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- PDB-4xuf: Crystal structure of the FLT3 kinase domain bound to the inhibito... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xuf
タイトルCrystal structure of the FLT3 kinase domain bound to the inhibitor quizartinib (AC220)
要素Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
キーワードTransferase/transferase inhibitor / FLT3 / receptor tyrosine kinase / AC220 / quizartinib / Transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


FLT3 mutants bind TKIs / KW2449-resistant FLT3 mutants / semaxanib-resistant FLT3 mutants / crenolanib-resistant FLT3 mutants / gilteritinib-resistant FLT3 mutants / lestaurtinib-resistant FLT3 mutants / midostaurin-resistant FLT3 mutants / pexidartinib-resistant FLT3 mutants / ponatinib-resistant FLT3 mutants / quizartinib-resistant FLT3 mutants ...FLT3 mutants bind TKIs / KW2449-resistant FLT3 mutants / semaxanib-resistant FLT3 mutants / crenolanib-resistant FLT3 mutants / gilteritinib-resistant FLT3 mutants / lestaurtinib-resistant FLT3 mutants / midostaurin-resistant FLT3 mutants / pexidartinib-resistant FLT3 mutants / ponatinib-resistant FLT3 mutants / quizartinib-resistant FLT3 mutants / sorafenib-resistant FLT3 mutants / sunitinib-resistant FLT3 mutants / tandutinib-resistant FLT3 mutants / linifanib-resistant FLT3 mutants / tamatinib-resistant FLT3 mutants / leukocyte homeostasis / lymphocyte proliferation / common myeloid progenitor cell proliferation / pro-B cell differentiation / nuclear glucocorticoid receptor binding / dendritic cell differentiation / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / STAT5 Activation / myeloid progenitor cell differentiation / FLT3 signaling through SRC family kinases / cytokine receptor activity / cellular response to glucocorticoid stimulus / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / growth factor binding / cellular response to cytokine stimulus / hemopoiesis / PI3K Cascade / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / FLT3 Signaling / FLT3 signaling by CBL mutants / Negative regulation of FLT3 / positive regulation of MAP kinase activity / B cell differentiation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / liver regeneration / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / cytokine-mediated signaling pathway / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / regulation of apoptotic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / endosome membrane / endoplasmic reticulum lumen / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Immunoglobulin-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P30 / Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zorn, J.A. / Wang, Q. / Fujimura, E. / Barros, T. / Kuriyan, J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)F32 CA177087-02 米国
Cancer Research Institute 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of the FLT3 Kinase Domain Bound to the Inhibitor Quizartinib (AC220).
著者: Zorn, J.A. / Wang, Q. / Fujimura, E. / Barros, T. / Kuriyan, J.
履歴
登録2015年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月29日Group: Database references
改定 1.22015年8月26日Group: Experimental preparation
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
B: Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,0854
ポリマ－67,9642
非ポリマー1,1212
水362
1
A: Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5432
ポリマ－33,9821
非ポリマー5611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5432
ポリマ－33,9821
非ポリマー5611
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.726, 75.492, 153.968
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP

Dom-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1LEULEUchain AAA600 - 9471 - 297
2GLNGLNchain BBB600 - 9461 - 296

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要素

#1: タンパク質 Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3 / FL cytokine receptor / Fetal liver kinase-2 / FLK-2 / Fms-like tyrosine kinase 3 / FLT-3 / Stem ...FL cytokine receptor / Fetal liver kinase-2 / FLK-2 / Fms-like tyrosine kinase 3 / FLT-3 / Stem cell tyrosine kinase 1 / STK-1


分子量: 33982.051 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 600-710, 762-947 / 変異: delta(711-761) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLT3, CD135, FLK2, STK1 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P36888, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-P30 / 1-(5-tert-butyl-1,2-oxazol-3-yl)-3-(4-{7-[2-(morpholin-4-yl)ethoxy]imidazo[2,1-b][1,3]benzothiazol-2-yl}phenyl)urea / Quizartinib / PLX3397 / キザルチニブ


分子量: 560.667 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C29H32N6O4S / コメント: 薬剤, 抗がん剤, 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.96 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 7.5, 32% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 9403 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 75.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.209 / Rpim(I) all: 0.131 / Rrim(I) all: 0.248 / Χ2: 1.219 / Net I/av σ(I): 5.545 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 32682
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.2-3.312.90.5977440.6980.390.7171.06177.1
3.31-3.453.10.738740.7410.4840.8811.27988.8
3.45-3.63.30.5548920.7660.3630.6661.22392.3
3.6-3.793.50.3489410.8020.220.4141.45995.2
3.79-4.033.60.3859320.9020.2370.4531.06896.5
4.03-4.343.70.249450.9450.1460.2821.34296.7
4.34-4.783.70.2049610.970.1210.2391.23995.8
4.78-5.473.70.19510070.9640.1180.2291.196100
5.47-6.893.60.16710170.9730.1010.1961.20499.9
6.89-503.50.1210900.980.0780.1441.08799.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1839)精密化
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1RJB

1rjb


解像度: 3.2→46.455 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3204 932 10.01 %
Rwork0.2968 8378 -
obs0.2992 9310 91.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.74 Å2 / Biso mean: 68.1542 Å2 / Biso min: 45.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→46.455 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4333 0 80 2 4415
Biso mean--64.99 66.72 -
残基数----544
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044524
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8746114
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041650
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004761
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8411668
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2286X-RAY DIFFRACTION9.555TORSIONAL
12B2286X-RAY DIFFRACTION9.555TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2-3.34030.3884950.367484594066
3.3403-3.54950.40141280.36421137126590
3.5495-3.82340.40461350.34291225136094
3.8234-4.2080.34851350.3031223135895
4.208-4.81630.31391400.28791256139696
4.8163-6.06590.26251460.300613051451100
6.0659-46.46020.26981530.24691387154099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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