PDB-4xob: Crystal structure of a FimH*DsF complex from E.coli K12 with boun...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xob

タイトル

Crystal structure of a FimH*DsF complex from E.coli K12 with bound heptyl alpha-D-mannopyrannoside

要素

FimF
Protein FimH

キーワード

CELL ADHESION / foldase / prolyl isomerase / protein secretion / Gram-positive / isomerase

機能・相同性

機能・相同性情報

pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / host cell membrane / cell adhesion
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.003 Å

データ登録者

Jakob, R.P. / Eras, J. / Navarra, G. / Ernst, B. / Glockshuber, R. / Maier, T.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Catch-bond mechanism of the bacterial adhesin FimH.
著者: Sauer, M.M. / Jakob, R.P. / Eras, J. / Baday, S. / Eris, D. / Navarra, G. / Berneche, S. / Ernst, B. / Maier, T. / Glockshuber, R.

履歴

登録	2015年1月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月16日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4xob.ent.gz	537.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4xob_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xob_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	4xob_validation.xml.gz	40.8 KB	表示
CIF形式データ	4xob_validation.cif.gz	56.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/4xob ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/4xob	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4xo8C 4xo9C 4xoaC 4xocC 4xodC 4xoeC 1qunS 3mcyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6gtz-2 6gtz-1 5jqi-4 6gtv-1 6gtv-2 5jqi-3 5jqi-2 4xo9-d 2j3s-2 4xoe-d 1139 5jqi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein FimH

B: FimF

C: Protein FimH

D: FimF

E: Protein FimH

F: FimF

G: Protein FimH

H: FimF

ヘテロ分子

124 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Protein FimH

B: FimF

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Protein FimH

D: FimF

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.1 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Protein FimH

F: FimF

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Protein FimH

H: FimF

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	94.469, 147.128, 250.796
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-408- HOH
2	1	G-602- HOH

#1: タンパク質	Protein FimH 分子量: 29081.314 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 22-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HM125 / 参照: UniProt: P08191
#2: タンパク質・ペプチド	FimF / Fimbrial protein 分子量: 1639.768 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 23-37 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: fimF, EcDH1_3679, ECDH1ME8569_4176 / プラスミド: pTRC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HM125 / 参照: UniProt: C9QSZ9, UniProt: P08189*PLUS
#3: 糖	ChemComp-KGM / heptyl alpha-D-mannopyranoside / Heptyl Alpha-D-mannopyrannoside / heptyl alpha-D-mannoside / heptyl D-mannoside / heptyl mannoside / ヘプチルα-D-マンノピラノシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 278.342 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₆O₆ / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30 % w/v PEG 5,000, 0.1 M MES monohydrate, 0.2 M Ammonium sulfate pH 6.5. 2.5fold excess ligand to protein

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99998 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.003→48.131 Å / Num. obs: 35265 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.425 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 3.003→3.18 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 2.073 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 5614 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: dev_1779)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3mcy, 1qun

3mcy

1qun

解像度: 3.003→48.131 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2454	1764	5 %
R_work	0.2265	-	-
obs	0.2275	35265	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.003→48.131 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8616	0	86	119	8821

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	8928
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.999	12251
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.309	3059
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1474
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1581

