PDB-4xsx: Crystal structure of CBR 703 bound to Escherichia coli RNA polyme...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xsx

タイトル

Crystal structure of CBR 703 bound to Escherichia coli RNA polymerase holoenzyme

要素

(DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
RNA polymerase sigma factor RpoD

キーワード

transcription/antibiotic / bacterial RNA polymerase antibiotic complex / transcription-antibiotic complex

機能・相同性

機能・相同性情報

sigma factor antagonist complex / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat ...
類似検索 - 分子機能

Helix Hairpins - #1670 / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain ...Helix Hairpins - #1670 / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / Helix Hairpins / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Gyrase A; domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / Beta Complex / Helix non-globular / RNA polymerase Rpb6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Special / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Escherichia coli O139:H28 (大腸菌)

Citrobacter koseri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.708 Å

データ登録者

Bae, B. / Darst, S.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: CBR antimicrobials inhibit RNA polymerase via at least two bridge-helix cap-mediated effects on nucleotide addition.
著者: Bae, B. / Nayak, D. / Ray, A. / Mustaev, A. / Landick, R. / Darst, S.A.

履歴

登録	2015年1月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月5日	Group: Database references
改定 1.2	2015年8月19日	Group: Database references
改定 1.3	2016年3月23日	Group: Other
改定 1.4	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb4xsx.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4xsx_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xsx_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	4xsx_validation.xml.gz	240.4 KB	表示
CIF形式データ	4xsx_validation.cif.gz	319.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/4xsx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/4xsx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xsyC 4xszC 4ljzS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5uag-2 5uaj-1 4lk1-1 6cux-1 4kn4-1 4kn7-2 5uac-1 6byu-2 5ual-2 4jk2-2 5w1s-2 4jk2-1 4xsy-1 4yg2-2 4yfk-2 4ljz-1 5uag-1 4kmu-2 6byu-1 4kmu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (26) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (9)

登録構造単位

A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

F: RNA polymerase sigma factor RpoD

G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

H: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

J: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

K: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

L: RNA polymerase sigma factor RpoD

ヘテロ分子

860 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

F: RNA polymerase sigma factor RpoD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
430 kDa, 6 ポリマー
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2

