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- PDB-4xvw: Crystal structure of Proteus mirabilis ScsC in a compact conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xvw
タイトルCrystal structure of Proteus mirabilis ScsC in a compact conformation
要素DsbA-like protein
キーワードISOMERASE / Thioredoxin fold / disulfide isomerase / trimeric / antimicrobial resistance / swarming motility
機能・相同性Glutaredoxin / Glutaredoxin / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Proteus mirabilis ATCC 29906 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kurth, F. / Furlong, E.J. / Premkumar, L. / Martin, J.L.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)FL0992138 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: A shape-shifting redox foldase contributes to Proteus mirabilis copper resistance.
著者: Furlong, E.J. / Lo, A.W. / Kurth, F. / Premkumar, L. / Totsika, M. / Achard, M.E.S. / Halili, M.A. / Heras, B. / Whitten, A.E. / Choudhury, H.G. / Schembri, M.A. / Martin, J.L.
履歴
登録2015年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DsbA-like protein
B: DsbA-like protein
C: DsbA-like protein
D: DsbA-like protein
E: DsbA-like protein
F: DsbA-like protein
G: DsbA-like protein
H: DsbA-like protein
I: DsbA-like protein
J: DsbA-like protein
K: DsbA-like protein
L: DsbA-like protein
M: DsbA-like protein
N: DsbA-like protein
O: DsbA-like protein
P: DsbA-like protein
Q: DsbA-like protein
R: DsbA-like protein
T: DsbA-like protein
U: DsbA-like protein
V: DsbA-like protein
W: DsbA-like protein
X: DsbA-like protein
Y: DsbA-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)599,71324
ポリマ－599,71324
非ポリマー00
水5,062281
1
A: DsbA-like protein
B: DsbA-like protein
F: DsbA-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,9643
ポリマ－74,9643
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8240 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area30660 Å2
手法PISA
2
C: DsbA-like protein
D: DsbA-like protein
K: DsbA-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,9643
ポリマ－74,9643
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8310 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area30800 Å2
手法PISA
3
E: DsbA-like protein
I: DsbA-like protein
J: DsbA-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,9643
ポリマ－74,9643
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7140 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area30600 Å2
手法PISA
4
G: DsbA-like protein
H: DsbA-like protein
L: DsbA-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,9643
ポリマ－74,9643
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6830 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area30360 Å2
手法PISA
5
M: DsbA-like protein
N: DsbA-like protein
R: DsbA-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,9643
ポリマ－74,9643
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7780 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area30550 Å2
手法PISA
6
O: DsbA-like protein
P: DsbA-like protein
W: DsbA-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,9643
ポリマ－74,9643
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7880 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area30640 Å2
手法PISA
7
Q: DsbA-like protein
U: DsbA-like protein
V: DsbA-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,9643
ポリマ－74,9643
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8160 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area31790 Å2
手法PISA
8
T: DsbA-like protein
X: DsbA-like protein
Y: DsbA-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,9643
ポリマ－74,9643
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8090 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area31340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.475, 163.885, 181.936
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 ...
DsbA-like protein


分子量: 24988.021 Da / 分子数: 24 / 断片: UNP residues 22-243 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Proteus mirabilis ATCC 29906 (バクテリア)
遺伝子: HMPREF0693_3732 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C2LPE2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 2.85 M sodium malonate, 0.1 M Cobalt(II)chloride hexahydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.5
11h,-k,-l20.5
反射解像度: 2.6→91.2 Å / Num. obs: 243466 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.617 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSJanuary 10, 2014データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→91.152 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.82 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2818 12280 5.05 %RANDOM
Rwork0.2484 ---
obs0.254 243409 98.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→91.152 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数40618 0 0 281 40899
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00641453
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21256098
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.80115992
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0496641
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057270
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.64480.34535500.318610505X-RAY DIFFRACTION85
2.6448-2.69290.34865900.309211498X-RAY DIFFRACTION94
2.6929-2.74470.35046110.295311485X-RAY DIFFRACTION94
2.7447-2.80080.33686280.296911488X-RAY DIFFRACTION93
2.8008-2.86170.33196030.293411538X-RAY DIFFRACTION94
2.8617-2.92820.31015620.285911683X-RAY DIFFRACTION94
2.9282-3.00140.30946030.287111479X-RAY DIFFRACTION94
3.0014-3.08260.33555760.28111631X-RAY DIFFRACTION94
3.0826-3.17330.33215690.284711603X-RAY DIFFRACTION94
3.1733-3.27570.3226370.27711585X-RAY DIFFRACTION94
3.2757-3.39280.33355930.277111566X-RAY DIFFRACTION94
3.3928-3.52860.29246010.260211616X-RAY DIFFRACTION94
3.5286-3.68920.27416470.245711622X-RAY DIFFRACTION94
3.6892-3.88370.25275460.237511689X-RAY DIFFRACTION95
3.8837-4.12690.24036190.223811640X-RAY DIFFRACTION94
4.1269-4.44550.23696020.209811769X-RAY DIFFRACTION95
4.4455-4.89260.2196090.199311648X-RAY DIFFRACTION94
4.8926-5.60020.26786460.228211689X-RAY DIFFRACTION94
5.6002-7.05390.27226660.240411730X-RAY DIFFRACTION94
7.0539-59.87460.29746210.273511864X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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