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- PDB-4xpd: Crystal structure of yeast N-terminal acetyltransferase NatE (ppG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xpd
タイトルCrystal structure of yeast N-terminal acetyltransferase NatE (ppGpp) in complex with a bisubstrate
要素
  • (N-terminal acetyltransferase A complex subunit ...) x 2
  • N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1
  • human ACTH8
キーワードTRANSFERASE / N-terminal acetyltransferase / NatE / ppGpp / bisubstrate
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular pigmentation / positive regulation of oxytocin production / Peptide hormone biosynthesis / Defective ACTH causes obesity and POMCD / type 1 melanocortin receptor binding / type 3 melanocortin receptor binding / type 4 melanocortin receptor binding / regulation of corticosterone secretion / response to melanocyte-stimulating hormone / protein-N-terminal-glutamate acetyltransferase activity ...cellular pigmentation / positive regulation of oxytocin production / Peptide hormone biosynthesis / Defective ACTH causes obesity and POMCD / type 1 melanocortin receptor binding / type 3 melanocortin receptor binding / type 4 melanocortin receptor binding / regulation of corticosterone secretion / response to melanocyte-stimulating hormone / protein-N-terminal-glutamate acetyltransferase activity / N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatE / Opioid Signalling / N-terminal amino-acid Nalpha-acetyltransferase NatA / Androgen biosynthesis / NatA complex / regulation of appetite / protein N-terminal-serine acetyltransferase activity / protein N-terminal-methionine acetyltransferase activity / protein-N-terminal-alanine acetyltransferase activity / regulation of glycogen metabolic process / Glucocorticoid biosynthesis / protein-N-terminal amino-acid acetyltransferase activity / acetyltransferase activator activity / mitotic sister chromatid cohesion / positive regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of tumor necrosis factor production / neuropeptide signaling pathway / Endogenous sterols / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / secretory granule / Peptide ligand-binding receptors / generation of precursor metabolites and energy / G protein-coupled receptor binding / calcium-mediated signaling / hormone activity / regulation of blood pressure / G-protein activation / glucose homeostasis / cell-cell signaling / ribosome binding / G alpha (i) signalling events / secretory granule lumen / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / G alpha (s) signalling events / signaling receptor binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Opiodes neuropeptide / Pro-opiomelanocortin N-terminal / Opioids neuropeptide / Pro-opiomelanocortin, N-terminal region / Pro-opiomelanocortin, N-terminal region / Opioids neuropeptide / Pro-opiomelanocortin / Pro-opiomelanocortin/corticotropin, ACTH, central region / : / Corticotropin ACTH domain ...Opiodes neuropeptide / Pro-opiomelanocortin N-terminal / Opioids neuropeptide / Pro-opiomelanocortin, N-terminal region / Pro-opiomelanocortin, N-terminal region / Opioids neuropeptide / Pro-opiomelanocortin / Pro-opiomelanocortin/corticotropin, ACTH, central region / : / Corticotropin ACTH domain / Corticotropin ACTH domain / N-terminal acetyltransferase A, auxiliary subunit / N-terminal acetyltransferase A, auxiliary subunit / : / N-acetyltransferase Ard1-like / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Tetratricopeptide repeats / Aminopeptidase / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / CARBOXYMETHYL COENZYME *A / GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / Pro-opiomelanocortin / N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1 / N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1 / N-alpha-acetyltransferase NAT5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Dong, J. / Wang, S. / York, J.D.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of yeast N-terminal acetyltransferase NatE (ppGpp) in complex with a bisubstrate
著者: Dong, J. / Wang, S. / York, J.D.
履歴
登録2015年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1
B: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1
C: N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT5
F: human ACTH8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,7357
ポリマ－147,4974
非ポリマー2,2383
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13140 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area50240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.564, 113.649, 146.721
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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N-terminal acetyltransferase A complex subunit ... , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1 / NatA complex subunit NAT1 / Amino-terminal / alpha-amino / acetyltransferase 1


分子量: 99050.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12945
#3: タンパク質 N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT5 / NatA complex subunit NAT5


分子量: 19753.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q08689, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 BF

#2: タンパク質 N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1 / NatA complex subunit ARD1 / Arrest-defective protein 1


分子量: 27635.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07347, EC: 2.3.1.88
#4: タンパク質・ペプチド human ACTH8


分子量: 1058.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01189*PLUS

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非ポリマー , 4種, 16分子

#5: 化合物 ChemComp-G4P / GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / guanosine tetraphosphate;ppGpp / ppGpp


タイプ: RNA linking / 分子量: 603.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N5O17P4
#6: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#7: 化合物 ChemComp-CMC / CARBOXYMETHYL COENZYME *A


分子量: 825.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O18P3S
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 17% PEG 550 MME, 0.1 M MES pH 6.5 / PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 35928 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.4 % / Net I/σ(I): 15

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.81→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.891 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.833 / SU B: 15.852 / SU ML: 0.322 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.502 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29704 1560 5.1 %RANDOM
Rwork0.23637 ---
obs0.23943 29193 86.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.318 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å20 Å20 Å2
2--1.03 Å2-0 Å2
3----0.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9111 0 138 13 9262
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0199448
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028953
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9771.98412773
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.707320593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.86751108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.20224.505455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.281151676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5041546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.21386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0210492
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022195
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3934.8564475
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3934.8564473
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4567.2675568
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4567.2685569
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0274.9134973
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0274.9134974
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.8927.3427206
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.11637.73510742
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.11637.7410742
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.806→2.879 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 50 -
Rwork0.304 1080 -
obs--43.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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