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- PDB-4xtp: Crystal structure of a recombinant Vatairea macrocarpa seed lecti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xtp
タイトルCrystal structure of a recombinant Vatairea macrocarpa seed lectin complexed with Tn antigen
要素Seed lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / legume / recombinant lectin / vatairea / Tn antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / CITRIC ACID / : / SERINE / Seed lectin
類似検索 - 構成要素
生物種Vatairea macrocarpa (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Sousa, B.L. / Silva-Filho, J.C. / Kumar, P. / Lyskowski, A. / Bezerra, G.A. / Delatorre, P. / Rocha, B.A.M. / Cunha, R.M.S. / Nagano, C.S. / Gruber, K. / Cavada, B.S.
引用ジャーナル: Int.J.Biochem.Cell Biol. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of a recombinant Vatairea macrocarpa seed lectin
著者: Sousa, B.L. / Silva-Filho, J.C. / Kumar, P. / Lyskowski, A. / Bezerra, G.A. / Delatorre, P. / Rocha, B.A.M. / Cunha, R.M.S. / Nagano, C.S. / Gruber, K. / Cavada, B.S.
履歴
登録2015年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Seed lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,78113
ポリマ－27,4951
非ポリマー1,28612
水2,432135
1
A: Seed lectin
ヘテロ分子

A: Seed lectin
ヘテロ分子

A: Seed lectin
ヘテロ分子

A: Seed lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,12552
ポリマ－109,9824
非ポリマー5,14448
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area13180 Å2
ΔGint-427 kcal/mol
Surface area34440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.093, 86.024, 128.877
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Seed lectin / VML


分子量: 27495.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vatairea macrocarpa (マメ科) / 器官: Seed / プラスミド: pET-28a / 詳細 (発現宿主): C-terminal histag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P81371
#7: 糖 ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE / α-GalNAc


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 146分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-SER / SERINE / セリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.48 % / 解説: Cubic-like crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: Cubic-like crystals / PH範囲: 3.0 - 4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.968→71.55 Å / Num. obs: 22033 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.2 % / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.122 / Rsym value: 0.112 / Net I/av σ(I): 5.276 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 136723
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.97-2.075.80.5211.31594227620.2290.5212.885.3
2.07-2.26.70.5371.22042930670.2280.5373.5100
2.2-2.3560.4611.41739228890.2120.461499.7
2.35-2.546.10.242.91653026920.1060.246.199.9
2.54-2.786.70.183.91678524940.0750.188.6100
2.78-3.116.60.1225.71494822630.0520.12212.4100
3.11-3.595.90.0887.81183720180.040.08816.899.8
3.59-4.45.70.0659.6974917030.030.06521.999.5
4.4-6.226.30.04911.3846713480.0210.04924.999.8
6.22-46.9865.80.03615.346447970.0160.03624.199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
SCALA3.3.21データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
Cootモデル構築
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U2A

4u2a


解像度: 1.97→71.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / WRfactor Rfree: 0.2387 / WRfactor Rwork: 0.1857 / FOM work R set: 0.7857 / SU B: 10.048 / SU ML: 0.123 / SU R Cruickshank DPI: 0.3771 / SU Rfree: 0.1619 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.377 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2544 1123 5.2 %RANDOM
Rwork0.1979 ---
obs0.2007 20674 96.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 84.26 Å2 / Biso mean: 29.233 Å2 / Biso min: 17.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.93 Å20 Å20 Å2
2--2.67 Å20 Å2
3----0.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.97→71.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1811 0 71 135 2017
Biso mean--37.61 32.75 -
残基数----234
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.021945
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021752
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4631.9692659
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.35934057
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2545239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.16524.93881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.04115296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.997155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212166
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02431
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6942.778947
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6682.771943
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6144.1581183
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.98933697
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free9.363539
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.74853754
LS精密化 シェル解像度: 1.968→2.019 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 64 -
Rwork0.262 1108 -
all-1172 -
obs--71.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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