G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

H: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

J: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

K: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

L: RNA polymerase sigma factor RpoD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
430 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	187.025, 206.914, 310.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain C and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	C	3 - 30
1	2	1	(chain C and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	C	140 - 150
1	3	1	(chain C and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	C	445 - 455
1	4	1	(chain C and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	C	513 - 713
1	5	1	(chain C and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	C	786 - 832
1	6	1	(chain C and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	C	1056 - 1295
2	1	1	(chain I and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	I	3 - 30
2	2	1	(chain I and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	I	140 - 150
2	3	1	(chain I and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	I	445 - 455
2	4	1	(chain I and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	I	513 - 713
2	5	1	(chain I and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	I	786 - 832
2	6	1	(chain I and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...	I	1056 - 1295
1	1	2	chain C and (resseq 31:139 or resseq 456:512)	C	31 - 139
1	2	2	chain C and (resseq 31:139 or resseq 456:512)	C	456 - 512
2	1	2	chain I and (resseq 31:139 or resseq 456:512)	I	31 - 139
2	2	2	chain I and (resseq 31:139 or resseq 456:512)	I	456 - 512
1	1	3	chain C and (resseq 151:225 or resseq 340:444)	C	151 - 225
1	2	3	chain C and (resseq 151:225 or resseq 340:444)	C	340 - 444
2	1	3	chain I and (resseq 151:225 or resseq 340:444)	I	151 - 225
2	2	3	chain I and (resseq 151:225 or resseq 340:444)	I	340 - 444
1	1	4	chain C and resseq 226:339	C	226 - 339
2	1	4	chain I and resseq 226:339	I	226 - 339
1	1	5	chain C and resseq 714:785	C	714 - 785
2	1	5	chain I and resseq 714:785	I	714 - 785
1	1	6	(chain C and (resseq 833:937 or resseq 1040:1055)) or (chain F and resseq 551:612)	C	833 - 937
1	2	6	(chain C and (resseq 833:937 or resseq 1040:1055)) or (chain F and resseq 551:612)	C	1040 - 1055
2	1	6	(chain I and (resseq 833:937 or resseq 1040:1055)) or (chain L and resseq 551:612)	I	833 - 937
2	2	6	(chain I and (resseq 833:937 or resseq 1040:1055)) or (chain L and resseq 551:612)	I	1040 - 1055
1	1	7	chain C and resseq 938:1039	C	938 - 1039
2	1	7	chain I and resseq 938:1039	I	938 - 1039
1	1	8	(chain C and resseq 1296:1342) or (chain D and (resseq...	C	1296 - 1342
2	1	8	(chain I and resseq 1296:1342) or (chain J and (resseq...	I	1296 - 1342
1	1	9	chain F and (resseq 128:167 or resseq 212:236 or resseq 242:374)	F	128 - 167
1	2	9	chain F and (resseq 128:167 or resseq 212:236 or resseq 242:374)	F	212 - 236
1	3	9	chain F and (resseq 128:167 or resseq 212:236 or resseq 242:374)	F	242 - 374
2	1	9	chain L and (resseq 128:167 or resseq 212:236 or resseq 242:374)	L	128 - 167
2	2	9	chain L and (resseq 128:167 or resseq 212:236 or resseq 242:374)	L	212 - 236
2	3	9	chain L and (resseq 128:167 or resseq 212:236 or resseq 242:374)	L	242 - 374
1	1	10	chain F and resseq 445:550	F	445 - 550
2	1	10	chain L and resseq 445:550	L	445 - 550
1	1	11	chain A and resseq 9:231	A	9 - 231
2	1	11	chain G and resseq 9:231	G	9 - 231
1	1	12	chain B and resseq 9:234	B	9 - 234
2	1	12	chain H and resseq 9:234	H	9 - 234
1	1	13	chain D and (resseq 809:931 or resseq 1127:1150 or resseq 1216:1344 or resseq 1410)	D	809 - 931
1	2	13	chain D and (resseq 809:931 or resseq 1127:1150 or resseq 1216:1344 or resseq 1410)	D	1127 - 1150
1	3	13	chain D and (resseq 809:931 or resseq 1127:1150 or resseq 1216:1344 or resseq 1410)	D	1216 - 1344
1	4	13	chain D and (resseq 809:931 or resseq 1127:1150 or resseq 1216:1344 or resseq 1410)	D	1410
2	1	13	chain J and (resseq 809:931 or resseq 1127:1150 or resseq 1216:1344 or resseq 1410)	J	809 - 931
2	2	13	chain J and (resseq 809:931 or resseq 1127:1150 or resseq 1216:1344 or resseq 1410)	J	1127 - 1150
2	3	13	chain J and (resseq 809:931 or resseq 1127:1150 or resseq 1216:1344 or resseq 1410)	J	1216 - 1344
2	4	13	chain J and (resseq 809:931 or resseq 1127:1150 or resseq 1216:1344 or resseq 1410)	J	1410
1	1	14	chain D and resseq 1151:1215	D	0
2	1	14	chain J and resseq 1151:1215	J	0

