PDB-4xtd: Structure of the covalent intermediate E-XMP* of the IMP dehydrog...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xtd

タイトル

Structure of the covalent intermediate E-XMP* of the IMP dehydrogenase of Ashbya gossypii

要素

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / XMP

機能・相同性

機能・相同性情報

IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Ashbya gossypii (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Buey, R.M. / Ledesma-Amaro, R. / Balsera, M. / de Pereda, J.M. / Revuelta, J.L.

引用

ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2015
タイトル: Increased riboflavin production by manipulation of inosine 5'-monophosphate dehydrogenase in Ashbya gossypii.
著者: Buey, R.M. / Ledesma-Amaro, R. / Balsera, M. / de Pereda, J.M. / Revuelta, J.L.

履歴

登録	2015年1月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月11日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xtd.cif.gz	408.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xtd.ent.gz	339.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4xtd_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xtd_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	4xtd_validation.xml.gz	28 KB	表示
CIF形式データ	4xtd_validation.cif.gz	38.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/4xtd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/4xtd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4xtiC 4xwuC 4avfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4z0g-2 4z0g-1 4xti-1 5uqf-2 2cu0-1 4xti-2 4fo4-2 5upu-1 4mz8-2 4ix2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

89.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
180 kDa, 4 ポリマー
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2

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
180 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	117.201, 117.201, 56.095
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	75
Space group name H-M	P4

#1: タンパク質	Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMPDH 分子量: 44528.555 Da / 分子数: 2 変異: The CBS domain (residues 120-235) has been replaced by the sequence stretch SQDG. All residues numbered according to the full-length wild-type protein 由来タイプ: 組換発現詳細: The covalent intermediate IMPDH-XMP* bound to Cys334 in the active site and non-covalently bound IMP are present at around 50% in the crystal. 由来: (組換発現) Ashbya gossypii (strain ATCC 10895 / CBS 109.51 / FGSC 9923 / NRRL Y-1056) (菌類) 遺伝子: AGOS_AER117W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q756Z6, IMP dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP 分子量: 348.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₀H₁₃N₄O₈P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.13 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25% (v/v) 1,2 propanediol, 0.1 M phosphate citrate pH 4.2, 5% (w/v) PEG-3000, 10% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→46.45 Å / Num. obs: 48129 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / R_merge(I) obs: 0.1298 / Net I/σ(I): 12.84
反射シェル	解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 13.2 % / R_merge(I) obs: 2.222 / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / CC_1/2: 0.645 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: dev_1839)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4avf

4avf

解像度: 2.05→46.454 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2143	2399	4.99 %
R_work	0.1834	-	-
obs	0.1849	48101	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→46.454 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5528	0	46	134	5708

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	5675
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.668	7698
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.95	1959
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.025	906
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	983

