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Yorodumi- PDB-4xri: Crystal Structure of Importin Beta in an Ammonium Sulfate Condition -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xri | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Importin Beta in an Ammonium Sulfate Condition | |||||||||
Components | Putative uncharacterized protein | |||||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Nuclear Transport / Transport Receptor / Importin-Beta Superfamily / HEAT Repeat Protein / Nuclear Import of Various Proteinaceous Cargo Molecules / Highly Flexible Proteins | |||||||||
Function / homology | Function and homology information small GTPase binding / protein import into nucleus / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Chaetomium thermophilum (fungus) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.05 Å | |||||||||
Authors | Tauchert, M.J. / Neumann, P. / Ficner, R. / Dickmanns, A. | |||||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2016 Title: Impact of the crystallization condition on importin-beta conformation. Authors: Tauchert, M.J. / Hemonnot, C. / Neumann, P. / Koster, S. / Ficner, R. / Dickmanns, A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xri.cif.gz | 348.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xri.ent.gz | 283.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xri.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4xri_validation.pdf.gz | 452.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4xri_full_validation.pdf.gz | 459.8 KB | Display | |
Data in XML | 4xri_validation.xml.gz | 33.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4xri_validation.cif.gz | 47.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/4xri ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/4xri | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4xrkC 3nd2S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 96632.828 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: S107P; V143A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (fungus) Gene: CTHT_0012280 / Plasmid: pGEX-6P-3 / Details (production host): N-terminal GST-tag / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): SG13009[pREP4] / References: UniProt: G0S143 | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.92 Å3/Da / Density % sol: 57.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 1 M ammonium sulfate, 5 mM magnesium chloride, 100 mM sodium citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 0.82661 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 4, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.82661 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.05→37.33 Å / Num. obs: 70347 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 47.36 Å2 / Rmerge F obs: 1 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Rrim(I) all: 0.038 / Χ2: 1.025 / Net I/σ(I): 19 / Num. measured all: 254741 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3ND2 Resolution: 2.05→37.332 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.74 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 126 Å2 / Biso mean: 54.9612 Å2 / Biso min: 25.52 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.05→37.332 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25
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