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.395366, -0.007365, -0.918494), (-0.040737, -0.998843, 0.025544), (-0.91762, 0.047516, 0.394608)	-70.431198, -221.462006, -41.549801
2	given	(-0.454573, 0.033081, -0.890095), (-0.068544, -0.997646, -0.002073), (-0.888068, 0.060069, 0.45577)	-67.219002, -225.580994, -32.7393
3	given	(-0.340239, 0.081148, -0.936831), (-0.082735, -0.994989, -0.056138), (-0.936692, 0.058408, 0.345248)	-55.787899, -230.899002, -45.7715
4	given	(-0.322971, 0.105188, -0.940545), (-0.095619, -0.992346, -0.078146), (-0.941566, 0.064695, 0.330557)	-52.098099, -233.546997, -46.561298
5	given	(-0.398357, -0.01431, -0.917119), (-0.040386, -0.998635, 0.033124), (-0.916341, 0.050234, 0.397235)	-71.676598, -220.830994, -40.822498
6	given	(-0.431944, -0.016089, -0.901757), (-0.015007, -0.999574, 0.025023), (-0.901776, 0.024341, 0.431519)	-73.190399, -219.733994, -42.262798
7	given	(-0.397472, -0.006529, -0.917591), (-0.052397, -0.998182, 0.029799), (-0.916117, 0.059923, 0.396407)	-70.3834, -222.257004, -39.141201
8	given	(-0.402528, -0.003051, -0.915403), (-0.022186, -0.999668, 0.013087), (-0.915139, 0.025577, 0.402326)	-69.898804, -221.345993, -44.238899
9	given	(-0.388453, 0.039351, -0.920628), (0.053859, -0.99641, -0.065316), (-0.919893, -0.074957, 0.384939)	-62.742199, -226.037994, -63.719799
10	given	(-0.415722, -0.021787, -0.909231), (0.001219, -0.999725, 0.023398), (-0.909491, 0.008618, 0.415635)	-73.204399, -219.455002, -46.044899
11	given	(-0.403658, 0.001581, -0.914909), (-0.042364, -0.998958, 0.016964), (-0.913929, 0.045607, 0.403304)	-69.713097, -221.850006, -41.132198
12	given	(-0.411709, -0.027181, -0.91091), (-0.035523, -0.998317, 0.045845), (-0.910623, 0.051233, 0.41005)	-74.1483, -220.117996, -40.217999
13	given	(-0.400566, -0.011616, -0.916194), (-0.036934, -0.998902, 0.028812), (-0.915523, 0.04538, 0.399697)	-71.084297, -220.953995, -41.5966
14	given	(-0.396681, -0.008025, -0.917922), (-0.044025, -0.998645, 0.027756), (-0.9169, 0.051421, 0.39579)	-70.647102, -221.302002, -41.072399

詳細

biological unit is the same as asym.

-
DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 10分子 ABGHCIDJEK

#1: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha 分子量: 26459.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Escherichia coli O139:H28 (strain E24377A / ETEC) (大腸菌) 株: E24377A / ETEC / 参照: UniProt: A7ZSI4, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit beta 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Escherichia coli O139:H28 (strain E24377A / ETEC) (大腸菌) 株: E24377A / ETEC / 参照: UniProt: A7ZUK1, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta' 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Escherichia coli O139:H28 (strain E24377A / ETEC) (大腸菌) 株: E24377A / ETEC / 参照: UniProt: A7ZUK2, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Citrobacter koseri (strain ATCC BAA-895 / CDC 4225-83 / SGSC4696) (バクテリア) 株: ATCC BAA-895 / CDC 4225-83 / SGSC4696 / 参照: UniProt: A8ARN6, DNA-directed RNA polymerase

-
タンパク質 , 1種, 2分子 FL

#5: タンパク質	RNA polymerase sigma factor RpoD / Sigma-70 分子量: 60315.254 Da / 分子数: 2 / Fragment: unp residues 92-613 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: rpoD, alt, b3067, JW3039 / プラスミド: pEcrpoA(-X234-241H)BCZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)T-X234-241H / 参照: UniProt: P00579

#5: タンパク質

RNA polymerase sigma factor RpoD / Sigma-70

分子量: 60315.254 Da / 分子数: 2 / Fragment: unp residues 92-613 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: rpoD, alt, b3067, JW3039 / プラスミド: pEcrpoA(-X234-241H)BCZ / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)T-X234-241H / 参照: UniProt: P00579

-
非ポリマー , 3種, 8分子

#6: 化合物	ChemComp-42S / N'-hydroxy-N-phenyl-3-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide / CBR-703 分子量: 280.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₁F₃N₂O
#7: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.76 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: MES, calcium acetate, PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月17日

放射

モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.075 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.7→40 Å / Num. obs: 126483 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 142.32 Å² / R_merge(I) obs: 0.144 / Χ²: 1.609 / Net I/av σ(I): 19.466 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 1671904

