PDB-4xs4: Salmonella typhimurium AhpC C165S mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xs4

タイトル

Salmonella typhimurium AhpC C165S mutant

要素

(Alkyl hydroperoxide reductase subunit C) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / peroxiredoxin / FF / PrxI / conformation

機能・相同性

機能・相同性情報

NADH-dependent peroxiredoxin / NADH-dependent peroxiredoxin activity / cellular response to stress / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Perkins, A. / Nelson, K. / Parsonage, D. / Poole, L. / Karplus, P.A.

引用

ジャーナル: Antioxid.Redox Signal. / 年: 2018
タイトル: Experimentally Dissecting the Origins of Peroxiredoxin Catalysis.
著者: Nelson, K.J. / Perkins, A. / Van Swearingen, A.E.D. / Hartman, S. / Brereton, A.E. / Parsonage, D. / Salsbury Jr., F.R. / Karplus, P.A. / Poole, L.B.

履歴

登録	2015年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xs4.cif.gz	394.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xs4.ent.gz	327.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xs4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xs4_validation.pdf.gz	472 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xs4_full_validation.pdf.gz	496.7 KB	表示
XML形式データ	4xs4_validation.xml.gz	40.3 KB	表示
CIF形式データ	4xs4_validation.cif.gz	56.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/4xs4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/4xs4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xraC 4xrdC 4xs1C 4xs6C 4xtsC 5ukaC 4ma9S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ma9-1 4mab-1 4xra-1 1n8j-2 2i81-1 4llr-d 3ztl-d 3tkq-1 1n8j-1 7kj1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

B: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

C: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

D: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

E: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

ヘテロ分子

103 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

B: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

C: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

D: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

E: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

ヘテロ分子

A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

B: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

C: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

D: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

E: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
207 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.045, 172.100, 136.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-312- HOH

#1: タンパク質	Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / Alkyl hydroperoxide reductase protein C22 / Peroxiredoxin / Thioredoxin peroxidase 分子量: 20625.123 Da / 分子数: 4 / 変異: C165S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A251, peroxiredoxin
#2: タンパク質	Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / Alkyl hydroperoxide reductase protein C22 / Peroxiredoxin / Thioredoxin peroxidase 分子量: 20673.121 Da / 分子数: 1 / 変異: C165S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A251, peroxiredoxin
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.91 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Pretreatment with 2 mM mercaptoethanol, then crystallized in 1.4 M MgSO4, 0.1 M MES, 10 mM hydrogen peroxide, pH 6.5.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→72.7 Å / Num. obs: 43671 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.1 % / Net I/σ(I): 6.1
反射シェル	解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 11.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MA9

4ma9

解像度: 2.65→68.105 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 24.46 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2448	4152	4.95 %	imported from 4MA9
R_work	0.2015	-	-	-
obs	0.2036	83801	99.95 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→68.105 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7134	0	3	366	7503

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	7503
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.024	10199
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.956	2705
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.099	1121
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	1335

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-2.6801	0.3137	139	0.3083	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6801-2.7117	0.3386	140	0.3133	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7117-2.7447	0.3322	149	0.3147	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7447-2.7795	0.3434	133	0.3171	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7795-2.816	0.2931	173	0.2949	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.816-2.8546	0.3796	158	0.2872	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8546-2.8954	0.3228	153	0.2933	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8954-2.9386	0.366	139	0.2812	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9386-2.9845	0.3085	124	0.2658	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9845-3.0335	0.3026	140	0.2492	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0335-3.0858	0.2882	151	0.2349	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0858-3.1419	0.3002	170	0.2362	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1419-3.2023	0.2623	118	0.238	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2023-3.2677	0.2374	141	0.2245	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2677-3.3387	0.2648	135	0.2039	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3387-3.4164	0.2932	124	0.1893	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4164-3.5018	0.289	117	0.1964	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5018-3.5965	0.2347	112	0.2187	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5965-3.7023	0.475	111	0.3174	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7023-3.8218	0.2708	108	0.2225	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8218-3.9584	0.1839	159	0.1666	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9584-4.1169	0.2235	157	0.168	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1169-4.3042	0.1907	164	0.138	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3042-4.5311	0.1818	126	0.125	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5311-4.8149	0.1224	101	0.1165	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8149-5.1866	0.1573	138	0.1308	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1866-5.7083	0.185	137	0.1506	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7083-6.5337	0.2073	162	0.17	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5337-8.2295	0.1968	125	0.1776	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
8.2295-68.1275	0.1918	148	0.1764	2643	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.107	0.5082	-0.3421	2.8813	-1.7466	4.1259	-0.0264	-0.0066	-0.0194	-0.0536	0.3373	0.3273	0.0374	-0.6158	-0.2909	0.2754	-0.0184	-0.0405	0.2665	0.0739	0.2725	-14.6865	9.8539	122.3648
2	3.3543	0.7254	-0.96	2.8714	-0.2432	3.3825	0.0787	0.0275	0.1475	0.165	0.1272	0.2334	-0.2925	-0.3069	-0.1436	0.2733	0.0767	-0.0056	0.2091	-0.0449	0.2586	-2.8948	31.276	126.9524
3	4.6504	-1.0397	0.9648	1.6816	-0.7663	1.2056	0.183	0.6852	0.2149	-0.1541	-0.1083	-0.3387	-0.2297	0.5735	-0.0841	0.4046	-0.0934	0.0229	0.5302	-0.1367	0.3155	31.1562	32.0825	108.2725
4	3.6437	-1.0813	-0.4152	3.9242	-0.2376	2.1764	0.0016	0.3615	-0.041	-0.0665	-0.1729	-0.2875	-0.1825	-0.0168	0.1554	0.314	-0.1571	-0.0521	0.4278	-0.1169	0.3652	47.1813	36.2963	124.5348
5	3.1027	-0.5626	-0.2371	4.3861	-2.6837	3.8364	0.1951	0.039	0.0596	-0.4266	-0.5025	-1.0917	0.6144	0.7559	0.2883	0.4754	0.0627	0.0762	0.6096	-0.0323	0.6831	69.4669	3.2207	125.2767

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN E

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)