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- PDB-4xqk: ATP-dependent Type ISP restriction-modification enzyme LlaBIII bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xqk
タイトルATP-dependent Type ISP restriction-modification enzyme LlaBIII bound to DNA
要素
  • (DNA (28-MER)) x 2
  • LlaBIII
キーワードHYDROLASE/DNA / ATP-dependent restriction-modification enzyme / Type ISP restriction-modification enzyme / ATPase / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


N-methyltransferase activity / nuclease activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Mrr-like domain / Restriction endonuclease / Type ISP restriction-modification enzyme LLaBIII, C-terminal specificity domain / : / Type ISP C-terminal specificity domain / Type ISP restriction-modification enzyme, coupler domain / : / N-6 DNA Methylase / DNA methylase, adenine-specific / Helicase/UvrB, N-terminal ...Mrr-like domain / Restriction endonuclease / Type ISP restriction-modification enzyme LLaBIII, C-terminal specificity domain / : / Type ISP C-terminal specificity domain / Type ISP restriction-modification enzyme, coupler domain / : / N-6 DNA Methylase / DNA methylase, adenine-specific / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Restriction endonuclease type II-like / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / LlaBIII
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Chand, M.K. / Saikrishnan, K.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust-DBT India Alliance500048-Z-09-Z インド
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Translocation-coupled DNA cleavage by the Type ISP restriction-modification enzymes
著者: Chand, M.K. / Nirwan, N. / Diffin, F.M. / Aelst, K.V. / Kulkarni, M. / Pernstich, C. / Szczelkun, M.D. / Saikrishnan, K.
履歴
登録2015年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Data collection
改定 1.22015年11月4日Group: Database references
改定 1.32020年2月5日Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LlaBIII
B: LlaBIII
C: DNA (28-MER)
D: DNA (28-MER)
E: DNA (28-MER)
F: DNA (28-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)394,9059
ポリマ－394,7876
非ポリマー1173
水2,666148
1
A: LlaBIII
C: DNA (28-MER)
D: DNA (28-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,4725
ポリマ－197,3943
非ポリマー782
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8490 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area69160 Å2
手法PISA
2
B: LlaBIII
E: DNA (28-MER)
F: DNA (28-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,4334
ポリマ－197,3943
非ポリマー391
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8250 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area67960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.880, 112.660, 146.210
Angle α, β, γ (deg.)103.30, 90.88, 105.79
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 LlaBIII


分子量: 180181.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌)
株: W10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M3KL05*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (28-MER)


分子量: 8541.505 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (28-MER)


分子量: 8670.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.76 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: potassium chloride, PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 102869 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→48.216 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 31.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2597 4969 5.01 %
Rwork0.2185 94912 -
obs0.2206 99188 96.47 %
溶媒の処理減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.216 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23312 2283 3 148 25746
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00326316
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68236161
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4779701
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034099
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034265
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.73070.33161590.31193165X-RAY DIFFRACTION97
2.7307-2.76280.37831460.32783122X-RAY DIFFRACTION96
2.7628-2.79650.38451500.32233115X-RAY DIFFRACTION97
2.7965-2.83190.37391700.3233170X-RAY DIFFRACTION97
2.8319-2.86910.39361840.30773134X-RAY DIFFRACTION96
2.8691-2.90840.34871720.30243130X-RAY DIFFRACTION97
2.9084-2.950.35611490.30023188X-RAY DIFFRACTION97
2.95-2.9940.30861620.28543217X-RAY DIFFRACTION97
2.994-3.04080.3491440.28733116X-RAY DIFFRACTION97
3.0408-3.09060.36131760.27663117X-RAY DIFFRACTION97
3.0906-3.14390.32611880.27063202X-RAY DIFFRACTION96
3.1439-3.20110.30161630.25553081X-RAY DIFFRACTION96
3.2011-3.26260.31681440.25963192X-RAY DIFFRACTION98
3.2626-3.32920.32071690.25723202X-RAY DIFFRACTION97
3.3292-3.40160.29911680.25563121X-RAY DIFFRACTION97
3.4016-3.48070.28541890.24173134X-RAY DIFFRACTION97
3.4807-3.56770.29671620.23033092X-RAY DIFFRACTION97
3.5677-3.66410.30591780.23973190X-RAY DIFFRACTION97
3.6641-3.77190.27311560.21823138X-RAY DIFFRACTION97
3.7719-3.89360.23561690.20993139X-RAY DIFFRACTION96
3.8936-4.03270.22341540.20083135X-RAY DIFFRACTION96
4.0327-4.19410.21211790.19173187X-RAY DIFFRACTION97
4.1941-4.38480.22721740.18443089X-RAY DIFFRACTION96
4.3848-4.61590.20241800.17353098X-RAY DIFFRACTION96
4.6159-4.90480.21751740.17893179X-RAY DIFFRACTION97
4.9048-5.28310.23141460.19543153X-RAY DIFFRACTION97
5.2831-5.81390.23051640.20673151X-RAY DIFFRACTION97
5.8139-6.65330.26891810.21383086X-RAY DIFFRACTION95
6.6533-8.37530.23291650.19533086X-RAY DIFFRACTION95
8.3753-48.22340.19581540.16953090X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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