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	Χ²	% possible all	R_merge(I) obs
3.7-3.83	11.9	12405	0.961	99
3.83-3.99	13.2	12515	0.995	100
3.99-4.17	13.5	12533	1.058	100	0.929
4.17-4.39	13.6	12561	1.178	100	0.589
4.39-4.66	13.5	12581	1.327	100	0.413
4.66-5.02	13.5	12600	1.419	100	0.329
5.02-5.52	13.5	12638	1.464	100	0.287
5.52-6.32	13.7	12694	1.605	100	0.228
6.32-7.95	13.6	12802	2.495	100	0.128
7.95-40	12.2	13154	3.576	99.9	0.054

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LJZ

4ljz

解像度: 3.708→40 Å / FOM work R set: 0.7457 / SU ML: 0.57 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2732	6331	5.02 %
R_work	0.2301	119867	-
obs	0.2323	126198	98.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 490 Å² / B_iso mean: 102.01 Å² / B_iso min: 5.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.708→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	55676	0	46	0	55722
B_iso mean	-	-	109.12	-	-
残基数	-	-	-	-	7078

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	56529
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.015	76285
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	8680
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	10001
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.451	21806

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	C	8074	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.016
1	2	I	8074	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.016
2	1	C	1315	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
2	2	I	1315	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
3	1	C	1470	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.019
3	2	I	1470	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.019
4	1	C	912	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009
4	2	I	912	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009
5	1	C	549	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009
5	2	I	549	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009
6	1	C	1414	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
6	2	I	1414	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
7	1	C	835	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.017
7	2	I	835	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.017
8	1	C	4027	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.028
8	2	I	4027	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.028
9	1	F	1608	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.019
9	2	L	1608	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.019
10	1	F	836	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.017
10	2	L	836	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.017
11	1	A	1725	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
11	2	G	1725	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
12	1	B	1632	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
12	2	H	1632	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
13	1	D	2039	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
13	2	J	2039	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
14	1	D	511	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01
14	2	J	511	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.7082-3.7503	0.4183	161	0.3534	2794	2955	69
3.7503-3.7944	0.4138	197	0.3491	3950	4147	99
3.7944-3.8406	0.373	223	0.3147	3964	4187	100
3.8406-3.8892	0.3628	215	0.2991	4009	4224	100
3.8892-3.9403	0.3684	209	0.3078	3992	4201	100
3.9403-3.9943	0.3719	197	0.3071	4006	4203	100
3.9943-4.0513	0.3618	207	0.2866	4012	4219	100
4.0513-4.1117	0.2994	223	0.2725	3980	4203	100
4.1117-4.1759	0.3188	214	0.2631	4002	4216	100
4.1759-4.2443	0.3296	211	0.2657	4015	4226	100
4.2443-4.3174	0.3207	223	0.2576	3976	4199	100
4.3174-4.3958	0.3314	239	0.2535	3977	4216	100
4.3958-4.4802	0.3052	209	0.2405	4011	4220	100
4.4802-4.5716	0.3083	205	0.2321	4031	4236	100
4.5716-4.6708	0.2857	212	0.2361	4007	4219	100
4.6708-4.7793	0.2981	220	0.2303	4021	4241	100
4.7793-4.8986	0.3009	200	0.2285	4012	4212	100
4.8986-5.0308	0.2956	203	0.2299	4059	4262	100
5.0308-5.1786	0.2967	225	0.2249	4024	4249	100
5.1786-5.3453	0.2876	208	0.2281	4039	4247	100
5.3453-5.5359	0.3167	197	0.2259	4034	4231	100
5.5359-5.7569	0.3042	195	0.2253	4053	4248	100
5.7569-6.0181	0.2885	246	0.2243	4030	4276	100
6.0181-6.3343	0.2894	192	0.2171	4071	4263	100
6.3343-6.7294	0.2663	196	0.2247	4091	4287	100
6.7294-7.2461	0.2601	216	0.2137	4077	4293	100
7.2461-7.9702	0.2334	205	0.1999	4113	4318	100
7.9702-9.1116	0.2069	220	0.1831	4102	4322	100
9.1116-11.4353	0.1773	227	0.1732	4130	4357	100
11.4353-40.069	0.2503	236	0.2483	4285	4521	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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