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万見
- PDB-4xp6: X-ray structure of Drosophila dopamine transporter bound to psych... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xp6
タイトルX-ray structure of Drosophila dopamine transporter bound to psychostimulant methamphetamine
要素
  • (Antibody fragment ...) x 2
  • Transporter
キーワードtranport protein/inhibitor / integral membrane protein / all-alpha helical antidepressant complex / tranport protein-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Dopamine clearance from the synaptic cleft / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / circadian sleep/wake cycle / response to odorant / cocaine binding / dopamine:sodium symporter activity / norepinephrine transport / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / dopamine transport / symporter activity ...Dopamine clearance from the synaptic cleft / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / circadian sleep/wake cycle / response to odorant / cocaine binding / dopamine:sodium symporter activity / norepinephrine transport / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / dopamine transport / symporter activity / sleep / neuronal cell body membrane / dopamine uptake involved in synaptic transmission / amino acid transport / sodium ion transmembrane transport / adult locomotory behavior / presynaptic membrane / axon / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / (2S)-N-methyl-1-phenylpropan-2-amine / CHOLESTEROL / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Transporter / Sodium-dependent dopamine transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Aravind, P. / Wang, K. / Gouaux, E.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Neurotransmitter and psychostimulant recognition by the dopamine transporter.
著者: Wang, K.H. / Penmatsa, A. / Gouaux, E.
履歴
登録2015年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月27日Group: Database references
改定 1.22015年6月3日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transporter
L: Antibody fragment heavy chain-protein, 9D5-heavy chain
H: Antibody fragment light chain-protein, 9D5-light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,35711
ポリマ－106,6893
非ポリマー1,6688
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.040, 141.370, 165.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Transporter


分子量: 59892.289 Da / 分子数: 1
変異: V74A, L415A, deletion N(1-20), Deletion C(603-631), Deletion (162-202)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: DAT, Dmel_CG8380 / 細胞株 (発現宿主): GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0B4KEX2, UniProt: Q7K4Y6*PLUS

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#2: 抗体 Antibody fragment heavy chain-protein, 9D5-heavy chain


分子量: 23177.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Antibody fragment light chain-protein, 9D5-light chain


分子量: 23619.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
糖 , 2種, 2分子

#4: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 28分子

#5: 化合物 ChemComp-B40 / (2S)-N-methyl-1-phenylpropan-2-amine / Methamphetamine / メタンフェタミン


分子量: 149.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#10: 化合物 ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 400 (38%), Tris (0.1M) / PH範囲: pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月19日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→45.45 Å / Num. obs: 41149 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 98.84 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rrim(I) all: 0.111 / Χ2: 1.038 / Net I/σ(I): 10.14 / Num. measured all: 234177
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
3.1-3.180.381.60.914871306129881.78297.6
3.18-3.270.61.1071.416522299429671.2299.1
3.27-3.360.7140.8431.9117198293629120.92299.2
3.36-3.470.7950.6292.6116197281227670.68998.4
3.47-3.580.8840.4523.5615820272627030.49599.2
3.58-3.710.9330.4184.4214136267025430.4695.2
3.71-3.850.960.2785.7714805259225470.30598.3
3.85-40.9750.1997.914059246724220.21898.2
4-4.180.9860.14510.1913791238623510.15898.5
4.18-4.380.9910.10513.4213038226822260.11598.1
4.38-4.620.9940.0915.7512456217621370.09898.2
4.62-4.90.9940.08316.8611804206720280.0998.1
4.9-5.240.9950.07617.4910899192518850.08497.9
5.24-5.660.9960.07118.0810263182317830.07797.8
5.66-6.20.9950.0718.239302167416250.07797.1
6.2-6.930.9960.06320.058342152814790.06996.8
6.93-80.9960.05123.227297135713180.05697.1
8-9.80.9980.04126.416202116411190.04596.1
9.8-13.860.9980.03927.3448209288830.04395.2
13.860.9980.03526.8223555444660.03985.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4M48

4m48


解像度: 3.1→45.45 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2588 2066 5.03 %
Rwork0.2357 --
obs0.2368 41113 97.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→45.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7441 0 114 22 7577
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027791
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59910645
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5242656
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421202
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031315
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.17210.35771420.35242553X-RAY DIFFRACTION97
3.1721-3.25140.35961310.31532616X-RAY DIFFRACTION99
3.2514-3.33930.31751400.30782577X-RAY DIFFRACTION99
3.3393-3.43750.34861340.28922608X-RAY DIFFRACTION99
3.4375-3.54850.30351460.28582581X-RAY DIFFRACTION99
3.5485-3.67520.341410.34172516X-RAY DIFFRACTION96
3.6752-3.82230.33381410.28142578X-RAY DIFFRACTION98
3.8223-3.99620.2881270.24882601X-RAY DIFFRACTION98
3.9962-4.20670.27311160.21742637X-RAY DIFFRACTION98
4.2067-4.47010.18671360.19542598X-RAY DIFFRACTION98
4.4701-4.81480.24331420.19182618X-RAY DIFFRACTION98
4.8148-5.29870.23291450.20462625X-RAY DIFFRACTION98
5.2987-6.06390.24791610.22722592X-RAY DIFFRACTION97
6.0639-7.6340.23541300.22642648X-RAY DIFFRACTION97
7.634-45.45470.22331340.21712699X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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