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- PDB-4xrn: Pilz domain with c-di-gmp of a protein from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xrn
タイトルPilz domain with c-di-gmp of a protein from Pseudomonas aeruginosa
要素Alginate biosynthesis protein Alg44
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Pilz / c-di-gmp
機能・相同性
機能・相同性情報


mannuronan synthase / alginate synthase activity / long-chain fatty acid-CoA ligase activity / alginic acid biosynthetic process / Gram-negative-bacterium-type cell wall / cyclic-di-GMP binding / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / bile acid transmembrane transporter activity / single-species biofilm formation / bile acid and bile salt transport ...mannuronan synthase / alginate synthase activity / long-chain fatty acid-CoA ligase activity / alginic acid biosynthetic process / Gram-negative-bacterium-type cell wall / cyclic-di-GMP binding / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / bile acid transmembrane transporter activity / single-species biofilm formation / bile acid and bile salt transport / periplasmic space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
HlyD family secretion protein / : / predicted glycosyltransferase like domains / PilZ domain / PilZ domain / Thrombin, subunit H / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2E / Mannuronan synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Chi, K.K. / Yuan, Z.L.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pilz domain with c-di-gmp of a protein from Pseudomonas aeruginosa
著者: Chi, K.K. / Yuan, Z.L.
履歴
登録2015年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_id_CSD ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alginate biosynthesis protein Alg44
B: Alginate biosynthesis protein Alg44
C: Alginate biosynthesis protein Alg44
D: Alginate biosynthesis protein Alg44
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,59026
ポリマ－48,6514
非ポリマー8,93922
水5,062281
1
A: Alginate biosynthesis protein Alg44
C: Alginate biosynthesis protein Alg44
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,66411
ポリマ－24,3262
非ポリマー4,3399
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area12130 Å2
手法PISA
2
B: Alginate biosynthesis protein Alg44
D: Alginate biosynthesis protein Alg44
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,92615
ポリマ－24,3262
非ポリマー4,60013
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area15660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.526, 75.526, 195.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-314-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Alginate biosynthesis protein Alg44


分子量: 12162.848 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 16-22 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: alg44, PA3542 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HY69
#2: 化合物
ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.42 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Sodium chloride, Imidazole, Hydrochloric acid, Zinc acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.989 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.989 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 39278 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / Net I/σ(I): 74.585

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1894)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2→46.859 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2738 1983 5.1 %
Rwork0.2307 --
obs0.2328 38898 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→46.859 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3272 0 562 281 4115
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083954
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4965469
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.431305
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057585
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005619
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9999-2.050.32831360.26182537X-RAY DIFFRACTION97
2.05-2.10540.28021390.25042549X-RAY DIFFRACTION98
2.1054-2.16730.27951390.23672576X-RAY DIFFRACTION99
2.1673-2.23730.29161390.25142565X-RAY DIFFRACTION99
2.2373-2.31730.311390.2462593X-RAY DIFFRACTION99
2.3173-2.410.30091390.24372623X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.51970.29031400.24562619X-RAY DIFFRACTION99
2.5197-2.65250.31381390.25352597X-RAY DIFFRACTION100
2.6525-2.81870.31711420.25292660X-RAY DIFFRACTION100
2.8187-3.03630.31381420.25642637X-RAY DIFFRACTION100
3.0363-3.34180.25511440.22692651X-RAY DIFFRACTION100
3.3418-3.82520.26821450.20142697X-RAY DIFFRACTION100
3.8252-4.81850.22711460.19222727X-RAY DIFFRACTION100
4.8185-46.87210.26431540.24522884X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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