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.003-3.0841	0.3757	130	0.3534	2481	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0841-3.1749	0.3025	135	0.3014	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1749-3.2773	0.3172	134	0.2932	2538	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2773-3.3944	0.2872	135	0.2812	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3944-3.5303	0.2959	133	0.2632	2537	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5303-3.6909	0.2999	136	0.2712	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6909-3.8854	0.2591	134	0.246	2547	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8854-4.1287	0.2477	136	0.2199	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1287-4.4473	0.2212	134	0.1851	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4473-4.8945	0.1698	137	0.1657	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8945-5.6018	0.1872	137	0.1713	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6018-7.0541	0.2181	138	0.213	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0541-48.1372	0.2454	145	0.2153	2746	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8265	2.8477	-0.8505	3.5688	-0.2441	1.4491	0.1649	-0.0057	0.1041	0.0033	-0.1497	-0.1017	-0.2665	-0.0227	-0.0596	0.2886	0.0251	-0.0038	0.1637	0.0344	0.2538	1.7452	48.6677	13.4727
2	4.9808	2.3066	-0.6871	3.7715	0.1783	2.6937	-0.0396	0.0108	0.2196	-0.2422	0.0194	-0.1803	-0.0003	0.1318	0.0807	0.2985	0.0287	0.0389	0.1604	-0.0287	0.2666	1.7723	51.5712	13.9203
3	1.9057	0.72	0.8115	1.3941	1.1246	1.2319	0.1049	0.0143	0.0083	0.0871	-0.0509	0.0664	0.1265	-0.133	-0.0903	0.2337	0.0025	-0.0192	0.2251	0.0643	0.2434	-30.1355	26.7483	22.3106
4	3.4791	1.8062	2.4079	4.6146	2.8335	2.4207	-0.3058	0.3088	-0.175	-0.7365	0.1064	0.0283	-0.3473	0.0534	0.1708	0.3719	-0.0045	0.1156	0.4815	0.0207	0.3022	-34.3108	23.7475	13.052
5	3.1546	0.2117	2.6981	1.7374	0.8569	7.4088	0.601	-0.3874	-0.2916	0.694	-0.097	0.6636	0.4111	-0.9016	-0.0735	0.646	-0.0718	-0.0827	0.4633	0.2222	0.5017	-17.4073	15.5479	77.4122
6	0.7073	0.1001	-0.1155	2.2293	0.9508	3.7767	0.0444	-0.0792	-0.1414	0.2616	-0.0169	0.5148	-0.0098	-0.5448	-0.0901	0.3862	0.07	-0.0102	0.4079	0.1548	0.3914	-14.7624	19.6783	67.459
7	3.8707	-2.1076	-1.9113	4.5365	1.7511	3.0787	-0.4362	-0.0181	-0.207	0.3481	0.0353	0.0567	0.096	1.2596	0.3842	0.4036	0.0714	-0.1216	0.4812	0.091	0.4179	-3.5315	19.941	65.9507
8	0.8451	1.8988	0.2513	2.4966	0.0505	4.8549	-0.0669	0.1418	0.3165	0.2335	-0.0718	-0.065	-0.3753	0.1414	0.1854	0.3076	0.0722	-0.0134	0.3786	0.1034	0.3447	-8.1953	24.3169	65.7204
9	0.5529	-0.0581	-0.3256	0.8326	-0.1476	3.8499	-0.089	0.0074	-0.0714	-0.0766	-0.0001	-0.0746	0.4728	-0.0493	0.0733	0.3967	0.0208	-0.0307	0.2439	0.0853	0.3452	-8.1669	7.9877	43.8109
10	2.12	0.0996	0.1165	3.4574	0.6002	3.3013	0.2334	0.4135	-0.298	0.1096	-0.2288	-0.5395	1.0749	-0.2098	0.0142	0.7881	-0.0079	0.1188	0.496	0.1275	0.3538	-7.0711	-2.6208	28.2333
11	2.8279	1.8422	1.8489	5.092	3.109	3.7648	0.201	0.0885	-0.5846	-0.777	0.1536	-0.4097	0.3622	-0.4124	-0.3347	0.8529	-0.0901	0.0375	0.3847	0.0533	0.4095	-12.8825	-6.1622	31.9617
12	6.1617	2.2409	1.2298	7.0279	-2.707	2.5587	-0.277	-0.2912	0.3172	-0.4771	0.4005	0.3767	0.9463	-1.4476	-0.4042	0.232	-0.3215	-0.0711	0.8217	0.256	0.482	-31.2357	6.9444	52.1202
13	1.9084	0.6386	0.5374	2.6583	1.8999	4.4544	-0.1708	0.1744	0.0497	-0.1429	0.1994	0.2308	0.1688	0.2258	-0.0448	0.2212	-0.0453	-0.0507	0.396	0.1008	0.2936	-25.8227	19.8175	48.2799
