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.456 / ESU R Free: 0.279 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25807	1142	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20626	-	-	-
obs	0.20889	21163	97.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.565 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.78 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	7.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.42→43.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3940	0	54	35	4029

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	4088
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	3752
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.539	1.959	5554
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.998	3	8596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.881	5	492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.331	22.981	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.18	15	638
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.474	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	600
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	4648
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	988
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.429	2.153	1986
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.429	2.152	1985
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.408	3.214	2472
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.407	3.215	2473
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.609	2.378	2102
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.608	2.379	2102
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.669	3.522	3083
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.255	17.997	4829
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.255	18	4830
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 15158 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.42→2.478 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.366	61	-
R_work	0.385	1331	-
obs	-	-	84.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8273	2.0079	0.1384	2.2244	0.0719	5.2305	-0.0764	-0.1839	0.0498	-0.1592	-0.1094	-0.006	0.3137	-0.9734	0.1858	0.2166	-0.1022	0.0555	0.7078	-0.02	0.3052	-27.3892	-6.447	-36.1409
2	0.476	0.1172	1.0922	1.0743	-0.4322	3.2414	-0.2419	-0.0406	0.0424	-0.1917	-0.0974	0.0177	-0.3343	-0.0404	0.3394	0.3099	0.0227	-0.0647	0.5252	-0.0203	0.4329	-16.1372	4.7846	-31.954
3	1.3345	0.6783	1.664	1.9806	1.702	9.211	0.1389	-0.2451	-0.4472	-0.0628	-0.1865	-0.1802	0.3992	-0.0326	0.0476	0.4793	-0.0536	-0.0734	0.244	0.1295	0.4536	-11.556	-18.7126	-21.1554
4	2.0175	4.275	0.2716	12.9951	0.6563	0.0394	0.2453	-0.044	-0.2534	0.5802	-0.2089	0.2031	0.0272	-0.0088	-0.0364	0.4623	0.0489	0.0071	0.3057	0.0242	0.4437	-8.6403	-10.8625	-37.4423
5	2.4944	-0.0154	2.4706	0.6612	0.4201	4.1715	-0.1797	-0.0524	-0.0162	-0.2322	-0.0559	0.0013	-0.0366	0.5439	0.2356	0.2322	0.0073	0.0125	0.594	0.0834	0.3684	-7.9389	-0.5359	-31.4807
6	0.8681	-0.0103	2.0886	0.0103	-0.0814	5.4017	-0.086	-0.4241	0.0199	0.0043	-0.0888	-0.0434	-0.1423	-0.5167	0.1749	0.0418	0.0018	-0.0162	0.9956	0.0433	0.3072	-16.4849	-0.0205	-15.5541
7	0.3433	-0.4959	0.9881	1.0877	-1.0291	3.3099	0.0094	0.0685	0.0768	0.0756	-0.1509	-0.1707	0.2867	0.1114	0.1415	0.2867	-0.0249	0.0331	0.6377	-0.0431	0.3591	-22.9251	-5.6779	-54.2096
8	0.1212	0.0055	0.8327	0.0229	0.0228	6.3078	-0.1559	-0.1427	0.0155	0.0067	-0.053	-0.104	-0.6957	-1.2376	0.2088	0.2857	0.0687	-0.0648	0.7981	-0.0148	0.5142	-34.0294	5.852	-57.8472
9	3.506	0.5287	1.9165	0.1254	-0.233	10.6954	0.8872	-0.2409	-0.3904	0.053	0.0115	-0.022	0.5546	-0.3124	-0.8988	0.5595	-0.2357	-0.077	0.3801	-0.0246	0.3414	-38.5083	-16.841	-70.0829
10	3.0747	2.2388	-1.6366	2.317	-2.5426	3.5339	-0.0348	-0.3811	-0.1132	-0.1092	0.2375	0.0489	0.175	-0.7813	-0.2027	0.3543	-0.0982	0.0256	0.5563	0.0516	0.3588	-41.7687	-10.0428	-53.3561
11	3.089	0.2206	3.553	0.8464	-0.3028	4.5491	-0.1649	-0.4697	0.1144	-0.0186	-0.0028	-0.0768	-0.1232	-0.8803	0.1677	0.0281	-0.0602	-0.0001	1.1493	-0.0339	0.0973	-42.332	0.6047	-58.7047
12	0.5821	-0.3347	0.9356	0.3148	0.1692	5.845	-0.0325	0.1768	0.2003	0.019	-0.1531	-0.1736	0.0485	-0.2397	0.1856	0.0668	-0.0754	0	0.798	0.0254	0.3756	-33.4918	1.9469	-74.4895

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 59
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	60 - 115
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	116 - 143
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	144 - 150
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	151 - 190
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	191 - 254
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	4 - 59
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	60 - 115
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	116 - 143
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	144 - 150
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	151 - 190
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	191 - 254

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)