[日本語] English
万見
- PDB-4xrk: Crystal Structure of Importin Beta in a Polyethylene Glycol Condition -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xrk
タイトルCrystal Structure of Importin Beta in a Polyethylene Glycol Condition
要素Importin Beta
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Nuclear Transport / Transport Receptor / Importin-Beta Superfamily / HEAT Repeat Protein / Nuclear Import of Various Proteinaceous Cargo Molecules / Highly Flexible Proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


small GTPase binding / protein import into nucleus / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Importin beta family / HEAT-like repeat / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin N-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Tauchert, M.J. / Neumann, P. / Ficner, R. / Dickmanns, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Impact of the crystallization condition on importin-beta conformation.
著者: Tauchert, M.J. / Hemonnot, C. / Neumann, P. / Koster, S. / Ficner, R. / Dickmanns, A.
履歴
登録2015年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22016年6月29日Group: Database references
改定 1.32018年3月14日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / pdbx_audit_support
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Importin Beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6511
ポリマ－96,6511
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area38860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.410, 121.190, 132.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

-
要素

#1: タンパク質 Importin Beta


分子量: 96650.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0012280 / プラスミド: pGEX-6P-3 / 詳細 (発現宿主): N-terminal GST-tag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009[pREP4] / 参照: UniProt: G0S143

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.11 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.9
詳細: 14 % (w/v) PEG 4000, 8 % (w/v) PEG 200, 10 mM magnesium chloride, 2 % (w/v) benzamidine hydrochloride hydrate, 100 mM Tris pH 8.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.77318 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.77318 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→44.642 Å / Num. obs: 16105 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.57 % / Biso Wilson estimate: 89.24 Å2 / Rmerge F obs: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rrim(I) all: 0.168 / Χ2: 0.957 / Net I/σ(I): 8.02 / Num. measured all: 73621
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
3.25-3.373.660.620.7261.655559177415180.83585.6
3.37-3.670.8540.4152.9211146328930250.47992
3.67-3.870.9330.2524.665591170315620.29291.7
3.87-4.110.9120.3165.946959162715270.35593.9
4.11-4.330.9590.2597.96570121912160.28899.8
4.33-4.550.9590.2448.9754259779760.2799.9
4.55-4.770.9720.2039.844148108080.22699.8
4.77-140.9970.09213.3927158528652380.10399.1
14-170.9980.04122.543861111060.04795.5
17-500.9980.03920.044131461290.04688.4
5011

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XRI

4xri


解像度: 3.25→44.642 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3168 803 4.99 %
Rwork0.2895 15274 -
obs0.2909 16077 95.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 238.76 Å2 / Biso mean: 130.2588 Å2 / Biso min: 38.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.25→44.642 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6399 0 0 0 6399
残基数----832
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056504
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0248826
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041012
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051168
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.262387
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2502-3.45370.41871230.35552308243188
3.4537-3.72030.35131270.31862409253692
3.7203-4.09450.35821290.30732457258693
4.0945-4.68640.31551390.281926472786100
4.6864-5.90220.34021400.29342672281299
5.9022-44.64620.26151450.26312781292698

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る