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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xvm | ||||||
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タイトル | Binary complex of human polymerase nu and DNA with the finger domain closed and thumb domain rotated out | ||||||
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![]() | TRANSFERASE/DNA / Pol Nu / Polymerase / error-prone DNA synthesis / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / translesion synthesis / interstrand cross-link repair / cyclin binding / Fanconi Anemia Pathway / double-strand break repair via homologous recombination / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity ...double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / translesion synthesis / interstrand cross-link repair / cyclin binding / Fanconi Anemia Pathway / double-strand break repair via homologous recombination / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lee, Y.-S. / Yang, W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: How a homolog of high-fidelity replicases conducts mutagenic DNA synthesis. 著者: Lee, Y.S. / Gao, Y. / Yang, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 151.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 113.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 473.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 74760.141 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic core (UNP residues 194-859) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 2715.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
#3: DNA鎖 | 分子量: 4006.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.41 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 1.5 M Ammonium Sulfate, 100 mM MES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月3日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.2→30 Å / Num. obs: 25080 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 78.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Χ2: 1.053 / Net I/av σ(I): 12.966 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 131464 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4XVI 解像度: 3.2→29.699 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.08 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 168.75 Å2 / Biso mean: 80.5699 Å2 / Biso min: 29.71 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.2→29.699 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9
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