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.0919	0.3295	141	0.3151	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0919-2.1374	0.2883	137	0.2683	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1374-2.1871	0.2725	157	0.2505	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1871-2.2418	0.2888	131	0.2498	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2418-2.3024	0.2806	154	0.2318	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3024-2.3701	0.2774	136	0.2167	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3701-2.4466	0.2604	148	0.2071	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4466-2.5341	0.2157	130	0.1953	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5341-2.6355	0.2651	155	0.1935	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6355-2.7555	0.2278	159	0.1908	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7555-2.9007	0.2155	130	0.1801	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9007-3.0824	0.2251	167	0.1805	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0824-3.3204	0.1811	132	0.1745	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3204-3.6544	0.1792	124	0.1604	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6544-4.1829	0.1717	116	0.1484	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1829-5.2688	0.1896	146	0.1537	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2688-46.4658	0.2208	136	0.204	2811	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0125	-0.7391	-0.0121	2.5311	0.8952	0.4607	-0.01	-0.0374	0.0554	-0.0393	-0.0021	0.0789	-0.0044	0.0661	-0.0001	0.4262	-0.0229	0.0243	0.4389	0.0356	0.3402	18.8272	135.7968	25.9446
2	0.2319	0.3031	-0.037	2.3303	0.5591	1.7797	0.0146	0.0694	0.4122	0.1699	-0.0654	0.0463	-0.4066	0.0133	0	0.5077	-0.0011	-0.0021	0.4203	-0.0465	0.4807	10.6501	158.9583	35.0828
3	2.2966	-0.4959	0.2124	2.454	0.5098	1.1678	-0.0042	-0.1171	-0.0463	-0.0466	-0.0129	0.1096	-0.0998	-0.1297	-0	0.4145	-0.0042	0.0022	0.4002	0.0038	0.3986	5.3267	145.2019	24.4584
4	0.3369	0.1198	-0.1301	0.4819	-0.1658	0.531	-0.1798	-0.4044	-0.5252	0.3841	0.0312	0.263	-0.1177	-0.4141	-0	0.7214	0.0151	0.0409	0.7616	0.0529	0.626	6.4175	141.9716	49.0245
5	0.4599	-0.4697	0.2377	0.4269	-0.3152	0.4278	-0.1141	-0.1928	-0.3842	0.242	-0.0683	0.1945	0.1219	-0.0822	0	0.4838	-0.0324	-0.0092	0.4843	-0.0334	0.4906	16.5297	137.2681	38.5539
6	0.5864	0.2333	0.2274	1.3549	0.0763	0.3346	-0.096	-0.1676	-0.1986	0.1928	0.0644	0.2198	0.1163	-0.1576	-0	0.56	0.0359	0.0374	0.541	0.0285	0.5589	17.7639	125.6318	27.7585
7	0.9859	-0.141	-0.4173	0.0947	0.0297	1.1003	-0.1526	-0.2837	0.1382	0.5942	0.1201	-0.0529	-0.0482	-0.0723	0.0001	0.5095	0.0305	-0.0413	0.4785	0.0124	0.382	49.2358	158.4518	29.7916
8	1.703	-1.4408	0.7525	1.8331	-0.0682	0.5994	0.1332	0.1637	-0.1402	-0.2042	-0.167	0.1624	0.0639	0.0473	0.0001	0.3804	0.0006	-0.0117	0.4038	-0.007	0.3923	27.1071	170.795	9.5099
9	1.3547	-0.4682	-0.1072	0.8159	-0.2186	0.941	-0.1217	0.2085	0.1386	-0.4697	0.2158	0.7895	-0.1532	-0.497	-0	0.5309	0.0369	-0.1254	0.5719	-0.0341	0.5147	13.8432	178.8708	4.0462
10	1.8292	-0.7128	0.475	2.0486	-0.1776	1.1211	0.0004	-0.0492	0.0052	-0.1052	-0.0346	0.0428	-0.1279	0.0047	-0	0.3812	-0.0013	0.021	0.3647	-0.0127	0.3705	28.5799	183.9821	16.0205
11	0.5759	0.1952	0.1732	0.3857	-0.176	0.5885	0.2015	0.3011	0.1151	-0.6075	-0.3419	-0.2977	-0.5018	0.1946	-0.0003	0.8672	0.0601	0.1265	0.6721	0.0024	0.6495	33.4326	180.4055	-7.1588
12	0.0858	0.1491	-0.0939	0.2254	-0.1517	0.0932	-0.0969	0.3686	0.0074	-0.3608	0.2604	-0.2549	-0.278	0.2118	-0.0002	0.8191	0.0129	-0.11	0.6801	-0.0301	0.6796	36.6038	184.4996	-3.0797
13	1.1174	0.0384	0.4587	1.02	0.6569	0.5909	-0.0591	-0.1142	-0.0831	0.2091	-0.0837	0.0914	0.531	0.3264	-0	0.4106	0.0287	0.0184	0.3914	-0.0377	0.4695	31.7507	161.4607	14.4699
14	0.7122	0.5226	0.4291	0.4058	0.375	0.357	0.0987	0.6581	0.2424	-0.4042	0.1943	-0.5765	-0.1731	0.1733	-0.0001	0.723	0.0386	0.0626	0.7335	0.0149	0.6864	49.8301	163.6491	10.0583

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 102 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 103 through 283 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 284 through 389 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 390 through 424 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 425 through 478 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 479 through 521 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2 through 37 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 38 through 102 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 103 through 256 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 257 through 389 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 390 through 424 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 425 through 459 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 460 through 491 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 492 through 521 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)