14	3.0708	0.7639	0.9098	0.0823	0.0956	3.4385	0.3213	0.2363	-0.1715	0.2454	-0.2966	-0.9389	0.2859	0.123	-0.0258	0.2342	0.0038	-0.0781	0.3628	0.152	0.3923	-22.2013	20.9455	51.2251
15	1.1863	-0.0416	0.0616	2.0669	-0.2573	1.7367	-0.0383	0.0968	-0.1128	-0.148	0.2525	0.5457	0.1945	-0.2346	-0.0697	0.2754	-0.0902	-0.0605	0.3886	0.1392	0.4017	-32.9435	16.3376	48.6452
16	1.5837	-0.3261	-0.1401	3.1697	1.0479	1.8952	-0.0215	-0.477	0.2081	0.6551	0.2969	-0.067	-0.0865	-0.236	-0.2905	0.4928	0.0811	-0.0645	0.4024	-0.0022	0.4543	-21.939	36.9064	75.4176
17	3.4262	-1.3538	-0.1145	2.9177	1.4896	4.9127	-0.3433	-0.5355	0.5163	0.7117	0.4213	0.2332	-0.1198	-0.0473	-0.1373	0.4485	0.1482	-0.019	0.4105	-0.013	0.6097	-21.7711	47.584	77.3243
18	2.9887	-0.0272	-0.5091	3.3047	1.1769	6.115	-0.1727	-0.5469	0.6141	0.7432	0.2942	-0.1629	-0.3201	0.1501	-0.1468	0.4905	0.1368	-0.1046	0.4289	-0.1146	0.5698	-18.4359	49.523	78.5629
19	2.6561	0.173	-1.8552	2.5084	-0.9699	7.2475	0.7669	-0.5097	0.0472	0.7083	0.9333	0.776	-0.962	-0.8135	-0.9442	0.5773	0.1055	0.1037	0.4014	0.0282	0.6723	-24.3094	42.8217	86.6075
20	7.4633	2.088	-1.5598	4.9085	-2.5023	4.1403	0.5112	-1.0652	0.0887	0.2469	-0.9992	-0.1845	-0.4478	1.0173	0.3036	0.5725	-0.1512	0.1313	0.5915	0.1008	0.4081	-51.4052	11.4843	67.8321
21	0.55	-0.2184	-2.1023	-0.9542	1.2327	1.212	-0.3745	0.3465	0.0263	0.0476	0.0236	0.2524	0.2933	-0.4289	0.3316	0.9799	-0.1903	0.2103	0.6878	0.0015	0.9674	-63.844	8.4362	43.6497
22	3.1483	-0.0978	-1.589	4.0144	0.1694	3.9121	0.0362	0.156	-0.013	1.1143	0.0452	0.9575	0.4793	-1.1204	-0.1047	0.6697	-0.259	0.131	0.7174	0.0944	0.6244	-58.7393	13.7675	31.7979
23	6.0836	-2.0497	-2.1108	6.41	0.6655	4.574	0.8637	0.1395	0.0857	1.1966	0.3745	0.6429	0.2607	0.1514	-0.4993	0.7719	-0.3701	0.4532	0.3933	0.4593	0.6032	-51.4473	4.9562	33.4689

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 84 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 85 through 150 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 151 through 279 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 14 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 1 through 15 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 16 through 53 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 54 through 77 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 78 through 116 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 117 through 252 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 253 through 279 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 2 through 14 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resid 1 through 15 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 16 through 95 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 96 through 116 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 117 through 150 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resid 151 through 177 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 178 through 220 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 221 through 279 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 2 through 14 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'G' and (resid 1 through 150 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'G' and (resid 151 through 177 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'G' and (resid 178 through 279 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'H' and (resid 2 through 14 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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